More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1993 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1993  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 553 aa  1153    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.689295 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2838  glucose-methanol-choline oxidoreductase  70.83 
 
 		 555 aa  826    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.635296 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2910  glucose-methanol-choline oxidoreductase  65.67 
 
 		 535 aa  738    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.125066 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1942  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.89 
 
 		 533 aa  617  1e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0845  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.5 
 
 		 536 aa  508  9.999999999999999e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.189337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  46.75 
 
 		 541 aa  491  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.46 
 
 		 542 aa  480  1e-134  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.53 
 
 		 551 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.99 
 
 		 541 aa  463  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.26 
 
 		 552 aa  463  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.06 
 
 		 550 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.05 
 
 		 559 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.24 
 
 		 551 aa  456  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.13 
 
 		 537 aa  453  1.0000000000000001e-126  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.51 
 
 		 550 aa  453  1.0000000000000001e-126  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.45 
 
 		 555 aa  455  1.0000000000000001e-126  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.78 
 
 		 551 aa  451  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.78 
 
 		 551 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.93 
 
 		 540 aa  436  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.32 
 
 		 539 aa  430  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  43.8 
 
 		 572 aa  424  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.99 
 
 		 534 aa  424  1e-117  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  43.23 
 
 		 556 aa  424  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  42.86 
 
 		 564 aa  420  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3373  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.62 
 
 		 553 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3358  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.57 
 
 		 550 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06179  choline dehydrogenase  41.79 
 
 		 569 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1579  GMC family oxidoreductase  40.15 
 
 		 538 aa  417  9.999999999999999e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.17 
 
 		 546 aa  417  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0056  GMC family oxidoreductase  42.22 
 
 		 550 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000620913 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  40.97 
 
 		 539 aa  415  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4024  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.3 
 
 		 533 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3292  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.3 
 
 		 533 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.12 
 
 		 548 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010293  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5514  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.82 
 
 		 537 aa  414  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0332  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.6 
 
 		 544 aa  414  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  40.68 
 
 		 562 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.98 
 
 		 534 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.09 
 
 		 531 aa  411  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.8 
 
 		 561 aa  411  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1397  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.47 
 
 		 532 aa  412  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0084  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.12 
 
 		 561 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3372  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  41.91 
 
 		 539 aa  410  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  42.75 
 
 		 552 aa  409  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  42.38 
 
 		 560 aa  410  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.61 
 
 		 577 aa  409  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.8 
 
 		 578 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5265  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.76 
 
 		 546 aa  409  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.371791  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  43.41 
 
 		 571 aa  411  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.39 
 
 		 531 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.567592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2973  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.8 
 
 		 578 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000364  choline dehydrogenase  42.03 
 
 		 571 aa  410  1e-113  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.71 
 
 		 561 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.95 
 
 		 569 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  41.8 
 
 		 559 aa  411  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  42.01 
 
 		 565 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  41.33 
 
 		 559 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.04 
 
 		 548 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000289824 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3287  hypothetical protein  40.97 
 
 		 533 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.76 
 
 		 569 aa  409  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  42.46 
 
 		 574 aa  408  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  41.81 
 
 		 561 aa  408  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0075  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.93 
 
 		 548 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0217236  hitchhiker  0.000000000166725 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.77 
 
 		 567 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2991  oxidoreductase, GMC family protein  42.51 
 
 		 561 aa  404  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  41.04 
 
 		 565 aa  404  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.82 
 
 		 531 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673966  normal  0.0679471 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  41.81 
 
 		 561 aa  404  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2933  oxidoreductase, GMC family protein  42.51 
 
 		 561 aa  404  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.31 
 
 		 518 aa  404  1e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0201  oxidoreductase, GMC family protein  42.51 
 
 		 561 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.260049  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.3 
 
 		 533 aa  404  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.604937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7484  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.74 
 
 		 540 aa  405  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1169  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.63 
 
 		 544 aa  403  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3378  oxidoreductase, GMC family protein  42.51 
 
 		 561 aa  404  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.869228  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.64 
 
 		 578 aa  402  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4518  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.51 
 
 		 550 aa  404  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.6 
 
 		 546 aa  405  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1610  oxidoreductase, GMC family protein  42.51 
 
 		 561 aa  404  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3916  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.2 
 
 		 570 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  41.17 
 
 		 560 aa  403  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.31 
 
 		 536 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3995  GMC family oxidoreductase  42.51 
 
 		 561 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.530618  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.27 
 
 		 547 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.141234 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3050  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.85 
 
 		 564 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6820  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.11 
 
 		 602 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  40.9 
 
 		 561 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  40.9 
 
 		 561 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  40.9 
 
 		 561 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  40.9 
 
 		 561 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4069  GMC family oxidoreductase  42.33 
 
 		 561 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.5 
 
 		 543 aa  401  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0958  GMC family oxidoreductase  42.72 
 
 		 532 aa  396  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3611  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.77 
 
 		 534 aa  396  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2072  choline dehydrogenase  40.34 
 
 		 562 aa  397  1e-109  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3332  oxidoreductase, GMC family protein  42.78 
 
 		 561 aa  399  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4062  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.84 
 
 		 531 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0899  GMC family oxidoreductase  42.72 
 
 		 532 aa  395  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.886406  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1426  putative GMC-type oxidoreductase  41.3 
 
 		 557 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16390  putative GMC-type oxidoreductase  41.38 
 
 		 557 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>