More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0379 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0379  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 561 aa  1143    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.547606 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.11 
 
 		 555 aa  595  1e-169  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.36 
 
 		 536 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  46.99 
 
 		 541 aa  467  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.29 
 
 		 540 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.2 
 
 		 569 aa  449  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.84 
 
 		 569 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.16 
 
 		 533 aa  444  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.604937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6272  putative choline (or alcohol) dehydrogenase  45.47 
 
 		 544 aa  433  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.73 
 
 		 551 aa  432  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.37 
 
 		 551 aa  429  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.01 
 
 		 551 aa  429  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0332  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.95 
 
 		 544 aa  431  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.01 
 
 		 551 aa  429  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0398  GMC family oxidoreductase  44.32 
 
 		 544 aa  426  1e-118  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3292  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.58 
 
 		 533 aa  428  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.12 
 
 		 537 aa  426  1e-118  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4024  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.58 
 
 		 533 aa  428  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.19 
 
 		 531 aa  428  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  43.35 
 
 		 574 aa  427  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0958  GMC family oxidoreductase  42.81 
 
 		 532 aa  425  1e-117  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1397  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.45 
 
 		 532 aa  425  1e-117  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.14 
 
 		 534 aa  423  1e-117  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.73 
 
 		 550 aa  425  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.11 
 
 		 537 aa  424  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.674224  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0084  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.17 
 
 		 561 aa  422  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0899  GMC family oxidoreductase  42.62 
 
 		 532 aa  423  1e-117  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.886406  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.99 
 
 		 533 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.02 
 
 		 561 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.74 
 
 		 531 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.567592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.29 
 
 		 531 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673966  normal  0.0679471 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3287  hypothetical protein  43.58 
 
 		 533 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.84 
 
 		 578 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2973  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.84 
 
 		 578 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.99 
 
 		 561 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.3 
 
 		 578 aa  412  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.03 
 
 		 542 aa  414  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2991  oxidoreductase, GMC family protein  44.34 
 
 		 561 aa  415  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6820  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.41 
 
 		 602 aa  414  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2933  oxidoreductase, GMC family protein  44.34 
 
 		 561 aa  415  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0201  oxidoreductase, GMC family protein  44.17 
 
 		 561 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.260049  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3995  GMC family oxidoreductase  44.34 
 
 		 561 aa  415  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.530618  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.3 
 
 		 577 aa  415  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3378  oxidoreductase, GMC family protein  44.34 
 
 		 561 aa  415  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.869228  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.52 
 
 		 541 aa  414  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  43.57 
 
 		 571 aa  414  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1610  oxidoreductase, GMC family protein  44.34 
 
 		 561 aa  415  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3916  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.57 
 
 		 570 aa  415  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4069  GMC family oxidoreductase  44.17 
 
 		 561 aa  411  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7484  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.59 
 
 		 540 aa  410  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3611  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.46 
 
 		 534 aa  409  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.58 
 
 		 549 aa  410  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0946  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.48 
 
 		 538 aa  409  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.08 
 
 		 534 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3372  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  43.4 
 
 		 539 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3332  oxidoreductase, GMC family protein  44.8 
 
 		 561 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3050  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.29 
 
 		 564 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5162  Choline dehydrogenase  42.55 
 
 		 541 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0769143  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3345  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  42.67 
 
 		 544 aa  402  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.34 
 
 		 552 aa  402  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.24 
 
 		 550 aa  400  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7343  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.37 
 
 		 546 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.381853  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1169  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.29 
 
 		 544 aa  397  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1543  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.94 
 
 		 530 aa  397  1e-109  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3540  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.67 
 
 		 544 aa  398  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1712  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.11 
 
 		 536 aa  397  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3521  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.13 
 
 		 555 aa  396  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.597773 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3214  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.49 
 
 		 544 aa  397  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.31 
 
 		 543 aa  398  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.62 
 
 		 546 aa  398  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.68 
 
 		 563 aa  393  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  40.36 
 
 		 561 aa  390  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.07 
 
 		 539 aa  390  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.84 
 
 		 559 aa  389  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.22 
 
 		 567 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5265  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.29 
 
 		 546 aa  388  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.371791  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  43.9 
 
 		 553 aa  389  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0130  choline dehydrogenase  41.05 
 
 		 547 aa  387  1e-106  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000105235  normal  0.777409 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.5 
 
 		 532 aa  387  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.26 
 
 		 542 aa  385  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1624  choline dehydrogenase  42.29 
 
 		 558 aa  383  1e-105  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.529123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1733  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.77 
 
 		 549 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0167412  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4062  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.99 
 
 		 531 aa  385  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3929  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.42 
 
 		 528 aa  384  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2379  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.71 
 
 		 571 aa  382  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2716  putative GMC oxidoreductase  41.52 
 
 		 562 aa  384  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  39.86 
 
 		 572 aa  385  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.39 
 
 		 556 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1639  choline dehydrogenase  42.18 
 
 		 558 aa  380  1e-104  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.58518 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  38.76 
 
 		 539 aa  379  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  39.45 
 
 		 564 aa  381  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1582  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.99 
 
 		 533 aa  381  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.41 
 
 		 518 aa  381  1e-104  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4518  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.5 
 
 		 550 aa  380  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1579  GMC family oxidoreductase  39.93 
 
 		 538 aa  381  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2822  choline dehydrogenase  41.23 
 
 		 551 aa  381  1e-104  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  38.32 
 
 		 556 aa  380  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.69 
 
 		 539 aa  379  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0287  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.03 
 
 		 547 aa  379  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.839819 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4251  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.5 
 
 		 539 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.773505  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>