More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1949 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1949  GMC family oxidoreductase  100 
 
 		 550 aa  1129    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0586145  unclonable  0.000000512241 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6820  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.27 
 
 		 602 aa  522  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1579  GMC family oxidoreductase  47.03 
 
 		 538 aa  496  1e-139  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1169  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.32 
 
 		 544 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7484  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.39 
 
 		 540 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  46.23 
 
 		 541 aa  456  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  46.09 
 
 		 559 aa  451  1e-125  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.62 
 
 		 534 aa  449  1e-125  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.75 
 
 		 541 aa  447  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.58 
 
 		 559 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.51 
 
 		 542 aa  441  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.66 
 
 		 555 aa  437  1e-121  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.9 
 
 		 546 aa  433  1e-120  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.46 
 
 		 552 aa  431  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.53 
 
 		 550 aa  426  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.96 
 
 		 551 aa  426  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  44.25 
 
 		 574 aa  424  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.88 
 
 		 551 aa  424  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.92 
 
 		 537 aa  425  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.63 
 
 		 529 aa  424  1e-117  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.65 
 
 		 551 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.61 
 
 		 540 aa  417  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3345  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  45.68 
 
 		 544 aa  412  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.21 
 
 		 551 aa  415  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.24 
 
 		 536 aa  412  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.91 
 
 		 539 aa  410  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.98 
 
 		 550 aa  410  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.58 
 
 		 569 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.54 
 
 		 541 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.92 
 
 		 531 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3611  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.42 
 
 		 534 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  44.76 
 
 		 531 aa  408  1.0000000000000001e-112  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6373  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  42.94 
 
 		 540 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3540  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.74 
 
 		 544 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.36 
 
 		 563 aa  406  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.29 
 
 		 569 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.28 
 
 		 546 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.296115 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.88 
 
 		 534 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1582  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.59 
 
 		 533 aa  406  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  42.18 
 
 		 539 aa  404  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3214  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.55 
 
 		 544 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  43.49 
 
 		 570 aa  405  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.59 
 
 		 561 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5265  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.16 
 
 		 546 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.371791  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.56 
 
 		 542 aa  401  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5162  Choline dehydrogenase  43.88 
 
 		 541 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0769143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.71 
 
 		 546 aa  399  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.97 
 
 		 549 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.4 
 
 		 578 aa  398  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1733  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.49 
 
 		 549 aa  398  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0167412  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.24 
 
 		 532 aa  398  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2973  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.4 
 
 		 578 aa  398  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1712  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.01 
 
 		 536 aa  395  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.96 
 
 		 539 aa  398  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  43.26 
 
 		 559 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4518  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.86 
 
 		 550 aa  395  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3916  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.28 
 
 		 570 aa  394  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.03 
 
 		 577 aa  394  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.8 
 
 		 531 aa  393  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2838  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.97 
 
 		 555 aa  392  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.635296 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0194  GMC family oxidoreductase  41.73 
 
 		 548 aa  393  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  42.7 
 
 		 559 aa  395  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  43.41 
 
 		 553 aa  394  1e-108  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0084  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.9 
 
 		 561 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  42.32 
 
 		 561 aa  393  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0958  GMC family oxidoreductase  42.83 
 
 		 532 aa  390  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.91 
 
 		 518 aa  391  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3138  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.34 
 
 		 532 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.98 
 
 		 533 aa  390  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.604937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  43.02 
 
 		 571 aa  392  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.45 
 
 		 531 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.567592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.72 
 
 		 531 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691807  normal  0.0210476 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.25 
 
 		 539 aa  390  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1397  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.45 
 
 		 532 aa  389  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1635  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.11 
 
 		 534 aa  391  1e-107  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643208  normal  0.915824 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.9 
 
 		 561 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3995  GMC family oxidoreductase  42.46 
 
 		 561 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.530618  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0670  GMC family oxidoreductase  42.01 
 
 		 534 aa  387  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4069  GMC family oxidoreductase  42.27 
 
 		 561 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2933  oxidoreductase, GMC family protein  42.46 
 
 		 561 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5337  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.75 
 
 		 600 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.231686 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3292  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.16 
 
 		 533 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0899  GMC family oxidoreductase  42.64 
 
 		 532 aa  389  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.886406  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4024  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.16 
 
 		 533 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1610  oxidoreductase, GMC family protein  42.46 
 
 		 561 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4459  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.96 
 
 		 560 aa  388  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0573714  hitchhiker  0.00237498 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1846  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.82 
 
 		 547 aa  386  1e-106  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  40.37 
 
 		 556 aa  388  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2991  oxidoreductase, GMC family protein  42.46 
 
 		 561 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3378  oxidoreductase, GMC family protein  42.46 
 
 		 561 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.869228  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4997  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.34 
 
 		 532 aa  388  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3373  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.4 
 
 		 553 aa  383  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0061  GMC oxidoreductase  41.98 
 
 		 556 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0062  GMC oxidoreductase  41.98 
 
 		 556 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0201  oxidoreductase, GMC family protein  41.9 
 
 		 561 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.260049  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0278  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase family protein  41.98 
 
 		 556 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914416  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  41.29 
 
 		 552 aa  382  1e-105  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3332  oxidoreductase, GMC family protein  42.17 
 
 		 561 aa  384  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.4 
 
 		 535 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.64 
 
 		 552 aa  382  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>