More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1031 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1031  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 539 aa  1102    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.34 
 
 		 534 aa  440  9.999999999999999e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  45.52 
 
 		 562 aa  441  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  44.03 
 
 		 574 aa  438  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.81 
 
 		 552 aa  434  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  46.03 
 
 		 553 aa  431  1e-119  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.99 
 
 		 543 aa  418  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  43.2 
 
 		 541 aa  414  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.63 
 
 		 529 aa  412  1e-114  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.61 
 
 		 534 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.917916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.81 
 
 		 535 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2458  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.47 
 
 		 554 aa  410  1e-113  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.144677  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  41.54 
 
 		 539 aa  406  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  42.18 
 
 		 561 aa  406  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0562  choline dehydrogenase  42.43 
 
 		 549 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.55111 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  42.48 
 
 		 562 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1882  choline dehydrogenase  41.64 
 
 		 551 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  41.57 
 
 		 560 aa  402  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  41.42 
 
 		 549 aa  404  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  39.85 
 
 		 560 aa  403  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0554  choline dehydrogenase  41.42 
 
 		 549 aa  404  1e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.42 
 
 		 534 aa  404  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  40.79 
 
 		 560 aa  403  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0776  choline dehydrogenase  42.8 
 
 		 549 aa  403  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0802775 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  42.67 
 
 		 534 aa  403  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0889  choline dehydrogenase  42.32 
 
 		 549 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  41.73 
 
 		 561 aa  401  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  42.91 
 
 		 570 aa  402  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2917  choline dehydrogenase  44.1 
 
 		 567 aa  401  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.80885  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.47 
 
 		 530 aa  400  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.35 
 
 		 532 aa  399  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2831  choline dehydrogenase  44.1 
 
 		 567 aa  401  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.121193  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0670  GMC family oxidoreductase  40.26 
 
 		 534 aa  396  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  40.56 
 
 		 552 aa  396  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.54 
 
 		 563 aa  398  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  43.35 
 
 		 552 aa  397  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2184  choline dehydrogenase  42.46 
 
 		 548 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0856  choline dehydrogenase  42.64 
 
 		 548 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1543  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.88 
 
 		 530 aa  395  1e-109  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06179  choline dehydrogenase  39.78 
 
 		 569 aa  399  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  40.71 
 
 		 572 aa  398  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  39.96 
 
 		 556 aa  395  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  40.67 
 
 		 549 aa  398  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  41.35 
 
 		 561 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  41.35 
 
 		 561 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.36 
 
 		 555 aa  393  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.84 
 
 		 518 aa  395  1e-108  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.04 
 
 		 539 aa  392  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  41.35 
 
 		 561 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1896  choline dehydrogenase  42 
 
 		 550 aa  393  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.338897 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  40.22 
 
 		 565 aa  392  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.05 
 
 		 546 aa  393  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1502  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.47 
 
 		 535 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.4 
 
 		 538 aa  393  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  41.35 
 
 		 561 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8399  choline dehydrogenase  43.93 
 
 		 574 aa  391  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.553301  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.34 
 
 		 540 aa  390  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000364  choline dehydrogenase  39.19 
 
 		 571 aa  391  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3226  choline dehydrogenase  43.52 
 
 		 556 aa  390  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.191345 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  39.19 
 
 		 564 aa  391  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1144  choline dehydrogenase  41.05 
 
 		 551 aa  390  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  40.07 
 
 		 565 aa  389  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2554  choline dehydrogenase  43.66 
 
 		 559 aa  391  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0102453  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6326  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.93 
 
 		 554 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.67 
 
 		 541 aa  389  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3744  choline dehydrogenase  41.77 
 
 		 554 aa  390  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0339169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  44.18 
 
 		 557 aa  390  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2310  choline dehydrogenase  42.27 
 
 		 548 aa  391  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  42.09 
 
 		 553 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0061  GMC oxidoreductase  42.96 
 
 		 556 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1832  choline dehydrogenase  42.52 
 
 		 560 aa  387  1e-106  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.287087  normal  0.448798 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1882  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.86 
 
 		 534 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0481  choline dehydrogenase  42.86 
 
 		 565 aa  387  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0278  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase family protein  42.96 
 
 		 556 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914416  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  42.39 
 
 		 559 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.2 
 
 		 537 aa  386  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.674224  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0054  GMC oxidoreductase  43.42 
 
 		 556 aa  386  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810146  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3136  choline dehydrogenase  40.86 
 
 		 531 aa  388  1e-106  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4867  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.74 
 
 		 560 aa  386  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.348286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0062  GMC oxidoreductase  42.96 
 
 		 556 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.08 
 
 		 569 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.79 
 
 		 542 aa  385  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  43.07 
 
 		 531 aa  384  1e-105  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6157  choline dehydrogenase  42.73 
 
 		 561 aa  385  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.103614  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5100  choline dehydrogenase  42.88 
 
 		 566 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0332  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.88 
 
 		 544 aa  385  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5115  choline dehydrogenase  42.54 
 
 		 565 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4716  choline dehydrogenase  43.58 
 
 		 561 aa  382  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.959774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70940  choline dehydrogenase  42.54 
 
 		 561 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.512014 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2072  choline dehydrogenase  39.77 
 
 		 562 aa  384  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.47 
 
 		 541 aa  382  1e-105  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0553  choline dehydrogenase  43.04 
 
 		 566 aa  382  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1072  choline dehydrogenase  43.2 
 
 		 565 aa  383  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00240234  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.07 
 
 		 531 aa  384  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1514  choline dehydrogenase  41.3 
 
 		 560 aa  385  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0264792  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  41.65 
 
 		 559 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1925  choline dehydrogenase  43.39 
 
 		 565 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0217321  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3268  choline dehydrogenase  42.88 
 
 		 566 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121076  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1837  choline dehydrogenase  43.39 
 
 		 565 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0401  choline dehydrogenase  42.86 
 
 		 563 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.726855 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>