More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3164 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR2042  L-sorbose dehydrogenase, FAD dependent, putative  83.55 
 
 		 544 aa  953    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0700873  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1487  glucose-methanol-choline oxidoreductase  86.57 
 
 		 551 aa  1011    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.354481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1383  glucose-methanol-choline oxidoreductase  86.75 
 
 		 551 aa  1012    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00471975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3929  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.02 
 
 		 528 aa  659    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3164  choline dehydrogenase  100 
 
 		 551 aa  1133    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3579  glucose-methanol-choline oxidoreductase  68.11 
 
 		 539 aa  748    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000745521  normal  0.65455 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2378  Choline dehydrogenase  72.73 
 
 		 551 aa  830    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.448643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0877  choline dehydrogenase  83.18 
 
 		 545 aa  958    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.988222  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2223  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.37 
 
 		 531 aa  553  1e-156  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.487572  normal  0.417914 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4183  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.45 
 
 		 557 aa  548  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000160741 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0884  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.19 
 
 		 553 aa  539  9.999999999999999e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.275807  normal  0.461656 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.86 
 
 		 537 aa  490  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1098  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.62 
 
 		 529 aa  487  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6980  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.18 
 
 		 556 aa  482  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0315325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6322  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.18 
 
 		 556 aa  482  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.942942 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1507  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.17 
 
 		 548 aa  481  1e-134  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.23617  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  46.2 
 
 		 541 aa  450  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  43.88 
 
 		 574 aa  443  1e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.11 
 
 		 529 aa  432  1e-120  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.98 
 
 		 539 aa  427  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.85 
 
 		 536 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.13 
 
 		 563 aa  426  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.05 
 
 		 538 aa  427  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.93 
 
 		 546 aa  422  1e-117  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.76 
 
 		 530 aa  422  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0054  GMC oxidoreductase  44.63 
 
 		 556 aa  424  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810146  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.13 
 
 		 537 aa  423  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.51 
 
 		 532 aa  425  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.57 
 
 		 534 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  43.45 
 
 		 570 aa  420  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  45.11 
 
 		 562 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3910  Choline dehydrogenase  44.92 
 
 		 531 aa  421  1e-116  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.64 
 
 		 541 aa  421  1e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0062  GMC oxidoreductase  44.26 
 
 		 556 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0061  GMC oxidoreductase  44.26 
 
 		 556 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0278  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase family protein  44.26 
 
 		 556 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914416  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2450  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.61 
 
 		 554 aa  417  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.389651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.83 
 
 		 542 aa  416  9.999999999999999e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  43.93 
 
 		 531 aa  415  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.25 
 
 		 543 aa  417  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.18 
 
 		 540 aa  415  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.37 
 
 		 534 aa  414  1e-114  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.93 
 
 		 531 aa  415  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  41.59 
 
 		 550 aa  415  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3294  GMC oxidoreductase  44.07 
 
 		 549 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.38455  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  45.56 
 
 		 553 aa  410  1e-113  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2659  GMC oxidoreductase  44.07 
 
 		 549 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1614  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  43.2 
 
 		 547 aa  410  1e-113  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.27 
 
 		 542 aa  410  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1833  GMC oxidoreductase  44.07 
 
 		 549 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.17 
 
 		 541 aa  409  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.67 
 
 		 578 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.86 
 
 		 561 aa  411  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  42.59 
 
 		 562 aa  409  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2719  GMC oxidoreductase  44.07 
 
 		 549 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.972032  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1846  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.18 
 
 		 547 aa  410  1e-113  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2973  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.67 
 
 		 578 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  44.17 
 
 		 534 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0331  GMC oxidoreductase  44.16 
 
 		 557 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.29 
 
 		 578 aa  403  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0084  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.75 
 
 		 561 aa  403  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.88 
 
 		 518 aa  404  1e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.72 
 
 		 577 aa  403  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0075  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.5 
 
 		 548 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0217236  hitchhiker  0.000000000166725 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.58 
 
 		 531 aa  405  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  41.76 
 
 		 556 aa  404  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.34 
 
 		 539 aa  404  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.56 
 
 		 548 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000289824 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  43.53 
 
 		 571 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.66 
 
 		 550 aa  401  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.69 
 
 		 552 aa  399  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.18 
 
 		 561 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0557  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.78 
 
 		 535 aa  395  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3358  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.75 
 
 		 550 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  40.62 
 
 		 561 aa  396  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.18 
 
 		 546 aa  396  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3611  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.13 
 
 		 534 aa  397  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.59 
 
 		 552 aa  397  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.56 
 
 		 548 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010293  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0056  GMC family oxidoreductase  41.37 
 
 		 550 aa  395  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000620913 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2991  oxidoreductase, GMC family protein  43.05 
 
 		 561 aa  393  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2933  oxidoreductase, GMC family protein  43.05 
 
 		 561 aa  393  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3226  choline dehydrogenase  42.51 
 
 		 556 aa  394  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.191345 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0201  oxidoreductase, GMC family protein  42.56 
 
 		 561 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.260049  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3995  GMC family oxidoreductase  43.05 
 
 		 561 aa  393  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.530618  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3744  choline dehydrogenase  43.22 
 
 		 554 aa  392  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0339169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1610  oxidoreductase, GMC family protein  43.05 
 
 		 561 aa  393  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.91 
 
 		 535 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.19 
 
 		 531 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691807  normal  0.0210476 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.29 
 
 		 531 aa  395  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3378  oxidoreductase, GMC family protein  43.05 
 
 		 561 aa  393  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.869228  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3916  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.96 
 
 		 570 aa  395  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.67 
 
 		 534 aa  393  1e-108  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0317  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.73 
 
 		 511 aa  394  1e-108  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  39.75 
 
 		 561 aa  390  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.12 
 
 		 546 aa  390  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.296115 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  42.24 
 
 		 552 aa  389  1e-107  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  39.86 
 
 		 552 aa  391  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  41.83 
 
 		 559 aa  389  1e-107  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.07 
 
 		 544 aa  389  1e-107  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>