More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PCC7424_4708 on replicon NC_011729
Organism: Cyanothece sp. PCC 7424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011729  PCC7424_4708  Choline dehydrogenase  100 
 
 		 513 aa  1062    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.44 
 
 		 518 aa  566  1e-160  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.43 
 
 		 529 aa  458  9.999999999999999e-129  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3136  choline dehydrogenase  45.61 
 
 		 531 aa  425  1e-117  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.37 
 
 		 544 aa  411  1e-113  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  43.21 
 
 		 541 aa  411  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  43.36 
 
 		 562 aa  407  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  41.93 
 
 		 574 aa  403  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  43.1 
 
 		 559 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.17 
 
 		 569 aa  403  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  42.54 
 
 		 559 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.17 
 
 		 569 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.29 
 
 		 534 aa  397  1e-109  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1543  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.32 
 
 		 530 aa  392  1e-108  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.75 
 
 		 546 aa  392  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.83 
 
 		 537 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.82 
 
 		 542 aa  391  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  42.64 
 
 		 550 aa  390  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.48 
 
 		 543 aa  392  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.51 
 
 		 555 aa  387  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  43.25 
 
 		 559 aa  388  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0670  GMC family oxidoreductase  41.12 
 
 		 534 aa  384  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.24 
 
 		 530 aa  384  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.45 
 
 		 550 aa  385  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  42.03 
 
 		 553 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6373  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  39.71 
 
 		 540 aa  382  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.93 
 
 		 552 aa  380  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.89 
 
 		 540 aa  380  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.31 
 
 		 534 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  39.59 
 
 		 556 aa  380  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.92 
 
 		 538 aa  381  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.99 
 
 		 541 aa  380  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0317  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.23 
 
 		 511 aa  377  1e-103  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.51 
 
 		 551 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.39 
 
 		 550 aa  375  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.04 
 
 		 551 aa  378  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  40.23 
 
 		 561 aa  377  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.85 
 
 		 551 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  40.64 
 
 		 562 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0530  choline dehydrogenase  40.41 
 
 		 570 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.34 
 
 		 537 aa  370  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1258  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.33 
 
 		 571 aa  367  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.564674  decreased coverage  0.00861873 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  40.23 
 
 		 560 aa  367  1e-100  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  39.62 
 
 		 561 aa  365  1e-100  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.76 
 
 		 551 aa  367  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.66 
 
 		 546 aa  367  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6820  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.64 
 
 		 602 aa  368  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.13 
 
 		 542 aa  367  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.12 
 
 		 531 aa  368  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  40.75 
 
 		 552 aa  365  1e-99  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2378  Choline dehydrogenase  40.87 
 
 		 551 aa  363  3e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.448643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2223  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.41 
 
 		 531 aa  363  3e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.487572  normal  0.417914 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.19 
 
 		 559 aa  363  4e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6157  choline dehydrogenase  41.9 
 
 		 561 aa  363  4e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.103614  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3295  choline dehydrogenase  40.37 
 
 		 556 aa  363  5.0000000000000005e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3312  choline dehydrogenase  40.37 
 
 		 556 aa  363  5.0000000000000005e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.88 
 
 		 541 aa  363  5.0000000000000005e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  40.15 
 
 		 557 aa  363  5.0000000000000005e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0370  choline dehydrogenase  40.37 
 
 		 556 aa  363  6e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  39.81 
 
 		 565 aa  362  6e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4709  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.94 
 
 		 527 aa  363  6e-99  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0326  choline dehydrogenase  40.37 
 
 		 556 aa  363  6e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0373  choline dehydrogenase  40.37 
 
 		 562 aa  362  7.0000000000000005e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.868243  normal  0.338212 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1514  choline dehydrogenase  39.74 
 
 		 560 aa  362  7.0000000000000005e-99  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0264792  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00267  choline dehydrogenase  40.37 
 
 		 556 aa  362  9e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00270  hypothetical protein  40.37 
 
 		 556 aa  362  9e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70940  choline dehydrogenase  41.53 
 
 		 561 aa  362  1e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.512014 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.2 
 
 		 541 aa  362  1e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6326  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.48 
 
 		 554 aa  361  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1487  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.21 
 
 		 551 aa  361  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.354481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1383  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.4 
 
 		 551 aa  361  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00471975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.25 
 
 		 539 aa  361  2e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2727  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.41 
 
 		 525 aa  360  3e-98  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0412228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40 
 
 		 531 aa  360  3e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.89 
 
 		 546 aa  360  3e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.296115 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  39.43 
 
 		 552 aa  359  7e-98  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2554  choline dehydrogenase  40.68 
 
 		 559 aa  358  9e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0102453  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2917  choline dehydrogenase  41.2 
 
 		 567 aa  358  9.999999999999999e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.80885  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2831  choline dehydrogenase  41.2 
 
 		 567 aa  358  9.999999999999999e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.121193  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1582  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.26 
 
 		 533 aa  357  1.9999999999999998e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  39.1 
 
 		 549 aa  357  1.9999999999999998e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4024  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.51 
 
 		 533 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3292  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.51 
 
 		 533 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.96 
 
 		 539 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1846  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.22 
 
 		 547 aa  358  1.9999999999999998e-97  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  38.53 
 
 		 564 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4512  choline dehydrogenase  40.15 
 
 		 566 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5037  choline dehydrogenase  40 
 
 		 566 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3310  choline dehydrogenase  40.45 
 
 		 572 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.903723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0278  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase family protein  39.77 
 
 		 556 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914416  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0061  GMC oxidoreductase  39.77 
 
 		 556 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  39.77 
 
 		 572 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0062  GMC oxidoreductase  39.77 
 
 		 556 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0481  choline dehydrogenase  40 
 
 		 565 aa  356  5e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4183  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.59 
 
 		 557 aa  356  5.999999999999999e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000160741 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  38.15 
 
 		 560 aa  355  7.999999999999999e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0554  choline dehydrogenase  39.02 
 
 		 549 aa  355  7.999999999999999e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0553  choline dehydrogenase  40.07 
 
 		 566 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3744  choline dehydrogenase  39.77 
 
 		 554 aa  355  1e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0339169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1635  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.7 
 
 		 534 aa  355  1e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643208  normal  0.915824 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>