More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0056 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3803  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  60.79 
 
 
548 aa  642    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0363471 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4024  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.08 
 
 
533 aa  657    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0056  GMC family oxidoreductase  100 
 
 
550 aa  1135    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000620913 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0899  GMC family oxidoreductase  65.14 
 
 
532 aa  689    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.886406  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3345  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  62.24 
 
 
544 aa  671    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0364  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.25 
 
 
618 aa  650    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5162  Choline dehydrogenase  60.27 
 
 
541 aa  672    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0769143  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0958  GMC family oxidoreductase  65.14 
 
 
532 aa  689    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2933  oxidoreductase, GMC family protein  61.44 
 
 
561 aa  654    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  98.91 
 
 
548 aa  1122    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010293  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0084  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.56 
 
 
561 aa  659    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3372  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  63.45 
 
 
539 aa  692    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0075  glucose-methanol-choline oxidoreductase  93.8 
 
 
548 aa  1069    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0217236  hitchhiker  0.000000000166725 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1426  putative GMC-type oxidoreductase  73.45 
 
 
557 aa  803    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3611  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.64 
 
 
534 aa  683    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0201  oxidoreductase, GMC family protein  61.25 
 
 
561 aa  654    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.260049  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.71 
 
 
578 aa  664    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1610  oxidoreductase, GMC family protein  61.44 
 
 
561 aa  654    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3358  glucose-methanol-choline oxidoreductase  79 
 
 
550 aa  893    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3373  glucose-methanol-choline oxidoreductase  74.76 
 
 
553 aa  815    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.25 
 
 
578 aa  662    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3292  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.08 
 
 
533 aa  657    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.44 
 
 
561 aa  663    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1397  glucose-methanol-choline oxidoreductase  65.33 
 
 
532 aa  697    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3540  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.91 
 
 
544 aa  670    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.63 
 
 
577 aa  664    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3995  GMC family oxidoreductase  61.44 
 
 
561 aa  654    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.530618  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0188  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.12 
 
 
552 aa  640    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16390  putative GMC-type oxidoreductase  73.63 
 
 
557 aa  806    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3332  oxidoreductase, GMC family protein  61.44 
 
 
561 aa  641    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1733  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.44 
 
 
549 aa  648    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0167412  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2379  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.44 
 
 
571 aa  663    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.81 
 
 
531 aa  659    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673966  normal  0.0679471 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  61.21 
 
 
571 aa  655    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3378  oxidoreductase, GMC family protein  61.44 
 
 
561 aa  654    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.869228  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0353  choline dehydrogenase  58.27 
 
 
539 aa  636    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3916  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.02 
 
 
570 aa  652    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  96.35 
 
 
548 aa  1093    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000289824 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3566  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.8 
 
 
539 aa  654    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.95 
 
 
531 aa  665    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.567592  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1712  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.72 
 
 
536 aa  670    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334858  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.62 
 
 
531 aa  697    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4069  GMC family oxidoreductase  61.44 
 
 
561 aa  654    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3521  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.35 
 
 
555 aa  690    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.597773 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3050  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.89 
 
 
564 aa  650    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.31 
 
 
557 aa  650    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2991  oxidoreductase, GMC family protein  61.44 
 
 
561 aa  654    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3287  hypothetical protein  59.7 
 
 
533 aa  643    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2973  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.25 
 
 
578 aa  662    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3214  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.48 
 
 
544 aa  678    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.83 
 
 
539 aa  661    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.56 
 
 
561 aa  662    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.25 
 
 
567 aa  657    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485972  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4251  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.42 
 
 
539 aa  645    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.773505  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.57 
 
 
556 aa  650    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.36 
 
 
575 aa  632  1e-180  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.214688 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2981  GMC-type oxidoreductase  59.28 
 
 
539 aa  631  1e-179  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172421  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.25 
 
 
556 aa  628  1e-179  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0301  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.36 
 
 
542 aa  626  1e-178  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0229  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.79 
 
 
580 aa  618  1e-176  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0180  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.42 
 
 
578 aa  617  1e-175  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0249  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.63 
 
 
569 aa  616  1e-175  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.356601 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.63 
 
 
564 aa  616  1e-175  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0305  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.83 
 
 
564 aa  611  1e-173  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0911  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.4 
 
 
556 aa  606  9.999999999999999e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3918  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.89 
 
 
569 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5265  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.38 
 
 
546 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.371791  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4518  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.14 
 
 
550 aa  604  1.0000000000000001e-171  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173052  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.44 
 
 
547 aa  593  1e-168  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.141234 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2656  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.64 
 
 
564 aa  583  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.999254 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2672  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.64 
 
 
564 aa  583  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.382938 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2628  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.64 
 
 
564 aa  583  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.339327  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2938  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.84 
 
 
564 aa  574  1.0000000000000001e-162  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.146353  normal  0.267475 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.35 
 
 
558 aa  570  1e-161  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.955883  normal  0.0235676 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.91 
 
 
537 aa  499  1e-140  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  47.08 
 
 
541 aa  489  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.77 
 
 
546 aa  487  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.86 
 
 
542 aa  483  1e-135  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.88 
 
 
550 aa  484  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.88 
 
 
540 aa  480  1e-134  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.83 
 
 
541 aa  473  1e-132  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.42 
 
 
551 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.83 
 
 
550 aa  470  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.42 
 
 
551 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.48 
 
 
534 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.86 
 
 
552 aa  462  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.75 
 
 
559 aa  456  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.39 
 
 
551 aa  457  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.61 
 
 
536 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.2 
 
 
551 aa  456  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.05 
 
 
539 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.22 
 
 
534 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5514  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.34 
 
 
537 aa  442  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.7 
 
 
542 aa  438  1e-121  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.09 
 
 
546 aa  437  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.01 
 
 
569 aa  432  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.88 
 
 
555 aa  432  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.65 
 
 
569 aa  434  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.59 
 
 
529 aa  429  1e-119  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.02 
 
 
543 aa  419  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>