More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0371 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  65.17 
 
 		 546 aa  718    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2481  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.72 
 
 		 534 aa  644    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.236507  normal  0.407022 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 542 aa  1110    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.33687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0323  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.87 
 
 		 562 aa  626  1e-178  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.518363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0327  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.6 
 
 		 522 aa  564  1.0000000000000001e-159  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.330808 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.56 
 
 		 539 aa  545  1e-153  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104195 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0803  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.91 
 
 		 581 aa  410  1e-113  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0181  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.24 
 
 		 571 aa  359  8e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1258  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.68 
 
 		 571 aa  340  4e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.564674  decreased coverage  0.00861873 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.62 
 
 		 518 aa  335  2e-90  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4708  Choline dehydrogenase  38.68 
 
 		 513 aa  334  2e-90  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2069  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.83 
 
 		 518 aa  323  7e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0353317 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1236  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.25 
 
 		 518 aa  320  3e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.116921  normal  0.443718 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.36 
 
 		 529 aa  321  3e-86  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3136  choline dehydrogenase  34.83 
 
 		 531 aa  310  5e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2727  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.96 
 
 		 525 aa  308  2.0000000000000002e-82  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0412228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1428  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.09 
 
 		 544 aa  305  2.0000000000000002e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  38.14 
 
 		 552 aa  305  2.0000000000000002e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1383  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.23 
 
 		 551 aa  301  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00471975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.57 
 
 		 563 aa  301  2e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.8 
 
 		 546 aa  301  2e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1487  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.63 
 
 		 551 aa  301  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.354481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.89 
 
 		 534 aa  300  3e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.8 
 
 		 539 aa  301  3e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.5 
 
 		 544 aa  300  4e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  37.66 
 
 		 557 aa  300  5e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.1 
 
 		 534 aa  298  1e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  37.38 
 
 		 541 aa  298  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2042  L-sorbose dehydrogenase, FAD dependent, putative  35.66 
 
 		 544 aa  298  2e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0700873  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  36.96 
 
 		 562 aa  297  4e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.52 
 
 		 532 aa  296  5e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6820  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.14 
 
 		 602 aa  296  7e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  35.19 
 
 		 549 aa  295  1e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0877  choline dehydrogenase  35.22 
 
 		 545 aa  295  2e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.988222  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.96 
 
 		 543 aa  293  4e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.2 
 
 		 569 aa  293  5e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2310  choline dehydrogenase  37.9 
 
 		 548 aa  293  6e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6326  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.96 
 
 		 554 aa  293  6e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.83 
 
 		 569 aa  293  8e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0856  choline dehydrogenase  37.41 
 
 		 548 aa  292  9e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2184  choline dehydrogenase  37.22 
 
 		 548 aa  292  1e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.42 
 
 		 541 aa  291  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  35.12 
 
 		 549 aa  290  3e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7146  Choline dehydrogenase  36.36 
 
 		 514 aa  291  3e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0527106 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0554  choline dehydrogenase  35.12 
 
 		 549 aa  290  4e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3164  choline dehydrogenase  35.28 
 
 		 551 aa  290  5.0000000000000004e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  35.66 
 
 		 559 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.78 
 
 		 539 aa  288  2e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0054  GMC oxidoreductase  35.92 
 
 		 556 aa  288  2e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810146  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  37.5 
 
 		 531 aa  288  2e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.25 
 
 		 541 aa  287  4e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1731  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.95 
 
 		 530 aa  286  5e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0062  GMC oxidoreductase  35.66 
 
 		 556 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0278  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase family protein  35.66 
 
 		 556 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914416  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  36.31 
 
 		 559 aa  285  1.0000000000000001e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0061  GMC oxidoreductase  35.66 
 
 		 556 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.75 
 
 		 530 aa  285  1.0000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  35.28 
 
 		 574 aa  285  1.0000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.13 
 
 		 531 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1896  choline dehydrogenase  37.66 
 
 		 550 aa  284  2.0000000000000002e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.338897 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.98 
 
 		 552 aa  284  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.94 
 
 		 549 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1882  choline dehydrogenase  35.45 
 
 		 551 aa  285  2.0000000000000002e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0084  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.96 
 
 		 561 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.15 
 
 		 561 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  35.11 
 
 		 559 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  34.2 
 
 		 550 aa  284  3.0000000000000004e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1624  choline dehydrogenase  35.38 
 
 		 558 aa  283  4.0000000000000003e-75  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.529123  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  34.36 
 
 		 560 aa  283  5.000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2223  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.33 
 
 		 531 aa  283  5.000000000000001e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.487572  normal  0.417914 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2716  putative GMC oxidoreductase  35.84 
 
 		 562 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1846  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.59 
 
 		 547 aa  283  5.000000000000001e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1579  GMC family oxidoreductase  33.02 
 
 		 538 aa  283  6.000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  33.4 
 
 		 556 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1144  choline dehydrogenase  35.34 
 
 		 551 aa  283  8.000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  35.33 
 
 		 561 aa  282  1e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.85 
 
 		 542 aa  282  1e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.25 
 
 		 541 aa  281  2e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1832  choline dehydrogenase  35.6 
 
 		 560 aa  281  3e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.287087  normal  0.448798 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1639  choline dehydrogenase  35.16 
 
 		 558 aa  281  3e-74  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.58518 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1044  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.08 
 
 		 555 aa  280  3e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2659  GMC oxidoreductase  35.28 
 
 		 549 aa  280  4e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0130  choline dehydrogenase  34.46 
 
 		 547 aa  280  4e-74  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000105235  normal  0.777409 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2719  GMC oxidoreductase  35.28 
 
 		 549 aa  280  4e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.972032  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1833  GMC oxidoreductase  35.28 
 
 		 549 aa  280  4e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  33.27 
 
 		 552 aa  280  4e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3294  GMC oxidoreductase  35.28 
 
 		 549 aa  280  4e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.38455  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1635  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.69 
 
 		 534 aa  280  5e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643208  normal  0.915824 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1942  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.9 
 
 		 533 aa  280  6e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0203  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  35.28 
 
 		 559 aa  280  6e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.34 
 
 		 555 aa  280  7e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  36.91 
 
 		 553 aa  278  1e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  34.12 
 
 		 565 aa  279  1e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  34.12 
 
 		 564 aa  278  2e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1614  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  34.07 
 
 		 547 aa  278  2e-73  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4749  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  36.48 
 
 		 546 aa  278  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.769541  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3929  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.14 
 
 		 528 aa  278  2e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2378  Choline dehydrogenase  34.51 
 
 		 551 aa  278  2e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.448643  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1949  GMC family oxidoreductase  35.12 
 
 		 550 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0586145  unclonable  0.000000512241 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.59 
 
 		 540 aa  277  3e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>