More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_5162 on replicon NC_012848
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.75 
 
 
556 aa  658    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0056  GMC family oxidoreductase  60.27 
 
 
550 aa  672    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000620913 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.34 
 
 
561 aa  691    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3345  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  63.38 
 
 
544 aa  692    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3373  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.41 
 
 
553 aa  699    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5265  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.86 
 
 
546 aa  658    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.371791  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2379  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.59 
 
 
571 aa  669    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4069  GMC family oxidoreductase  61.39 
 
 
561 aa  675    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3050  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.08 
 
 
564 aa  671    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0958  GMC family oxidoreductase  63.12 
 
 
532 aa  699    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2991  oxidoreductase, GMC family protein  61.77 
 
 
561 aa  679    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3995  GMC family oxidoreductase  61.77 
 
 
561 aa  679    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.530618  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2933  oxidoreductase, GMC family protein  61.77 
 
 
561 aa  679    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3378  oxidoreductase, GMC family protein  61.77 
 
 
561 aa  679    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.869228  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3214  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.86 
 
 
544 aa  682    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3372  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  63.57 
 
 
539 aa  691    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.81 
 
 
547 aa  642    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.141234 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3803  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  59.29 
 
 
548 aa  643    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0363471 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  66.35 
 
 
531 aa  739    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0201  oxidoreductase, GMC family protein  61.58 
 
 
561 aa  679    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.260049  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2981  GMC-type oxidoreductase  59.36 
 
 
539 aa  635    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172421  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3358  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60 
 
 
550 aa  667    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0899  GMC family oxidoreductase  62.93 
 
 
532 aa  698    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.886406  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1712  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.93 
 
 
536 aa  707    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334858  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3292  glucose-methanol-choline oxidoreductase  64.05 
 
 
533 aa  701    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.27 
 
 
548 aa  666    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000289824 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1397  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.5 
 
 
532 aa  706    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.34 
 
 
577 aa  696    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  65.27 
 
 
531 aa  727    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.567592  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0075  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.22 
 
 
548 aa  672    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0217236  hitchhiker  0.000000000166725 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4251  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.79 
 
 
539 aa  635    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.773505  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1426  putative GMC-type oxidoreductase  61.41 
 
 
557 aa  662    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3332  oxidoreductase, GMC family protein  60.83 
 
 
561 aa  659    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1733  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.92 
 
 
549 aa  654    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0167412  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.9 
 
 
578 aa  694    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3540  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.05 
 
 
544 aa  682    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3287  hypothetical protein  63.36 
 
 
533 aa  686    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0364  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.56 
 
 
618 aa  639    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  62.71 
 
 
571 aa  692    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1610  oxidoreductase, GMC family protein  61.77 
 
 
561 aa  679    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0084  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.47 
 
 
561 aa  707    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3566  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.36 
 
 
539 aa  645    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.08 
 
 
548 aa  669    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010293  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.93 
 
 
531 aa  718    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673966  normal  0.0679471 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3521  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.45 
 
 
555 aa  685    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.597773 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.29 
 
 
556 aa  637    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.8 
 
 
575 aa  636    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.214688 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0188  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.82 
 
 
552 aa  647    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2973  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.15 
 
 
578 aa  690    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4024  glucose-methanol-choline oxidoreductase  64.05 
 
 
533 aa  701    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.82 
 
 
557 aa  653    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.57 
 
 
539 aa  692    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3916  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.39 
 
 
570 aa  679    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.28 
 
 
561 aa  705    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.89 
 
 
567 aa  669    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485972  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3611  glucose-methanol-choline oxidoreductase  84.95 
 
 
534 aa  941    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5162  Choline dehydrogenase  100 
 
 
541 aa  1110    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0769143  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16390  putative GMC-type oxidoreductase  61.6 
 
 
557 aa  668    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.15 
 
 
578 aa  690    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4518  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.11 
 
 
550 aa  630  1e-179  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173052  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0301  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.24 
 
 
542 aa  630  1e-179  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0180  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.54 
 
 
578 aa  628  1e-179  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0911  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.18 
 
 
556 aa  630  1e-179  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0305  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.64 
 
 
564 aa  624  1e-177  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0229  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.29 
 
 
580 aa  624  1e-177  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0249  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.14 
 
 
569 aa  622  1e-177  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.356601 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.58 
 
 
564 aa  619  1e-176  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0353  choline dehydrogenase  56.72 
 
 
539 aa  618  1e-176  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3918  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.37 
 
 
569 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2672  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.25 
 
 
564 aa  575  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.382938 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2656  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.25 
 
 
564 aa  575  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.999254 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2628  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.25 
 
 
564 aa  575  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.339327  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.07 
 
 
558 aa  564  1.0000000000000001e-159  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.955883  normal  0.0235676 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2938  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.24 
 
 
564 aa  563  1.0000000000000001e-159  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.146353  normal  0.267475 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.95 
 
 
540 aa  530  1e-149  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.28 
 
 
541 aa  525  1e-148  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  50 
 
 
541 aa  523  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.72 
 
 
552 aa  510  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.25 
 
 
550 aa  506  9.999999999999999e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.92 
 
 
551 aa  496  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.44 
 
 
550 aa  496  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.44 
 
 
551 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.02 
 
 
542 aa  486  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.6 
 
 
551 aa  482  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.46 
 
 
537 aa  479  1e-134  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.6 
 
 
551 aa  481  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.81 
 
 
559 aa  480  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.29 
 
 
536 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.18 
 
 
569 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.72 
 
 
555 aa  467  9.999999999999999e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.18 
 
 
569 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.32 
 
 
534 aa  460  9.999999999999999e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.69 
 
 
546 aa  456  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.42 
 
 
534 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.71 
 
 
546 aa  451  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.15 
 
 
539 aa  443  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  44.21 
 
 
574 aa  443  1e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.78 
 
 
533 aa  436  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.604937  normal 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.61 
 
 
529 aa  423  1e-117  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.11 
 
 
538 aa  423  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>