More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1543 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1543  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 530 aa  1083    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.76 
 
 		 543 aa  494  9.999999999999999e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.15 
 
 		 534 aa  481  1e-134  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  44.91 
 
 		 574 aa  464  1e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  46.39 
 
 		 541 aa  449  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  46.01 
 
 		 552 aa  442  9.999999999999999e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  46.29 
 
 		 562 aa  441  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3226  choline dehydrogenase  46.5 
 
 		 556 aa  436  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.191345 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.25 
 
 		 534 aa  436  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2458  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.06 
 
 		 554 aa  438  1e-121  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.144677  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0554  choline dehydrogenase  44.3 
 
 		 549 aa  434  1e-120  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  44.11 
 
 		 549 aa  432  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.94 
 
 		 518 aa  431  1e-119  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  43.92 
 
 		 549 aa  430  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0776  choline dehydrogenase  44.3 
 
 		 549 aa  431  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0802775 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0856  choline dehydrogenase  46.69 
 
 		 548 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2184  choline dehydrogenase  46.5 
 
 		 548 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0562  choline dehydrogenase  44.49 
 
 		 549 aa  426  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.55111 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  45.98 
 
 		 570 aa  425  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  44.95 
 
 		 562 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0889  choline dehydrogenase  44.11 
 
 		 549 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.08 
 
 		 537 aa  424  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.52 
 
 		 531 aa  423  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1882  choline dehydrogenase  45.28 
 
 		 551 aa  424  1e-117  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1582  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.83 
 
 		 533 aa  420  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2310  choline dehydrogenase  46.88 
 
 		 548 aa  419  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  43.67 
 
 		 561 aa  421  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.95 
 
 		 540 aa  419  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.01 
 
 		 552 aa  422  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2044  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.94 
 
 		 562 aa  416  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.544058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.69 
 
 		 541 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  44.22 
 
 		 559 aa  413  1e-114  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.27 
 
 		 530 aa  412  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6326  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.58 
 
 		 554 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6373  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  42.94 
 
 		 540 aa  409  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  41.67 
 
 		 564 aa  409  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1144  choline dehydrogenase  43.16 
 
 		 551 aa  409  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  45.03 
 
 		 550 aa  408  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  43.26 
 
 		 534 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0530  choline dehydrogenase  46.21 
 
 		 570 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  43.88 
 
 		 553 aa  403  1e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  42.72 
 
 		 560 aa  403  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  42.56 
 
 		 561 aa  403  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2831  choline dehydrogenase  45.01 
 
 		 567 aa  405  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.121193  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1896  choline dehydrogenase  44.68 
 
 		 550 aa  403  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.338897 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.54 
 
 		 546 aa  402  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.69 
 
 		 549 aa  402  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2917  choline dehydrogenase  45.01 
 
 		 567 aa  405  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.80885  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  42.02 
 
 		 572 aa  405  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.47 
 
 		 552 aa  404  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  41.29 
 
 		 556 aa  402  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.86 
 
 		 550 aa  404  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3310  choline dehydrogenase  44.19 
 
 		 572 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.903723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  41.05 
 
 		 565 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.23 
 
 		 546 aa  400  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000364  choline dehydrogenase  41.3 
 
 		 571 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.67 
 
 		 531 aa  400  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0553  choline dehydrogenase  44.26 
 
 		 566 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  43.42 
 
 		 553 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  41.89 
 
 		 561 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1072  choline dehydrogenase  44.82 
 
 		 565 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00240234  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3744  choline dehydrogenase  44.8 
 
 		 554 aa  400  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0339169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3929  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.72 
 
 		 528 aa  400  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.47 
 
 		 529 aa  401  9.999999999999999e-111  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.33 
 
 		 531 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  45.33 
 
 		 531 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  41.25 
 
 		 560 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  41.89 
 
 		 561 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  40.78 
 
 		 560 aa  400  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.13 
 
 		 541 aa  399  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.18 
 
 		 542 aa  402  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06179  choline dehydrogenase  40.93 
 
 		 569 aa  397  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0481  choline dehydrogenase  44.3 
 
 		 565 aa  398  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.13 
 
 		 541 aa  398  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  41.05 
 
 		 539 aa  398  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  44.01 
 
 		 559 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6272  putative choline (or alcohol) dehydrogenase  43.45 
 
 		 544 aa  397  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.83 
 
 		 539 aa  397  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  41.35 
 
 		 565 aa  396  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4062  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.61 
 
 		 531 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2554  choline dehydrogenase  43.61 
 
 		 559 aa  398  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0102453  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1031  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.88 
 
 		 539 aa  395  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  41.89 
 
 		 561 aa  398  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  41.89 
 
 		 561 aa  398  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0379  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.94 
 
 		 561 aa  397  1e-109  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.547606 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.88 
 
 		 531 aa  393  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.567592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.31 
 
 		 537 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5182  choline dehydrogenase  43.8 
 
 		 566 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.222705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4708  Choline dehydrogenase  42.32 
 
 		 513 aa  392  1e-108  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5037  choline dehydrogenase  43.86 
 
 		 566 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0377  choline dehydrogenase  44.55 
 
 		 565 aa  395  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.119078  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7484  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.96 
 
 		 540 aa  394  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.15 
 
 		 534 aa  395  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5100  choline dehydrogenase  43.8 
 
 		 566 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.8 
 
 		 535 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1925  choline dehydrogenase  44.55 
 
 		 565 aa  395  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0217321  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  43.41 
 
 		 557 aa  392  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8399  choline dehydrogenase  45.28 
 
 		 574 aa  392  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.553301  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3268  choline dehydrogenase  43.8 
 
 		 566 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121076  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  43.63 
 
 		 559 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>