More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4277 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_3197  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.03 
 
 		 547 aa  647    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0130434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4277  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 553 aa  1121    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.968608 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2450  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.79 
 
 		 554 aa  476  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.389651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.8 
 
 		 537 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6248  Choline dehydrogenase  46.1 
 
 		 540 aa  445  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.430458  normal  0.749743 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0054  GMC oxidoreductase  44.22 
 
 		 556 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810146  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2378  Choline dehydrogenase  42.18 
 
 		 551 aa  396  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.448643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0278  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase family protein  43.04 
 
 		 556 aa  396  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914416  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0062  GMC oxidoreductase  43.04 
 
 		 556 aa  396  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0061  GMC oxidoreductase  43.04 
 
 		 556 aa  396  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6980  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.86 
 
 		 556 aa  392  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0315325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.75 
 
 		 531 aa  395  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691807  normal  0.0210476 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1507  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.83 
 
 		 548 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.23617  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6322  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.86 
 
 		 556 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.942942 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2659  GMC oxidoreductase  42.5 
 
 		 549 aa  386  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3294  GMC oxidoreductase  42.5 
 
 		 549 aa  386  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.38455  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2719  GMC oxidoreductase  42.5 
 
 		 549 aa  386  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.972032  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3144  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.37 
 
 		 521 aa  388  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4183  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.1 
 
 		 557 aa  387  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000160741 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1833  GMC oxidoreductase  42.5 
 
 		 549 aa  386  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2042  L-sorbose dehydrogenase, FAD dependent, putative  41.67 
 
 		 544 aa  384  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0700873  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0877  choline dehydrogenase  41.78 
 
 		 545 aa  384  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.988222  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1098  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.21 
 
 		 529 aa  383  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0557  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.41 
 
 		 535 aa  381  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.05 
 
 		 518 aa  378  1e-103  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3164  choline dehydrogenase  40.99 
 
 		 551 aa  377  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3579  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.19 
 
 		 539 aa  378  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000745521  normal  0.65455 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1383  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.91 
 
 		 551 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00471975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  39.43 
 
 		 574 aa  375  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0884  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.96 
 
 		 553 aa  372  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.275807  normal  0.461656 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.07 
 
 		 544 aa  373  1e-102  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1487  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.22 
 
 		 551 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.354481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  39.51 
 
 		 541 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0331  GMC oxidoreductase  41.71 
 
 		 557 aa  369  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.95 
 
 		 540 aa  367  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3158  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.89 
 
 		 537 aa  366  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2223  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.51 
 
 		 531 aa  365  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.487572  normal  0.417914 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1543  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.77 
 
 		 530 aa  368  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.37 
 
 		 552 aa  368  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  41.18 
 
 		 553 aa  362  1e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.23 
 
 		 546 aa  361  2e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.48 
 
 		 543 aa  360  3e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.94 
 
 		 531 aa  360  4e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.91 
 
 		 534 aa  360  5e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3910  Choline dehydrogenase  41.73 
 
 		 531 aa  357  2.9999999999999997e-97  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4502  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.92 
 
 		 537 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.618837  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1949  GMC family oxidoreductase  39.81 
 
 		 550 aa  353  5e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0586145  unclonable  0.000000512241 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  38.93 
 
 		 559 aa  353  5e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.33 
 
 		 529 aa  352  1e-95  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3525  putative glucose-methanol-choline (GMC)oxidoreductase  42.46 
 
 		 534 aa  351  2e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  35.89 
 
 		 539 aa  350  3e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.64 
 
 		 542 aa  350  3e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  38.38 
 
 		 559 aa  350  3e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3929  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.78 
 
 		 528 aa  350  5e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.81 
 
 		 537 aa  349  9e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1635  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.72 
 
 		 534 aa  348  1e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643208  normal  0.915824 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.92 
 
 		 539 aa  348  2e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  38.31 
 
 		 559 aa  347  4e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  38.64 
 
 		 550 aa  347  5e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.59 
 
 		 541 aa  346  5e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3744  choline dehydrogenase  38.58 
 
 		 554 aa  347  5e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0339169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7484  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.91 
 
 		 540 aa  346  6e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6820  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.19 
 
 		 602 aa  346  8e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  41.86 
 
 		 531 aa  346  8e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2310  choline dehydrogenase  39.59 
 
 		 548 aa  345  1e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.86 
 
 		 531 aa  345  1e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.95 
 
 		 578 aa  344  2e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.79 
 
 		 539 aa  345  2e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1169  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.45 
 
 		 544 aa  345  2e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1882  choline dehydrogenase  39.18 
 
 		 551 aa  345  2e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.93 
 
 		 538 aa  344  2e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1035  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.46 
 
 		 609 aa  344  2e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.77377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  37.59 
 
 		 562 aa  343  4e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.63 
 
 		 549 aa  343  5e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.18 
 
 		 534 aa  343  7e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1614  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  38.79 
 
 		 547 aa  342  1e-92  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.36 
 
 		 536 aa  342  1e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.8 
 
 		 555 aa  340  5.9999999999999996e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3138  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.28 
 
 		 532 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.14 
 
 		 563 aa  339  5.9999999999999996e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2716  putative GMC oxidoreductase  39.93 
 
 		 562 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1846  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.42 
 
 		 547 aa  339  7e-92  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.17 
 
 		 546 aa  339  8e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  38.21 
 
 		 571 aa  339  8e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2184  choline dehydrogenase  39.4 
 
 		 548 aa  339  9e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.07 
 
 		 561 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.84 
 
 		 532 aa  338  1.9999999999999998e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1582  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.19 
 
 		 533 aa  338  1.9999999999999998e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3916  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.22 
 
 		 570 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.89 
 
 		 534 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.82 
 
 		 541 aa  337  3.9999999999999995e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.81 
 
 		 577 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4997  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.1 
 
 		 532 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.03 
 
 		 539 aa  336  5e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  37.79 
 
 		 570 aa  337  5e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.7 
 
 		 552 aa  336  5.999999999999999e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0562  choline dehydrogenase  36.48 
 
 		 549 aa  336  5.999999999999999e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.55111 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2973  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.88 
 
 		 578 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.88 
 
 		 578 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  37.13 
 
 		 552 aa  336  7e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>