More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4997 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3138  glucose-methanol-choline oxidoreductase  99.25 
 
 		 532 aa  1085    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4997  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 532 aa  1094    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4502  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.04 
 
 		 537 aa  611  1e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.618837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3158  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.04 
 
 		 537 aa  610  1e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0557  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.72 
 
 		 535 aa  597  1e-169  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0331  GMC oxidoreductase  55.03 
 
 		 557 aa  587  1e-166  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4030  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.25 
 
 		 534 aa  550  1e-155  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0061  GMC oxidoreductase  49.44 
 
 		 556 aa  481  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0278  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase family protein  49.44 
 
 		 556 aa  481  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914416  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0062  GMC oxidoreductase  49.44 
 
 		 556 aa  481  1e-134  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0054  GMC oxidoreductase  48.97 
 
 		 556 aa  480  1e-134  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810146  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1833  GMC oxidoreductase  49.06 
 
 		 549 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2659  GMC oxidoreductase  49.06 
 
 		 549 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3144  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.2 
 
 		 521 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2719  GMC oxidoreductase  49.06 
 
 		 549 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.972032  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3294  GMC oxidoreductase  49.06 
 
 		 549 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.38455  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3525  putative glucose-methanol-choline (GMC)oxidoreductase  44.57 
 
 		 534 aa  432  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  44.47 
 
 		 561 aa  430  1e-119  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.71 
 
 		 531 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691807  normal  0.0210476 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.28 
 
 		 541 aa  424  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  43.88 
 
 		 574 aa  413  1e-114  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.99 
 
 		 552 aa  411  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  44.22 
 
 		 541 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  42.99 
 
 		 572 aa  402  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.19 
 
 		 550 aa  402  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.1 
 
 		 555 aa  399  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  41.12 
 
 		 556 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.11 
 
 		 540 aa  396  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  41.04 
 
 		 560 aa  396  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  41.5 
 
 		 552 aa  392  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  40.9 
 
 		 561 aa  394  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.91 
 
 		 537 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0884  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.66 
 
 		 553 aa  392  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.275807  normal  0.461656 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  41.12 
 
 		 560 aa  390  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.56 
 
 		 542 aa  389  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.29 
 
 		 532 aa  390  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  41.94 
 
 		 557 aa  389  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.97 
 
 		 569 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2223  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.23 
 
 		 531 aa  386  1e-106  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.487572  normal  0.417914 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  41.81 
 
 		 552 aa  387  1e-106  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1949  GMC family oxidoreductase  42.34 
 
 		 550 aa  388  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0586145  unclonable  0.000000512241 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  40.53 
 
 		 564 aa  382  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0562  choline dehydrogenase  40.99 
 
 		 549 aa  384  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.55111 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  40.11 
 
 		 561 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  40.11 
 
 		 561 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2716  putative GMC oxidoreductase  43.69 
 
 		 562 aa  384  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.6 
 
 		 569 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  40.11 
 
 		 561 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  40.75 
 
 		 560 aa  383  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  40.11 
 
 		 561 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.73 
 
 		 563 aa  385  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3826  glucose-methanol-choline oxidoreductase:Beta-lactamase-like:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  41.74 
 
 		 1290 aa  380  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0530  choline dehydrogenase  42.13 
 
 		 570 aa  380  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2378  Choline dehydrogenase  42.08 
 
 		 551 aa  381  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.448643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.44 
 
 		 537 aa  379  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  40.97 
 
 		 565 aa  382  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0877  choline dehydrogenase  42.21 
 
 		 545 aa  381  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.988222  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.93 
 
 		 546 aa  380  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.296115 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1487  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.88 
 
 		 551 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.354481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4183  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.11 
 
 		 557 aa  377  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000160741 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0889  choline dehydrogenase  40.42 
 
 		 549 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3226  choline dehydrogenase  41.82 
 
 		 556 aa  377  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.191345 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  39.66 
 
 		 562 aa  376  1e-103  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.35 
 
 		 541 aa  377  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  40.67 
 
 		 565 aa  376  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.13 
 
 		 536 aa  379  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2072  choline dehydrogenase  40.19 
 
 		 562 aa  378  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2042  L-sorbose dehydrogenase, FAD dependent, putative  41.4 
 
 		 544 aa  372  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0700873  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  41.07 
 
 		 559 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  39.74 
 
 		 550 aa  372  1e-102  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0776  choline dehydrogenase  39.66 
 
 		 549 aa  375  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0802775 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  40.7 
 
 		 559 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.12 
 
 		 531 aa  374  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3164  choline dehydrogenase  41.86 
 
 		 551 aa  373  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.33 
 
 		 534 aa  374  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000364  choline dehydrogenase  39.15 
 
 		 571 aa  372  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6326  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.84 
 
 		 554 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.15 
 
 		 551 aa  372  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1383  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.31 
 
 		 551 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00471975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06179  choline dehydrogenase  39.25 
 
 		 569 aa  375  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0554  choline dehydrogenase  39.09 
 
 		 549 aa  370  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0670  GMC family oxidoreductase  40 
 
 		 534 aa  370  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  39.09 
 
 		 549 aa  371  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4732  choline dehydrogenase  41.65 
 
 		 568 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  39.09 
 
 		 549 aa  370  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0194  GMC family oxidoreductase  41.34 
 
 		 548 aa  370  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  42.72 
 
 		 553 aa  369  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1492  choline dehydrogenase  40.64 
 
 		 556 aa  372  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0174  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.56 
 
 		 552 aa  370  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.52 
 
 		 551 aa  371  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  39.62 
 
 		 562 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.59 
 
 		 552 aa  369  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.19 
 
 		 533 aa  366  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.604937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0553  choline dehydrogenase  41.19 
 
 		 566 aa  367  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.03 
 
 		 530 aa  367  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.54 
 
 		 531 aa  366  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.46 
 
 		 542 aa  367  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3136  choline dehydrogenase  41.84 
 
 		 531 aa  367  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3536  choline dehydrogenase  41 
 
 		 566 aa  366  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0401  choline dehydrogenase  41.5 
 
 		 563 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.726855 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>