More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5414 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5414  choline dehydrogenase, a flavoprotein  100 
 
 		 534 aa  1090    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.269281 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.92 
 
 		 539 aa  567  1e-160  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.66 
 
 		 546 aa  559  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.296115 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2513  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.07 
 
 		 571 aa  560  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0138495  normal  0.356512 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6848  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.35 
 
 		 556 aa  550  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.90225 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3919  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.3 
 
 		 572 aa  549  1e-155  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.326511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.72 
 
 		 535 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3601  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.3 
 
 		 572 aa  546  1e-154  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407231  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4459  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.29 
 
 		 560 aa  546  1e-154  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0573714  hitchhiker  0.00237498 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3506  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.88 
 
 		 575 aa  541  1e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.145411  normal  0.0815254 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5337  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.88 
 
 		 600 aa  544  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.231686 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.04 
 
 		 534 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.917916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.52 
 
 		 531 aa  535  1e-151  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1502  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.75 
 
 		 535 aa  532  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1882  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.26 
 
 		 534 aa  532  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3313  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.84 
 
 		 576 aa  530  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3067  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.18 
 
 		 546 aa  528  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.766547 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3637  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.03 
 
 		 576 aa  528  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.67419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  50.19 
 
 		 534 aa  522  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.82 
 
 		 541 aa  523  1e-147  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0123  putative alcohol dehydrogenase oxidoreductase protein  52.85 
 
 		 574 aa  520  1e-146  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0670  GMC family oxidoreductase  48.5 
 
 		 534 aa  520  1e-146  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.43 
 
 		 546 aa  519  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.943392 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.06 
 
 		 546 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0174  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.53 
 
 		 552 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3115  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.06 
 
 		 546 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3089  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.87 
 
 		 546 aa  512  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.203231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0203  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  52.69 
 
 		 559 aa  512  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.95 
 
 		 563 aa  512  1e-144  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0194  GMC family oxidoreductase  50.75 
 
 		 548 aa  514  1e-144  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3070  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.69 
 
 		 546 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.606173  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.95 
 
 		 546 aa  511  1e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.69 
 
 		 546 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101134  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3762  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.91 
 
 		 552 aa  509  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  50.95 
 
 		 531 aa  506  9.999999999999999e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2148  GMC family oxidoreductase  50.47 
 
 		 613 aa  504  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3275  GMC family oxidoreductase  50.47 
 
 		 547 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.183424  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2941  GMC family oxidoreductase  50.47 
 
 		 547 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.44858  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0411  GMC family oxidoreductase  50.47 
 
 		 547 aa  503  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0228  GMC family oxidoreductase  50.47 
 
 		 547 aa  503  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.43 
 
 		 532 aa  502  1e-141  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.57 
 
 		 531 aa  503  1e-141  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0216  GMC family oxidoreductase  50.47 
 
 		 547 aa  503  1e-141  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0487725  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3406  GMC family oxidoreductase  50.47 
 
 		 547 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.91 
 
 		 542 aa  498  1e-140  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4749  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  49.91 
 
 		 546 aa  495  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.769541  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.48 
 
 		 530 aa  497  1e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  50.75 
 
 		 559 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  50.38 
 
 		 559 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  48.42 
 
 		 557 aa  479  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  45.88 
 
 		 550 aa  473  1e-132  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  45.66 
 
 		 539 aa  469  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.08 
 
 		 538 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3826  glucose-methanol-choline oxidoreductase:Beta-lactamase-like:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  48.42 
 
 		 1290 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  47.96 
 
 		 553 aa  467  9.999999999999999e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2716  putative GMC oxidoreductase  47.52 
 
 		 562 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1614  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  46.62 
 
 		 547 aa  462  1e-129  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1846  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.62 
 
 		 547 aa  463  1e-129  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  46.31 
 
 		 541 aa  461  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  46.34 
 
 		 574 aa  460  9.999999999999999e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.17 
 
 		 529 aa  458  1e-127  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.89 
 
 		 542 aa  452  1.0000000000000001e-126  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.29 
 
 		 549 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2331  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.19 
 
 		 528 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.745478 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  46.5 
 
 		 570 aa  443  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0159  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.75 
 
 		 560 aa  442  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.07 
 
 		 541 aa  440  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.94 
 
 		 569 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3744  choline dehydrogenase  46.98 
 
 		 554 aa  435  1e-121  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0339169  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.82 
 
 		 552 aa  438  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.34 
 
 		 540 aa  436  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.83 
 
 		 534 aa  438  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.46 
 
 		 550 aa  437  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.12 
 
 		 569 aa  434  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3345  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  47.19 
 
 		 544 aa  425  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.59 
 
 		 546 aa  424  1e-117  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.94 
 
 		 536 aa  425  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6820  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.4 
 
 		 602 aa  422  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.11 
 
 		 543 aa  423  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  41.89 
 
 		 561 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  41.89 
 
 		 561 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  41.89 
 
 		 561 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  41.89 
 
 		 561 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  46.36 
 
 		 559 aa  416  9.999999999999999e-116  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.81 
 
 		 518 aa  416  9.999999999999999e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.99 
 
 		 534 aa  417  9.999999999999999e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  41.1 
 
 		 556 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3540  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.84 
 
 		 544 aa  413  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  43.64 
 
 		 562 aa  412  1e-114  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.73 
 
 		 559 aa  412  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.77 
 
 		 551 aa  410  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  40.04 
 
 		 552 aa  410  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.28 
 
 		 551 aa  412  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.26 
 
 		 539 aa  411  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.89 
 
 		 534 aa  412  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  41.57 
 
 		 565 aa  410  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.68 
 
 		 555 aa  407  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3214  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.09 
 
 		 544 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  43.25 
 
 		 571 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.23 
 
 		 539 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>