More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2190 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  100 
 
 
541 aa  1105    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.82 
 
 
534 aa  616  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.47 
 
 
540 aa  608  9.999999999999999e-173  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.49 
 
 
552 aa  598  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.83 
 
 
541 aa  598  1e-169  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.1 
 
 
542 aa  595  1e-168  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.36 
 
 
534 aa  590  1e-167  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.43 
 
 
555 aa  587  1e-166  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.48 
 
 
551 aa  578  1e-164  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.78 
 
 
537 aa  578  1e-164  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.92 
 
 
559 aa  579  1e-164  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.95 
 
 
550 aa  577  1.0000000000000001e-163  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.11 
 
 
551 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.08 
 
 
550 aa  569  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.64 
 
 
551 aa  571  1e-161  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.45 
 
 
551 aa  568  1e-161  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  50.95 
 
 
574 aa  561  1e-158  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.04 
 
 
539 aa  556  1e-157  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.84 
 
 
546 aa  543  1e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.69 
 
 
569 aa  543  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.88 
 
 
569 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.32 
 
 
577 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.32 
 
 
578 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2991  oxidoreductase, GMC family protein  51.21 
 
 
561 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2933  oxidoreductase, GMC family protein  51.21 
 
 
561 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0201  oxidoreductase, GMC family protein  51.03 
 
 
561 aa  535  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.260049  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1610  oxidoreductase, GMC family protein  51.21 
 
 
561 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.13 
 
 
561 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3995  GMC family oxidoreductase  51.21 
 
 
561 aa  536  1e-151  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.530618  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3378  oxidoreductase, GMC family protein  51.21 
 
 
561 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.869228  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2973  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.13 
 
 
578 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.13 
 
 
578 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4069  GMC family oxidoreductase  50.84 
 
 
561 aa  531  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0084  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.65 
 
 
561 aa  534  1e-150  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.92 
 
 
536 aa  532  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3611  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.71 
 
 
534 aa  533  1e-150  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.28 
 
 
561 aa  533  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0958  GMC family oxidoreductase  49.81 
 
 
532 aa  525  1e-147  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3916  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50 
 
 
570 aa  523  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5162  Choline dehydrogenase  50 
 
 
541 aa  523  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0769143  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0899  GMC family oxidoreductase  49.81 
 
 
532 aa  524  1e-147  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.886406  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3292  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.55 
 
 
533 aa  519  1e-146  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4024  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.55 
 
 
533 aa  519  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1397  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.86 
 
 
532 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3332  oxidoreductase, GMC family protein  50.84 
 
 
561 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  49.53 
 
 
571 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3287  hypothetical protein  47.36 
 
 
533 aa  513  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3214  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.86 
 
 
544 aa  511  1e-144  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3050  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.53 
 
 
564 aa  514  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.41 
 
 
567 aa  514  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485972  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.09 
 
 
531 aa  511  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3540  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.86 
 
 
544 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2379  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.59 
 
 
571 aa  510  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5265  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.16 
 
 
546 aa  510  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.371791  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.52 
 
 
539 aa  511  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3345  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  49.43 
 
 
544 aa  507  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3372  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  49.34 
 
 
539 aa  508  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3358  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.11 
 
 
550 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1733  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.87 
 
 
549 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0167412  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1712  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.54 
 
 
536 aa  504  1e-141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334858  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3566  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.68 
 
 
539 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.78 
 
 
531 aa  499  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.567592  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.02 
 
 
556 aa  499  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4251  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.68 
 
 
539 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.773505  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4518  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.41 
 
 
550 aa  497  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173052  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3373  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.62 
 
 
553 aa  496  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5514  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.67 
 
 
537 aa  493  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  50 
 
 
553 aa  494  9.999999999999999e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  46.96 
 
 
562 aa  493  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.02 
 
 
531 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673966  normal  0.0679471 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0056  GMC family oxidoreductase  47.08 
 
 
550 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000620913 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  49.44 
 
 
570 aa  489  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.73 
 
 
537 aa  489  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.02 
 
 
539 aa  491  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.45 
 
 
557 aa  488  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.78 
 
 
556 aa  489  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.25 
 
 
547 aa  488  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.141234 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16390  putative GMC-type oxidoreductase  48.86 
 
 
557 aa  490  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2981  GMC-type oxidoreductase  48.42 
 
 
539 aa  486  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172421  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.92 
 
 
563 aa  485  1e-136  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1426  putative GMC-type oxidoreductase  49.05 
 
 
557 aa  486  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1993  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.75 
 
 
553 aa  486  1e-136  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.689295 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.89 
 
 
548 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010293  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0075  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.27 
 
 
548 aa  488  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0217236  hitchhiker  0.000000000166725 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3521  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.31 
 
 
555 aa  488  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.597773 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.79 
 
 
538 aa  487  1e-136  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.92 
 
 
532 aa  483  1e-135  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.7 
 
 
548 aa  485  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000289824 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.24 
 
 
530 aa  481  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.82 
 
 
542 aa  479  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3803  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  47.1 
 
 
548 aa  479  1e-134  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0363471 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.02 
 
 
533 aa  476  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.604937  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.14 
 
 
518 aa  477  1e-133  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6820  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.6 
 
 
602 aa  478  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0301  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.61 
 
 
542 aa  476  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.42 
 
 
546 aa  475  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.17 
 
 
529 aa  476  1e-133  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2672  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.23 
 
 
564 aa  474  1e-132  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.382938 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0188  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.59 
 
 
552 aa  474  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.46 
 
 
534 aa  473  1e-132  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>