More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4865 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 539 aa  1113    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.28 
 
 		 551 aa  610  1e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.89 
 
 		 552 aa  608  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.11 
 
 		 550 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.17 
 
 		 541 aa  603  1.0000000000000001e-171  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.92 
 
 		 559 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.63 
 
 		 551 aa  600  1e-170  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.52 
 
 		 550 aa  600  1e-170  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.15 
 
 		 551 aa  600  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.77 
 
 		 551 aa  595  1e-169  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.63 
 
 		 540 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  51.04 
 
 		 541 aa  556  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.32 
 
 		 534 aa  547  1e-154  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.59 
 
 		 537 aa  539  9.999999999999999e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.13 
 
 		 534 aa  534  1e-150  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.37 
 
 		 546 aa  520  1e-146  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.14 
 
 		 542 aa  512  1e-144  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3540  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.25 
 
 		 544 aa  479  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3214  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.25 
 
 		 544 aa  478  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3345  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  47.44 
 
 		 544 aa  478  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.58 
 
 		 556 aa  478  1e-133  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  47.19 
 
 		 571 aa  474  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.7 
 
 		 567 aa  474  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2379  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.07 
 
 		 571 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.87 
 
 		 531 aa  471  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3050  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.97 
 
 		 564 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3916  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.78 
 
 		 570 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.78 
 
 		 578 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3358  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.79 
 
 		 550 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.97 
 
 		 561 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0084  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.78 
 
 		 561 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2973  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.78 
 
 		 578 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.78 
 
 		 561 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.18 
 
 		 531 aa  462  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673966  normal  0.0679471 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.78 
 
 		 577 aa  464  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.59 
 
 		 578 aa  464  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3292  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.99 
 
 		 533 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4024  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.99 
 
 		 533 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.18 
 
 		 531 aa  457  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.567592  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2933  oxidoreductase, GMC family protein  45.22 
 
 		 561 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3372  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  46.3 
 
 		 539 aa  458  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2991  oxidoreductase, GMC family protein  45.22 
 
 		 561 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3378  oxidoreductase, GMC family protein  45.22 
 
 		 561 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.869228  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0353  choline dehydrogenase  42.61 
 
 		 539 aa  455  1e-127  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1610  oxidoreductase, GMC family protein  45.22 
 
 		 561 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3287  hypothetical protein  45.75 
 
 		 533 aa  455  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3995  GMC family oxidoreductase  45.22 
 
 		 561 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.530618  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0056  GMC family oxidoreductase  46.05 
 
 		 550 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000620913 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0958  GMC family oxidoreductase  46.02 
 
 		 532 aa  453  1.0000000000000001e-126  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.02 
 
 		 536 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0201  oxidoreductase, GMC family protein  45.22 
 
 		 561 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.260049  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4069  GMC family oxidoreductase  45.03 
 
 		 561 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0899  GMC family oxidoreductase  46.02 
 
 		 532 aa  453  1.0000000000000001e-126  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.886406  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.99 
 
 		 539 aa  455  1.0000000000000001e-126  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1397  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.27 
 
 		 532 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.5 
 
 		 548 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010293  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  44.38 
 
 		 574 aa  450  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3611  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.38 
 
 		 534 aa  451  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5514  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.23 
 
 		 537 aa  446  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.05 
 
 		 548 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000289824 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3332  oxidoreductase, GMC family protein  45.59 
 
 		 561 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1712  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.13 
 
 		 536 aa  448  1.0000000000000001e-124  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3521  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.66 
 
 		 555 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.597773 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.45 
 
 		 557 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.68 
 
 		 555 aa  444  1e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5162  Choline dehydrogenase  43.15 
 
 		 541 aa  443  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0769143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.7 
 
 		 569 aa  443  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.32 
 
 		 569 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4062  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.4 
 
 		 531 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  45.68 
 
 		 553 aa  438  9.999999999999999e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0364  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.58 
 
 		 618 aa  440  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16390  putative GMC-type oxidoreductase  45.45 
 
 		 557 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0075  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.74 
 
 		 548 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0217236  hitchhiker  0.000000000166725 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5265  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.51 
 
 		 546 aa  436  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.371791  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2838  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.7 
 
 		 555 aa  434  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.635296 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0301  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.07 
 
 		 542 aa  433  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.6 
 
 		 575 aa  429  1e-119  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.214688 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.79 
 
 		 538 aa  431  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4518  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.75 
 
 		 550 aa  428  1e-118  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.21 
 
 		 542 aa  426  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3803  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  43.71 
 
 		 548 aa  426  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0363471 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0911  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.88 
 
 		 556 aa  426  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0180  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.7 
 
 		 578 aa  428  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3373  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.64 
 
 		 553 aa  424  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.3 
 
 		 556 aa  424  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.19 
 
 		 544 aa  423  1e-117  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.51 
 
 		 563 aa  424  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.02 
 
 		 529 aa  420  1e-116  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1426  putative GMC-type oxidoreductase  45.08 
 
 		 557 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.51 
 
 		 532 aa  417  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3929  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.23 
 
 		 528 aa  417  9.999999999999999e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3566  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.15 
 
 		 539 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6373  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  42.32 
 
 		 540 aa  413  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1733  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.15 
 
 		 549 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0167412  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0229  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.92 
 
 		 580 aa  414  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0249  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.19 
 
 		 569 aa  414  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.356601 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1993  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.32 
 
 		 553 aa  415  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.689295 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  40.3 
 
 		 556 aa  413  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.51 
 
 		 531 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691807  normal  0.0210476 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1044  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.1 
 
 		 555 aa  412  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>