More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3313 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_3762  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.11 
 
 		 552 aa  648    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0123  putative alcohol dehydrogenase oxidoreductase protein  83.54 
 
 		 574 aa  980    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0203  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  65.95 
 
 		 559 aa  746    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3826  glucose-methanol-choline oxidoreductase:Beta-lactamase-like:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  61.62 
 
 		 1290 aa  662    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4749  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  62.39 
 
 		 546 aa  704    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.769541  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0174  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.35 
 
 		 552 aa  637    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2716  putative GMC oxidoreductase  63.34 
 
 		 562 aa  706    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0159  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.39 
 
 		 560 aa  681    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3313  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 576 aa  1177    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  61.58 
 
 		 557 aa  685    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3637  glucose-methanol-choline oxidoreductase  97.92 
 
 		 576 aa  1152    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.67419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.11 
 
 		 546 aa  629  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3115  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.57 
 
 		 546 aa  622  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.63 
 
 		 546 aa  619  1e-176  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.943392 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3067  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.39 
 
 		 546 aa  620  1e-176  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.766547 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3089  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.03 
 
 		 546 aa  618  1e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.203231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0194  GMC family oxidoreductase  57.07 
 
 		 548 aa  616  1e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3070  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.84 
 
 		 546 aa  616  1e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.606173  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.84 
 
 		 546 aa  616  1e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101134  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4459  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.17 
 
 		 560 aa  615  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0573714  hitchhiker  0.00237498 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3406  GMC family oxidoreductase  57.35 
 
 		 547 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0216  GMC family oxidoreductase  57.35 
 
 		 547 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0487725  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2148  GMC family oxidoreductase  57.35 
 
 		 613 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3275  GMC family oxidoreductase  57.35 
 
 		 547 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.183424  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0228  GMC family oxidoreductase  57.35 
 
 		 547 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0411  GMC family oxidoreductase  57.35 
 
 		 547 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2941  GMC family oxidoreductase  57.35 
 
 		 547 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.44858  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.39 
 
 		 539 aa  590  1e-167  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6848  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.43 
 
 		 556 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.90225 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2513  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.99 
 
 		 571 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0138495  normal  0.356512 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3601  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.8 
 
 		 572 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3919  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.8 
 
 		 572 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.326511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3506  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.69 
 
 		 575 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.145411  normal  0.0815254 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.68 
 
 		 535 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5337  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.51 
 
 		 600 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.231686 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.73 
 
 		 546 aa  568  1e-161  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.296115 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.86 
 
 		 530 aa  564  1.0000000000000001e-159  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.51 
 
 		 534 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.917916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1502  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.21 
 
 		 535 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  52.64 
 
 		 534 aa  553  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1882  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.84 
 
 		 534 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.33 
 
 		 531 aa  551  1e-155  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  55.33 
 
 		 531 aa  551  1e-155  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.41 
 
 		 531 aa  536  1e-151  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5414  choline dehydrogenase, a flavoprotein  52.84 
 
 		 534 aa  530  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.269281 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1846  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.46 
 
 		 547 aa  516  1.0000000000000001e-145  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1614  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  50.09 
 
 		 547 aa  509  1e-143  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2331  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.22 
 
 		 528 aa  506  9.999999999999999e-143  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.745478 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0670  GMC family oxidoreductase  45.94 
 
 		 534 aa  502  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.46 
 
 		 538 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.02 
 
 		 542 aa  493  9.999999999999999e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.98 
 
 		 563 aa  486  1e-136  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.45 
 
 		 546 aa  477  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.26 
 
 		 541 aa  477  1e-133  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  47.32 
 
 		 574 aa  477  1e-133  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  47.94 
 
 		 570 aa  473  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.77 
 
 		 532 aa  463  1e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  44.75 
 
 		 550 aa  456  1e-127  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  45.05 
 
 		 539 aa  448  1.0000000000000001e-124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46 
 
 		 529 aa  446  1.0000000000000001e-124  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  45.49 
 
 		 553 aa  447  1.0000000000000001e-124  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  44.99 
 
 		 541 aa  439  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  45.67 
 
 		 559 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3744  choline dehydrogenase  46.25 
 
 		 554 aa  437  1e-121  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0339169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  45.21 
 
 		 559 aa  434  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.83 
 
 		 550 aa  427  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.02 
 
 		 541 aa  426  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.14 
 
 		 544 aa  426  1e-118  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.84 
 
 		 536 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.49 
 
 		 549 aa  424  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.27 
 
 		 555 aa  423  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.2 
 
 		 551 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.94 
 
 		 552 aa  415  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.51 
 
 		 518 aa  413  1e-114  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  44.01 
 
 		 552 aa  415  1e-114  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.91 
 
 		 551 aa  413  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.32 
 
 		 551 aa  413  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.28 
 
 		 531 aa  413  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691807  normal  0.0210476 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  42.31 
 
 		 561 aa  411  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.72 
 
 		 550 aa  410  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0061  GMC oxidoreductase  43.54 
 
 		 556 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  42.3 
 
 		 553 aa  412  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0278  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase family protein  43.54 
 
 		 556 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914416  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.56 
 
 		 551 aa  409  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0062  GMC oxidoreductase  43.54 
 
 		 556 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  42.31 
 
 		 561 aa  411  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  42.31 
 
 		 561 aa  411  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  42.31 
 
 		 561 aa  411  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0054  GMC oxidoreductase  43.5 
 
 		 556 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810146  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  43.69 
 
 		 559 aa  407  1.0000000000000001e-112  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  43.04 
 
 		 572 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.09 
 
 		 542 aa  406  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1635  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.65 
 
 		 534 aa  408  1.0000000000000001e-112  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643208  normal  0.915824 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.22 
 
 		 534 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.21 
 
 		 540 aa  404  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0317  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.65 
 
 		 511 aa  403  1e-111  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0530  choline dehydrogenase  43.75 
 
 		 570 aa  403  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4942  choline dehydrogenase  45.02 
 
 		 520 aa  404  1e-111  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.953244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2719  GMC oxidoreductase  42.65 
 
 		 549 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.972032  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.86 
 
 		 537 aa  400  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>