More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0715 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  79.28 
 
 		 561 aa  942    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  78.38 
 
 		 560 aa  938    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  77.58 
 
 		 561 aa  925    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  81.23 
 
 		 565 aa  959    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000364  choline dehydrogenase  64.18 
 
 		 571 aa  763    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  59.09 
 
 		 552 aa  676    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  71.58 
 
 		 552 aa  843    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  76.62 
 
 		 561 aa  910    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  79.82 
 
 		 561 aa  942    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  58.27 
 
 		 562 aa  688    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  81.06 
 
 		 565 aa  974    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2072  choline dehydrogenase  80 
 
 		 562 aa  964    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  100 
 
 		 572 aa  1200    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06179  choline dehydrogenase  64.4 
 
 		 569 aa  762    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  66.49 
 
 		 560 aa  774    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  71.25 
 
 		 556 aa  855    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  79.28 
 
 		 561 aa  942    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  81.23 
 
 		 560 aa  973    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  81.72 
 
 		 564 aa  988    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  64.32 
 
 		 562 aa  776    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  79.82 
 
 		 561 aa  942    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5244  choline dehydrogenase  55.88 
 
 		 567 aa  629  1e-179  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80037  normal  0.0658003 
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  55.84 
 
 		 549 aa  625  1e-178  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0554  choline dehydrogenase  56.02 
 
 		 549 aa  627  1e-178  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1515  choline dehydrogenase  56.72 
 
 		 555 aa  621  1e-177  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.307618  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5064  choline dehydrogenase  55.15 
 
 		 565 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  54.74 
 
 		 549 aa  620  1e-176  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3226  choline dehydrogenase  55.83 
 
 		 556 aa  621  1e-176  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.191345 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0481  choline dehydrogenase  55.27 
 
 		 565 aa  617  1e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4937  choline dehydrogenase  54.79 
 
 		 565 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1882  choline dehydrogenase  56.34 
 
 		 551 aa  615  1e-175  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4732  choline dehydrogenase  54.35 
 
 		 568 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0776  choline dehydrogenase  55.78 
 
 		 549 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0802775 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8399  choline dehydrogenase  54.41 
 
 		 574 aa  614  9.999999999999999e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.553301  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0401  choline dehydrogenase  55.72 
 
 		 563 aa  614  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.726855 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5115  choline dehydrogenase  54.43 
 
 		 565 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179508  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2554  choline dehydrogenase  55.66 
 
 		 559 aa  613  9.999999999999999e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0102453  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1514  choline dehydrogenase  55.13 
 
 		 560 aa  613  9.999999999999999e-175  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0264792  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5037  choline dehydrogenase  55.08 
 
 		 566 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4512  choline dehydrogenase  55.08 
 
 		 566 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.422466 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00267  choline dehydrogenase  54.71 
 
 		 556 aa  608  1e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3295  choline dehydrogenase  54.9 
 
 		 556 aa  610  1e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3312  choline dehydrogenase  54.9 
 
 		 556 aa  610  1e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0443  choline dehydrogenase  54.35 
 
 		 568 aa  609  1e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.300865  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0562  choline dehydrogenase  55.47 
 
 		 549 aa  609  1e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.55111 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3536  choline dehydrogenase  54.93 
 
 		 566 aa  610  1e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5100  choline dehydrogenase  54.9 
 
 		 566 aa  610  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0370  choline dehydrogenase  54.9 
 
 		 556 aa  609  1e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3268  choline dehydrogenase  54.9 
 
 		 566 aa  610  1e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121076  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0326  choline dehydrogenase  54.9 
 
 		 556 aa  609  1e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00270  hypothetical protein  54.71 
 
 		 556 aa  608  1e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0373  choline dehydrogenase  54.53 
 
 		 562 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.868243  normal  0.338212 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2184  choline dehydrogenase  55.09 
 
 		 548 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5182  choline dehydrogenase  54.71 
 
 		 566 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.222705  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0889  choline dehydrogenase  55.22 
 
 		 549 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5058  choline dehydrogenase  55.47 
 
 		 561 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0575159 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2831  choline dehydrogenase  54.2 
 
 		 567 aa  604  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.121193  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2917  choline dehydrogenase  54.2 
 
 		 567 aa  604  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.80885  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0856  choline dehydrogenase  55.09 
 
 		 548 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0342  choline dehydrogenase  54.34 
 
 		 562 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0553  choline dehydrogenase  54.53 
 
 		 566 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1592  choline dehydrogenase  53.51 
 
 		 561 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.860333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1144  choline dehydrogenase  53.83 
 
 		 551 aa  598  1e-170  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3310  choline dehydrogenase  54.26 
 
 		 572 aa  598  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.903723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2310  choline dehydrogenase  53.82 
 
 		 548 aa  596  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1837  choline dehydrogenase  53.41 
 
 		 565 aa  593  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1925  choline dehydrogenase  53.41 
 
 		 565 aa  593  1e-168  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0217321  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0377  choline dehydrogenase  53.41 
 
 		 565 aa  593  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.119078  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6157  choline dehydrogenase  53.19 
 
 		 561 aa  593  1e-168  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.103614  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1072  choline dehydrogenase  53.22 
 
 		 565 aa  594  1e-168  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00240234  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1428  choline dehydrogenase  53.22 
 
 		 565 aa  590  1e-167  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.783226  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0914  choline dehydrogenase  53.22 
 
 		 565 aa  590  1e-167  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.267909  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1896  choline dehydrogenase  55.37 
 
 		 550 aa  591  1e-167  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.338897 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0468  choline dehydrogenase  53.22 
 
 		 565 aa  590  1e-167  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0179  choline dehydrogenase  53.22 
 
 		 565 aa  590  1e-167  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70940  choline dehydrogenase  53.01 
 
 		 561 aa  590  1e-167  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.512014 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4716  choline dehydrogenase  53.07 
 
 		 561 aa  588  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.959774  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1832  choline dehydrogenase  53.58 
 
 		 560 aa  587  1e-166  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.287087  normal  0.448798 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1492  choline dehydrogenase  52.54 
 
 		 556 aa  578  1e-164  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5834  choline dehydrogenase  53.97 
 
 		 577 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2822  choline dehydrogenase  53.25 
 
 		 551 aa  575  1.0000000000000001e-162  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31690  choline dehydrogenase  52.68 
 
 		 554 aa  571  1e-161  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1624  choline dehydrogenase  52.21 
 
 		 558 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.529123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0728  choline dehydrogenase  51.09 
 
 		 566 aa  560  1e-158  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1639  choline dehydrogenase  52.02 
 
 		 558 aa  557  1e-157  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.58518 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0874  choline dehydrogenase  50.36 
 
 		 565 aa  549  1e-155  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.526772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0130  choline dehydrogenase  51.21 
 
 		 547 aa  550  1e-155  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000105235  normal  0.777409 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  47.76 
 
 		 574 aa  540  9.999999999999999e-153  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2634  choline dehydrogenase  50.09 
 
 		 569 aa  537  1e-151  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2688  choline dehydrogenase  50.09 
 
 		 569 aa  537  1e-151  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  48.91 
 
 		 553 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3726  choline dehydrogenase  51.01 
 
 		 567 aa  533  1e-150  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.191041  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  48.13 
 
 		 553 aa  531  1e-149  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3854  choline dehydrogenase  49.64 
 
 		 546 aa  529  1e-149  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.131347  hitchhiker  0.00687272 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0530  choline dehydrogenase  46.94 
 
 		 570 aa  526  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2397  choline dehydrogenase  50.18 
 
 		 573 aa  527  1e-148  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423609 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1710  choline dehydrogenase  48.44 
 
 		 561 aa  522  1e-147  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2176  choline dehydrogenase  49.09 
 
 		 572 aa  520  1e-146  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2458  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.65 
 
 		 554 aa  520  1e-146  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.144677  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  46.51 
 
 		 570 aa  506  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>