More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0845 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0845  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 536 aa  1095    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.189337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2838  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.57 
 
 		 555 aa  500  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.635296 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1993  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.5 
 
 		 553 aa  497  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.689295 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1942  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.61 
 
 		 533 aa  468  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2910  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.04 
 
 		 535 aa  462  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.125066 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  44.05 
 
 		 541 aa  429  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.7 
 
 		 541 aa  417  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.87 
 
 		 542 aa  401  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.96 
 
 		 537 aa  401  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.59 
 
 		 546 aa  400  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.64 
 
 		 534 aa  396  1e-109  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.25 
 
 		 552 aa  395  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.04 
 
 		 540 aa  393  1e-108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.01 
 
 		 539 aa  393  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.55 
 
 		 559 aa  391  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.19 
 
 		 551 aa  390  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.48 
 
 		 550 aa  390  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.97 
 
 		 551 aa  383  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.82 
 
 		 551 aa  383  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.34 
 
 		 551 aa  384  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.52 
 
 		 550 aa  380  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.77 
 
 		 569 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.59 
 
 		 569 aa  375  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.97 
 
 		 531 aa  377  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.93 
 
 		 531 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.567592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.44 
 
 		 531 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673966  normal  0.0679471 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.34 
 
 		 555 aa  375  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0899  GMC family oxidoreductase  40.26 
 
 		 532 aa  370  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.886406  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0958  GMC family oxidoreductase  40.26 
 
 		 532 aa  370  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3358  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.11 
 
 		 550 aa  369  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1397  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.89 
 
 		 532 aa  371  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1949  GMC family oxidoreductase  40.11 
 
 		 550 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0586145  unclonable  0.000000512241 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.71 
 
 		 529 aa  367  1e-100  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.31 
 
 		 542 aa  367  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3611  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.93 
 
 		 534 aa  367  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.18 
 
 		 534 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3566  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.1 
 
 		 539 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.33 
 
 		 536 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3292  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.52 
 
 		 533 aa  364  2e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1733  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.21 
 
 		 549 aa  364  2e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0167412  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6820  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.82 
 
 		 602 aa  364  2e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4024  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.52 
 
 		 533 aa  364  2e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1712  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.37 
 
 		 536 aa  362  7.0000000000000005e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4251  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.73 
 
 		 539 aa  361  2e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.773505  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0056  GMC family oxidoreductase  41.1 
 
 		 550 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000620913 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5162  Choline dehydrogenase  38.89 
 
 		 541 aa  360  3e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0769143  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5514  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.73 
 
 		 537 aa  360  4e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.52 
 
 		 548 aa  359  7e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010293  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.1 
 
 		 548 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000289824 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.85 
 
 		 578 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.78 
 
 		 577 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3373  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.59 
 
 		 553 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.4 
 
 		 538 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0084  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.85 
 
 		 561 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.89 
 
 		 561 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2933  oxidoreductase, GMC family protein  40.96 
 
 		 561 aa  354  2e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1610  oxidoreductase, GMC family protein  40.96 
 
 		 561 aa  354  2e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3995  GMC family oxidoreductase  40.96 
 
 		 561 aa  354  2e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.530618  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2991  oxidoreductase, GMC family protein  40.96 
 
 		 561 aa  354  2e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40 
 
 		 561 aa  354  2e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3378  oxidoreductase, GMC family protein  40.96 
 
 		 561 aa  354  2e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.869228  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0201  oxidoreductase, GMC family protein  40.77 
 
 		 561 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.260049  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4069  GMC family oxidoreductase  40.96 
 
 		 561 aa  353  5e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.67 
 
 		 567 aa  353  5e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  40.82 
 
 		 571 aa  353  5.9999999999999994e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.93 
 
 		 556 aa  352  7e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0332  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.04 
 
 		 544 aa  352  7e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.99 
 
 		 532 aa  352  8e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.71 
 
 		 578 aa  352  8e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2973  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.71 
 
 		 578 aa  352  8e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4518  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.74 
 
 		 550 aa  352  8.999999999999999e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7484  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.41 
 
 		 540 aa  352  1e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3916  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.45 
 
 		 570 aa  352  1e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5265  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.85 
 
 		 546 aa  351  2e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.371791  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0075  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.84 
 
 		 548 aa  351  2e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0217236  hitchhiker  0.000000000166725 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.78 
 
 		 533 aa  350  3e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.604937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3287  hypothetical protein  38.96 
 
 		 533 aa  350  4e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.33 
 
 		 546 aa  350  4e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.03 
 
 		 563 aa  349  9e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3372  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  39.93 
 
 		 539 aa  348  1e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0364  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.18 
 
 		 618 aa  348  1e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.59 
 
 		 537 aa  347  3e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.674224  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6272  putative choline (or alcohol) dehydrogenase  40.37 
 
 		 544 aa  347  3e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1582  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.37 
 
 		 533 aa  346  5e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0379  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.16 
 
 		 561 aa  346  5e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.547606 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.24 
 
 		 557 aa  344  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0398  GMC family oxidoreductase  39.66 
 
 		 544 aa  344  2e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3332  oxidoreductase, GMC family protein  40.77 
 
 		 561 aa  345  2e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  38.06 
 
 		 564 aa  343  5.999999999999999e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1169  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.78 
 
 		 544 aa  342  8e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.78 
 
 		 539 aa  342  9e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2379  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.45 
 
 		 571 aa  342  1e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  37.59 
 
 		 561 aa  341  2e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  37.8 
 
 		 561 aa  341  2e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1579  GMC family oxidoreductase  37.64 
 
 		 538 aa  341  2e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  37.8 
 
 		 561 aa  341  2e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  37.8 
 
 		 561 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  37.8 
 
 		 561 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.68 
 
 		 575 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.214688 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1635  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39 
 
 		 534 aa  340  4e-92  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643208  normal  0.915824 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>