More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4062 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5514  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.24 
 
 		 537 aa  655    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4062  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 531 aa  1082    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.88 
 
 		 552 aa  482  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.33 
 
 		 546 aa  479  1e-134  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  47.71 
 
 		 541 aa  472  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.19 
 
 		 541 aa  468  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.96 
 
 		 550 aa  464  1e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.79 
 
 		 534 aa  459  9.999999999999999e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.42 
 
 		 542 aa  461  9.999999999999999e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.85 
 
 		 551 aa  449  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.4 
 
 		 539 aa  448  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.73 
 
 		 551 aa  444  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.92 
 
 		 537 aa  439  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.91 
 
 		 551 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.12 
 
 		 534 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.8 
 
 		 577 aa  432  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.94 
 
 		 578 aa  434  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.5 
 
 		 559 aa  429  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.8 
 
 		 561 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.27 
 
 		 550 aa  432  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0084  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.8 
 
 		 561 aa  431  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.54 
 
 		 540 aa  429  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3050  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.61 
 
 		 564 aa  429  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2973  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.61 
 
 		 578 aa  429  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.8 
 
 		 561 aa  430  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.61 
 
 		 578 aa  429  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1712  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.99 
 
 		 536 aa  426  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334858  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3345  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  43.67 
 
 		 544 aa  428  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3292  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.94 
 
 		 533 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.18 
 
 		 551 aa  426  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4024  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.94 
 
 		 533 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3995  GMC family oxidoreductase  44.99 
 
 		 561 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.530618  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2933  oxidoreductase, GMC family protein  44.99 
 
 		 561 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1610  oxidoreductase, GMC family protein  44.99 
 
 		 561 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.05 
 
 		 531 aa  424  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  45.01 
 
 		 571 aa  423  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2991  oxidoreductase, GMC family protein  44.99 
 
 		 561 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3378  oxidoreductase, GMC family protein  44.99 
 
 		 561 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.869228  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0201  oxidoreductase, GMC family protein  44.61 
 
 		 561 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.260049  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.26 
 
 		 555 aa  420  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.26 
 
 		 531 aa  421  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.567592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3540  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.45 
 
 		 544 aa  421  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3214  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.26 
 
 		 544 aa  422  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4069  GMC family oxidoreductase  44.61 
 
 		 561 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3916  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.23 
 
 		 570 aa  419  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3287  hypothetical protein  42.94 
 
 		 533 aa  419  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.13 
 
 		 531 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673966  normal  0.0679471 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3332  oxidoreductase, GMC family protein  44.61 
 
 		 561 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3566  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.47 
 
 		 539 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3372  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  43.48 
 
 		 539 aa  414  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.26 
 
 		 569 aa  413  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7484  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.28 
 
 		 540 aa  409  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.72 
 
 		 539 aa  411  1e-113  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.96 
 
 		 567 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4251  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.34 
 
 		 539 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.773505  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1733  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.53 
 
 		 549 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0167412  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.89 
 
 		 536 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.69 
 
 		 569 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3521  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.86 
 
 		 555 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.597773 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1582  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.45 
 
 		 533 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0353  choline dehydrogenase  41.68 
 
 		 539 aa  402  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.6 
 
 		 518 aa  402  1e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3358  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.64 
 
 		 550 aa  402  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2910  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.31 
 
 		 535 aa  403  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.125066 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.39 
 
 		 546 aa  402  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2981  GMC-type oxidoreductase  44.53 
 
 		 539 aa  404  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1397  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.67 
 
 		 532 aa  402  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3373  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.97 
 
 		 553 aa  403  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0056  GMC family oxidoreductase  43.16 
 
 		 550 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000620913 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.97 
 
 		 548 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000289824 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0958  GMC family oxidoreductase  42.29 
 
 		 532 aa  400  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0899  GMC family oxidoreductase  42.29 
 
 		 532 aa  399  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.886406  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.02 
 
 		 557 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.53 
 
 		 533 aa  400  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.604937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1543  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.61 
 
 		 530 aa  400  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.67 
 
 		 556 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0075  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.54 
 
 		 548 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0217236  hitchhiker  0.000000000166725 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.16 
 
 		 548 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010293  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5265  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.96 
 
 		 546 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.371791  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0332  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.83 
 
 		 544 aa  397  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.34 
 
 		 543 aa  396  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4518  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.54 
 
 		 550 aa  393  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3803  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  42.88 
 
 		 548 aa  394  1e-108  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0363471 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  40.66 
 
 		 574 aa  392  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1993  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.84 
 
 		 553 aa  393  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.689295 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.42 
 
 		 529 aa  395  1e-108  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.35 
 
 		 542 aa  389  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6373  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  42.03 
 
 		 540 aa  390  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3611  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.91 
 
 		 534 aa  390  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5162  Choline dehydrogenase  41.81 
 
 		 541 aa  391  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0769143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0379  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.05 
 
 		 561 aa  390  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.547606 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2379  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.89 
 
 		 571 aa  390  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  40.87 
 
 		 562 aa  388  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2672  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.91 
 
 		 564 aa  387  1e-106  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.382938 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0301  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.82 
 
 		 542 aa  387  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2656  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.91 
 
 		 564 aa  387  1e-106  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.999254 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  42.16 
 
 		 559 aa  389  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2628  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.91 
 
 		 564 aa  387  1e-106  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.339327  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.13 
 
 		 541 aa  387  1e-106  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16390  putative GMC-type oxidoreductase  43.56 
 
 		 557 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>