More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4183 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4183  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 557 aa  1139    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000160741 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0884  glucose-methanol-choline oxidoreductase  88.18 
 
 		 553 aa  972    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.275807  normal  0.461656 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2223  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.98 
 
 		 531 aa  600  1e-170  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.487572  normal  0.417914 
 
 
-
 
NC_004310  BR2042  L-sorbose dehydrogenase, FAD dependent, putative  53.45 
 
 		 544 aa  566  1e-160  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0700873  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6980  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.77 
 
 		 556 aa  565  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0315325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3164  choline dehydrogenase  53.45 
 
 		 551 aa  567  1e-160  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1507  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.96 
 
 		 548 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.23617  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6322  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.96 
 
 		 556 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.942942 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1383  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.89 
 
 		 551 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00471975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1098  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.61 
 
 		 529 aa  558  1e-158  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0877  choline dehydrogenase  51.82 
 
 		 545 aa  558  1e-157  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.988222  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1487  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.53 
 
 		 551 aa  550  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.354481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2378  Choline dehydrogenase  52.05 
 
 		 551 aa  542  1e-153  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.448643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3579  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.65 
 
 		 539 aa  525  1e-148  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000745521  normal  0.65455 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3929  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.34 
 
 		 528 aa  521  1e-147  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.63 
 
 		 537 aa  502  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  46.64 
 
 		 574 aa  477  1e-133  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2450  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.74 
 
 		 554 aa  471  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.389651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0062  GMC oxidoreductase  47.42 
 
 		 556 aa  462  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0278  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase family protein  47.42 
 
 		 556 aa  462  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914416  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0061  GMC oxidoreductase  47.42 
 
 		 556 aa  462  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  46.21 
 
 		 541 aa  462  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0054  GMC oxidoreductase  46.96 
 
 		 556 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810146  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.63 
 
 		 532 aa  453  1.0000000000000001e-126  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.25 
 
 		 563 aa  452  1.0000000000000001e-126  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.07 
 
 		 538 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2719  GMC oxidoreductase  46.68 
 
 		 549 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.972032  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1833  GMC oxidoreductase  46.68 
 
 		 549 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2659  GMC oxidoreductase  46.68 
 
 		 549 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3294  GMC oxidoreductase  46.68 
 
 		 549 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.38455  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.38 
 
 		 530 aa  444  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.87 
 
 		 534 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.91 
 
 		 540 aa  440  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.7 
 
 		 543 aa  439  9.999999999999999e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.86 
 
 		 542 aa  441  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.51 
 
 		 529 aa  435  1e-121  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.64 
 
 		 539 aa  438  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  46.9 
 
 		 557 aa  436  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3910  Choline dehydrogenase  45.81 
 
 		 531 aa  436  1e-121  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.77 
 
 		 534 aa  434  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  46.8 
 
 		 531 aa  430  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.8 
 
 		 531 aa  430  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.86 
 
 		 518 aa  428  1e-118  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  43.01 
 
 		 550 aa  422  1e-117  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.57 
 
 		 555 aa  424  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.65 
 
 		 546 aa  424  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.296115 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.31 
 
 		 544 aa  424  1e-117  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.93 
 
 		 552 aa  422  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.67 
 
 		 552 aa  419  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.69 
 
 		 559 aa  419  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0331  GMC oxidoreductase  45.29 
 
 		 557 aa  420  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  44.63 
 
 		 570 aa  419  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.89 
 
 		 531 aa  421  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.11 
 
 		 541 aa  419  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.28 
 
 		 531 aa  417  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3292  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.18 
 
 		 533 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6848  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.27 
 
 		 556 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.90225 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  42.81 
 
 		 559 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.07 
 
 		 551 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4024  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.18 
 
 		 533 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.91 
 
 		 541 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1635  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.31 
 
 		 534 aa  417  9.999999999999999e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643208  normal  0.915824 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  46.46 
 
 		 553 aa  415  1e-114  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3744  choline dehydrogenase  45.19 
 
 		 554 aa  415  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0339169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3136  choline dehydrogenase  44.15 
 
 		 531 aa  412  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1614  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  44.38 
 
 		 547 aa  414  1e-114  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3611  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.18 
 
 		 534 aa  412  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.19 
 
 		 551 aa  414  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3050  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.24 
 
 		 564 aa  412  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.53 
 
 		 531 aa  413  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.567592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1712  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.44 
 
 		 536 aa  413  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.36 
 
 		 536 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0557  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.38 
 
 		 535 aa  411  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1846  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.95 
 
 		 547 aa  410  1e-113  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3521  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.49 
 
 		 555 aa  410  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.597773 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.58 
 
 		 531 aa  412  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673966  normal  0.0679471 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3762  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.11 
 
 		 552 aa  411  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  42.67 
 
 		 559 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  43.21 
 
 		 561 aa  407  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.19 
 
 		 561 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.78 
 
 		 551 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3144  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.3 
 
 		 521 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.13 
 
 		 537 aa  408  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.38 
 
 		 578 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.83 
 
 		 546 aa  408  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0174  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.99 
 
 		 552 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4942  choline dehydrogenase  45.64 
 
 		 520 aa  408  1.0000000000000001e-112  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.953244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.36 
 
 		 542 aa  407  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.62 
 
 		 550 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16390  putative GMC-type oxidoreductase  43.39 
 
 		 557 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4277  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.1 
 
 		 553 aa  404  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.968608 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  42.48 
 
 		 561 aa  402  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3372  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  44.36 
 
 		 539 aa  404  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3916  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.49 
 
 		 570 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.88 
 
 		 551 aa  405  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0194  GMC family oxidoreductase  46.27 
 
 		 548 aa  405  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.92 
 
 		 531 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691807  normal  0.0210476 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  43.87 
 
 		 571 aa  403  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.42 
 
 		 569 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.82 
 
 		 578 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>