More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2781 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  61.08 
 
 		 550 aa  689    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 538 aa  1120    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.32 
 
 		 541 aa  558  1e-158  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.61 
 
 		 532 aa  543  1e-153  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.38 
 
 		 546 aa  543  1e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.61 
 
 		 542 aa  542  1e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.04 
 
 		 563 aa  538  1e-151  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  47.53 
 
 		 574 aa  512  1e-144  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0194  GMC family oxidoreductase  48.49 
 
 		 548 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  48.31 
 
 		 531 aa  498  1e-140  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1635  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.39 
 
 		 534 aa  499  1e-140  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643208  normal  0.915824 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.31 
 
 		 531 aa  498  1e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.77 
 
 		 531 aa  496  1e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3313  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.46 
 
 		 576 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3067  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.86 
 
 		 546 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.766547 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3762  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.03 
 
 		 552 aa  488  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.68 
 
 		 530 aa  489  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3637  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.46 
 
 		 576 aa  489  1e-137  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.67419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.48 
 
 		 546 aa  488  1e-136  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3089  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.92 
 
 		 546 aa  488  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.203231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.4 
 
 		 539 aa  486  1e-136  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3070  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.74 
 
 		 546 aa  485  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.606173  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.11 
 
 		 546 aa  487  1e-136  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.943392 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  46.79 
 
 		 541 aa  487  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.74 
 
 		 546 aa  485  1e-136  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101134  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3115  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.3 
 
 		 546 aa  486  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6848  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.44 
 
 		 556 aa  483  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.90225 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.55 
 
 		 529 aa  483  1e-135  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0174  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.55 
 
 		 552 aa  483  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3406  GMC family oxidoreductase  47.92 
 
 		 547 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3275  GMC family oxidoreductase  47.92 
 
 		 547 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.183424  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0411  GMC family oxidoreductase  47.92 
 
 		 547 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0216  GMC family oxidoreductase  47.92 
 
 		 547 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0487725  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0228  GMC family oxidoreductase  47.92 
 
 		 547 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2941  GMC family oxidoreductase  47.92 
 
 		 547 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.44858  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2148  GMC family oxidoreductase  47.92 
 
 		 613 aa  480  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1846  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.94 
 
 		 547 aa  478  1e-134  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0203  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  46.14 
 
 		 559 aa  477  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2513  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.12 
 
 		 571 aa  476  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0138495  normal  0.356512 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.74 
 
 		 555 aa  475  1e-133  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4459  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.4 
 
 		 560 aa  474  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0573714  hitchhiker  0.00237498 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  46.5 
 
 		 561 aa  473  1e-132  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  45.35 
 
 		 561 aa  468  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1614  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  46.38 
 
 		 547 aa  471  1.0000000000000001e-131  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5414  choline dehydrogenase, a flavoprotein  45.08 
 
 		 534 aa  469  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.269281 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2331  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.45 
 
 		 528 aa  471  1.0000000000000001e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.745478 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0123  putative alcohol dehydrogenase oxidoreductase protein  45.34 
 
 		 574 aa  467  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  43.81 
 
 		 539 aa  468  9.999999999999999e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3919  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.5 
 
 		 572 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.326511  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0670  GMC family oxidoreductase  44.87 
 
 		 534 aa  462  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  44.8 
 
 		 560 aa  464  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1882  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.53 
 
 		 534 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.43 
 
 		 534 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.917916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  45.15 
 
 		 570 aa  462  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  44.92 
 
 		 553 aa  462  1e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.32 
 
 		 535 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3601  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.12 
 
 		 572 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3506  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.15 
 
 		 575 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.145411  normal  0.0815254 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  44.4 
 
 		 556 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  44.89 
 
 		 560 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5337  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.86 
 
 		 600 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.231686 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4749  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  45.07 
 
 		 546 aa  455  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.769541  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  44.53 
 
 		 552 aa  457  1e-127  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  45.25 
 
 		 561 aa  458  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  44.51 
 
 		 565 aa  457  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.67 
 
 		 546 aa  456  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.296115 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  45.28 
 
 		 534 aa  457  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  45.25 
 
 		 561 aa  458  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  45.25 
 
 		 561 aa  458  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1502  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.69 
 
 		 535 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.21 
 
 		 543 aa  456  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  45.25 
 
 		 561 aa  458  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  43.55 
 
 		 560 aa  457  1e-127  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0889  choline dehydrogenase  44.59 
 
 		 549 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.82 
 
 		 549 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2716  putative GMC oxidoreductase  44 
 
 		 562 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  44.68 
 
 		 572 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  43.45 
 
 		 564 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2072  choline dehydrogenase  43.56 
 
 		 562 aa  449  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3744  choline dehydrogenase  44.32 
 
 		 554 aa  448  1e-125  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0339169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  43.24 
 
 		 562 aa  451  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  43.33 
 
 		 559 aa  448  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  43.28 
 
 		 557 aa  451  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  42.78 
 
 		 559 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0159  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.01 
 
 		 560 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3826  glucose-methanol-choline oxidoreductase:Beta-lactamase-like:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  43.61 
 
 		 1290 aa  442  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.86 
 
 		 537 aa  445  1e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0776  choline dehydrogenase  43.83 
 
 		 549 aa  443  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0802775 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  43.97 
 
 		 565 aa  444  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.48 
 
 		 540 aa  444  1e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  43.07 
 
 		 549 aa  442  1e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.19 
 
 		 541 aa  441  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.31 
 
 		 537 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.57 
 
 		 552 aa  440  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.74 
 
 		 534 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06179  choline dehydrogenase  42.88 
 
 		 569 aa  438  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.06 
 
 		 544 aa  439  9.999999999999999e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.26 
 
 		 536 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  42.5 
 
 		 549 aa  436  1e-121  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2042  L-sorbose dehydrogenase, FAD dependent, putative  43.45 
 
 		 544 aa  437  1e-121  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0700873  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>