More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1733 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009667  Oant_1397  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.77 
 
 		 532 aa  663    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0056  GMC family oxidoreductase  59.44 
 
 		 550 aa  648    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000620913 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5265  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.98 
 
 		 546 aa  679    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.371791  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4518  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.01 
 
 		 550 aa  663    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.82 
 
 		 547 aa  663    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.141234 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0958  GMC family oxidoreductase  61.21 
 
 		 532 aa  653    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4024  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.53 
 
 		 533 aa  652    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.44 
 
 		 548 aa  647    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010293  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3292  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.53 
 
 		 533 aa  652    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0075  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.25 
 
 		 548 aa  643    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0217236  hitchhiker  0.000000000166725 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  82.4 
 
 		 556 aa  908    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2981  GMC-type oxidoreductase  82.09 
 
 		 539 aa  888    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1733  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 549 aa  1122    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0167412  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0899  GMC family oxidoreductase  61.21 
 
 		 532 aa  652    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.886406  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4251  glucose-methanol-choline oxidoreductase  91.79 
 
 		 539 aa  1012    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.773505  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3566  glucose-methanol-choline oxidoreductase  93.28 
 
 		 539 aa  1034    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3611  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.77 
 
 		 534 aa  656    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5162  Choline dehydrogenase  59.92 
 
 		 541 aa  654    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0769143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.06 
 
 		 539 aa  641    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1712  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.7 
 
 		 536 aa  648    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.07 
 
 		 548 aa  639    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000289824 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.35 
 
 		 557 aa  634  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.57 
 
 		 531 aa  632  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.567592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1610  oxidoreductase, GMC family protein  58.47 
 
 		 561 aa  629  1e-179  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2933  oxidoreductase, GMC family protein  58.47 
 
 		 561 aa  629  1e-179  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2991  oxidoreductase, GMC family protein  58.47 
 
 		 561 aa  629  1e-179  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.87 
 
 		 577 aa  629  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3995  GMC family oxidoreductase  58.47 
 
 		 561 aa  629  1e-179  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.530618  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3378  oxidoreductase, GMC family protein  58.47 
 
 		 561 aa  629  1e-179  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.869228  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0301  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.62 
 
 		 542 aa  628  1e-179  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4069  GMC family oxidoreductase  58.1 
 
 		 561 aa  626  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0201  oxidoreductase, GMC family protein  58.1 
 
 		 561 aa  627  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.260049  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3358  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.09 
 
 		 550 aa  627  1e-178  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.05 
 
 		 578 aa  627  1e-178  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  57.25 
 
 		 571 aa  625  1e-178  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0084  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.73 
 
 		 561 aa  625  1e-178  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3287  hypothetical protein  59.4 
 
 		 533 aa  626  1e-178  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3372  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  58.3 
 
 		 539 aa  622  1e-177  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3214  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.87 
 
 		 544 aa  622  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.54 
 
 		 561 aa  623  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.44 
 
 		 531 aa  622  1e-177  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.06 
 
 		 531 aa  621  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673966  normal  0.0679471 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3803  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  58.58 
 
 		 548 aa  618  1e-176  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0363471 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3916  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.26 
 
 		 570 aa  618  1e-176  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.49 
 
 		 561 aa  621  1e-176  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2973  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.3 
 
 		 578 aa  619  1e-176  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.3 
 
 		 578 aa  619  1e-176  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3373  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.19 
 
 		 553 aa  616  1e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3521  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.32 
 
 		 555 aa  617  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.597773 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3540  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.12 
 
 		 544 aa  613  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3345  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  58.44 
 
 		 544 aa  611  1e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3332  oxidoreductase, GMC family protein  57.54 
 
 		 561 aa  610  1e-173  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0188  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.67 
 
 		 552 aa  610  1e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3050  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.13 
 
 		 564 aa  609  1e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.62 
 
 		 567 aa  608  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2379  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.26 
 
 		 571 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0180  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.14 
 
 		 578 aa  608  9.999999999999999e-173  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0364  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.18 
 
 		 618 aa  604  1.0000000000000001e-171  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1426  putative GMC-type oxidoreductase  57.46 
 
 		 557 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3918  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.81 
 
 		 569 aa  598  1e-170  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0229  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.78 
 
 		 580 aa  598  1e-170  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16390  putative GMC-type oxidoreductase  56.53 
 
 		 557 aa  597  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.93 
 
 		 575 aa  593  1e-168  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.214688 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0911  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.55 
 
 		 556 aa  586  1e-166  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0305  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.58 
 
 		 564 aa  585  1e-166  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.99 
 
 		 556 aa  587  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0249  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.76 
 
 		 569 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.356601 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.94 
 
 		 564 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0353  choline dehydrogenase  53.16 
 
 		 539 aa  578  1e-164  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2656  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.61 
 
 		 564 aa  551  1e-156  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.999254 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2672  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.61 
 
 		 564 aa  551  1e-156  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.382938 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2628  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.61 
 
 		 564 aa  551  1e-156  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.339327  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.61 
 
 		 558 aa  544  1e-153  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.955883  normal  0.0235676 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2938  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.16 
 
 		 564 aa  541  9.999999999999999e-153  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.146353  normal  0.267475 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  48.87 
 
 		 541 aa  505  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.74 
 
 		 551 aa  483  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.36 
 
 		 551 aa  481  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.37 
 
 		 550 aa  480  1e-134  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.6 
 
 		 551 aa  473  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.8 
 
 		 551 aa  473  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.5 
 
 		 537 aa  471  1.0000000000000001e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.15 
 
 		 534 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47 
 
 		 540 aa  468  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.39 
 
 		 546 aa  464  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.91 
 
 		 552 aa  451  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.17 
 
 		 541 aa  451  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.98 
 
 		 542 aa  447  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.3 
 
 		 534 aa  442  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.99 
 
 		 555 aa  441  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.08 
 
 		 569 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.71 
 
 		 569 aa  437  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.86 
 
 		 550 aa  438  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  44.1 
 
 		 574 aa  436  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.9 
 
 		 536 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.62 
 
 		 559 aa  429  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.15 
 
 		 539 aa  412  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5514  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.97 
 
 		 537 aa  407  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.67 
 
 		 529 aa  399  9.999999999999999e-111  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.75 
 
 		 563 aa  400  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4062  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.23 
 
 		 531 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>