More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2644 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  100 
 
 		 574 aa  1196    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  55.96 
 
 		 553 aa  606  9.999999999999999e-173  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  53.01 
 
 		 570 aa  598  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3744  choline dehydrogenase  54.78 
 
 		 554 aa  593  1e-168  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0339169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  50.95 
 
 		 541 aa  561  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  49.34 
 
 		 562 aa  548  1e-154  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  49.26 
 
 		 556 aa  542  1e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  48.25 
 
 		 572 aa  538  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.13 
 
 		 552 aa  536  1e-151  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  48.14 
 
 		 552 aa  533  1e-150  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  48.43 
 
 		 552 aa  532  1e-150  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.47 
 
 		 542 aa  532  1e-150  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  48.11 
 
 		 549 aa  528  1e-149  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  46.69 
 
 		 561 aa  526  1e-148  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  47.38 
 
 		 549 aa  525  1e-147  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  47.11 
 
 		 564 aa  523  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3226  choline dehydrogenase  47.68 
 
 		 556 aa  524  1e-147  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.191345 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  47.1 
 
 		 565 aa  524  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.07 
 
 		 546 aa  523  1e-147  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0554  choline dehydrogenase  47.19 
 
 		 549 aa  523  1e-147  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.96 
 
 		 543 aa  525  1e-147  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  46.24 
 
 		 560 aa  519  1e-146  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4732  choline dehydrogenase  50.09 
 
 		 568 aa  518  1e-146  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  48.24 
 
 		 553 aa  518  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  47.15 
 
 		 560 aa  521  1e-146  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.97 
 
 		 563 aa  516  1.0000000000000001e-145  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0401  choline dehydrogenase  50.37 
 
 		 563 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.726855 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.57 
 
 		 529 aa  516  1.0000000000000001e-145  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  49.72 
 
 		 550 aa  517  1.0000000000000001e-145  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.53 
 
 		 541 aa  518  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8399  choline dehydrogenase  49.72 
 
 		 574 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.553301  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5064  choline dehydrogenase  49.44 
 
 		 565 aa  512  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.53 
 
 		 538 aa  512  1e-144  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.77 
 
 		 540 aa  510  1e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  46.55 
 
 		 560 aa  511  1e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0443  choline dehydrogenase  49.17 
 
 		 568 aa  511  1e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.300865  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.76 
 
 		 534 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5115  choline dehydrogenase  49.26 
 
 		 565 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  48.76 
 
 		 531 aa  509  1e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.43 
 
 		 552 aa  509  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4937  choline dehydrogenase  49.44 
 
 		 565 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5244  choline dehydrogenase  48.88 
 
 		 567 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80037  normal  0.0658003 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.25 
 
 		 537 aa  506  9.999999999999999e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.34 
 
 		 532 aa  507  9.999999999999999e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.76 
 
 		 531 aa  508  9.999999999999999e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0481  choline dehydrogenase  48.34 
 
 		 565 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.16 
 
 		 534 aa  504  1e-141  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.04 
 
 		 539 aa  503  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50 
 
 		 531 aa  502  1e-141  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  46.93 
 
 		 562 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2072  choline dehydrogenase  45.04 
 
 		 562 aa  504  1e-141  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  45.34 
 
 		 565 aa  503  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.46 
 
 		 550 aa  498  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0530  choline dehydrogenase  48.22 
 
 		 570 aa  500  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1514  choline dehydrogenase  47.23 
 
 		 560 aa  500  1e-140  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0264792  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  46.55 
 
 		 557 aa  500  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1515  choline dehydrogenase  47.87 
 
 		 555 aa  499  1e-140  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.307618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2917  choline dehydrogenase  48.34 
 
 		 567 aa  496  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.80885  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  45.25 
 
 		 561 aa  496  1e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6157  choline dehydrogenase  47.96 
 
 		 561 aa  496  1e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.103614  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2831  choline dehydrogenase  48.34 
 
 		 567 aa  496  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.121193  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4716  choline dehydrogenase  48.42 
 
 		 561 aa  497  1e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.959774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5834  choline dehydrogenase  47.06 
 
 		 577 aa  496  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06179  choline dehydrogenase  45.74 
 
 		 569 aa  496  1e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2184  choline dehydrogenase  46.93 
 
 		 548 aa  495  1e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  45.47 
 
 		 561 aa  498  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3536  choline dehydrogenase  47.41 
 
 		 566 aa  497  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0562  choline dehydrogenase  46.63 
 
 		 549 aa  498  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.55111 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  44.91 
 
 		 561 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  44.91 
 
 		 561 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.35 
 
 		 530 aa  495  1e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.42 
 
 		 551 aa  498  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  45.47 
 
 		 561 aa  498  1e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.54 
 
 		 555 aa  497  1e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4459  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.35 
 
 		 560 aa  495  1e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0573714  hitchhiker  0.00237498 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.7 
 
 		 534 aa  492  9.999999999999999e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3919  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.16 
 
 		 572 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.326511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6848  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.81 
 
 		 556 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.90225 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.19 
 
 		 551 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5182  choline dehydrogenase  47.22 
 
 		 566 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.222705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5100  choline dehydrogenase  47.22 
 
 		 566 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3268  choline dehydrogenase  47.22 
 
 		 566 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121076  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70940  choline dehydrogenase  47.21 
 
 		 561 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.512014 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00267  choline dehydrogenase  46.74 
 
 		 556 aa  489  1e-137  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3295  choline dehydrogenase  46.93 
 
 		 556 aa  489  1e-137  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0856  choline dehydrogenase  46.37 
 
 		 548 aa  489  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00270  hypothetical protein  46.74 
 
 		 556 aa  489  1e-137  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0326  choline dehydrogenase  46.93 
 
 		 556 aa  489  1e-137  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1144  choline dehydrogenase  45.69 
 
 		 551 aa  491  1e-137  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0553  choline dehydrogenase  47.04 
 
 		 566 aa  491  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0373  choline dehydrogenase  46.74 
 
 		 562 aa  489  1e-137  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.868243  normal  0.338212 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1072  choline dehydrogenase  47.22 
 
 		 565 aa  489  1e-137  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00240234  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3312  choline dehydrogenase  46.93 
 
 		 556 aa  489  1e-137  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3310  choline dehydrogenase  48.04 
 
 		 572 aa  491  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.903723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3601  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.97 
 
 		 572 aa  491  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2310  choline dehydrogenase  46.27 
 
 		 548 aa  489  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4512  choline dehydrogenase  46.67 
 
 		 566 aa  489  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0370  choline dehydrogenase  46.93 
 
 		 556 aa  489  1e-137  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0130  choline dehydrogenase  45.76 
 
 		 547 aa  490  1e-137  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000105235  normal  0.777409 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5037  choline dehydrogenase  46.67 
 
 		 566 aa  490  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>