More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_1236 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_2069  glucose-methanol-choline oxidoreductase  93.44 
 
 
518 aa  917    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0353317 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1236  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 
518 aa  995    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.116921  normal  0.443718 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3136  choline dehydrogenase  37.09 
 
 
531 aa  337  1.9999999999999998e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0327  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.18 
 
 
522 aa  335  9e-91  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.330808 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0323  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.25 
 
 
562 aa  331  2e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.518363  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.25 
 
 
542 aa  328  2.0000000000000001e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.33687  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1258  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.57 
 
 
571 aa  326  5e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.564674  decreased coverage  0.00861873 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.99 
 
 
518 aa  324  2e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4708  Choline dehydrogenase  38.99 
 
 
513 aa  323  4e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3910  Choline dehydrogenase  40.73 
 
 
531 aa  313  3.9999999999999997e-84  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  39.48 
 
 
559 aa  313  6.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.07 
 
 
529 aa  312  1e-83  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2481  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.15 
 
 
534 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.236507  normal  0.407022 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.85 
 
 
537 aa  311  1e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.674224  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.44 
 
 
539 aa  311  1e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  35.4 
 
 
561 aa  310  2.9999999999999997e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  35.65 
 
 
561 aa  310  5.9999999999999995e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  35.65 
 
 
561 aa  310  5.9999999999999995e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  35.65 
 
 
561 aa  309  6.999999999999999e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  35.65 
 
 
561 aa  309  6.999999999999999e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.32 
 
 
569 aa  309  9e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0332  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.55 
 
 
544 aa  309  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0803  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.54 
 
 
581 aa  308  2.0000000000000002e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2727  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.14 
 
 
525 aa  307  2.0000000000000002e-82  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0412228  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  37.24 
 
 
559 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.09 
 
 
543 aa  306  5.0000000000000004e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.49 
 
 
539 aa  306  6e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.104195 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.87 
 
 
549 aa  306  8.000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.97 
 
 
533 aa  305  1.0000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.604937  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.31 
 
 
569 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5162  Choline dehydrogenase  38.87 
 
 
541 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0769143  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.58 
 
 
546 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.43 
 
 
535 aa  301  3e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0530  choline dehydrogenase  37.92 
 
 
570 aa  300  4e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3611  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.17 
 
 
534 aa  299  6e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6326  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.98 
 
 
554 aa  298  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  37.36 
 
 
534 aa  298  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.78 
 
 
544 aa  298  2e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0884  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.23 
 
 
553 aa  297  4e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.275807  normal  0.461656 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3373  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.96 
 
 
553 aa  296  8e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7146  Choline dehydrogenase  38 
 
 
514 aa  295  1e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0527106 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.41 
 
 
540 aa  294  2e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  34.66 
 
 
561 aa  293  4e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0054  GMC oxidoreductase  36.93 
 
 
556 aa  293  4e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810146  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4867  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.38 
 
 
560 aa  293  4e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.348286  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  34.09 
 
 
564 aa  293  5e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0278  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase family protein  36.55 
 
 
556 aa  293  5e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914416  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0061  GMC oxidoreductase  36.55 
 
 
556 aa  293  5e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0062  GMC oxidoreductase  36.55 
 
 
556 aa  293  5e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.64 
 
 
534 aa  293  6e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1383  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.23 
 
 
551 aa  293  7e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00471975  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  37.08 
 
 
552 aa  292  1e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  37.03 
 
 
553 aa  292  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6980  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.5 
 
 
556 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0315325  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1507  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.02 
 
 
548 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.23617  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.36 
 
 
534 aa  291  3e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2458  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.56 
 
 
554 aa  290  3e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.144677  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6322  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.02 
 
 
556 aa  291  3e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.942942 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2184  choline dehydrogenase  35.8 
 
 
548 aa  290  4e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2379  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.79 
 
 
571 aa  290  4e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1428  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.86 
 
 
544 aa  290  4e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  33.84 
 
 
560 aa  290  5.0000000000000004e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4024  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.12 
 
 
533 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3292  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.12 
 
 
533 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0856  choline dehydrogenase  36.17 
 
 
548 aa  290  6e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  32.2 
 
 
552 aa  289  7e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  34.72 
 
 
572 aa  289  9e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.04 
 
 
567 aa  289  9e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485972  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4709  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.21 
 
 
527 aa  289  1e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.03 
 
 
531 aa  288  1e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  35.34 
 
 
562 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0317  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.76 
 
 
511 aa  288  1e-76  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  34.64 
 
 
565 aa  288  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  37.48 
 
 
531 aa  288  2e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.16 
 
 
552 aa  288  2e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  36.02 
 
 
541 aa  287  2.9999999999999996e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.16 
 
 
555 aa  287  2.9999999999999996e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.54 
 
 
546 aa  287  2.9999999999999996e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  32.83 
 
 
556 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  37.45 
 
 
553 aa  287  2.9999999999999996e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2310  choline dehydrogenase  36.74 
 
 
548 aa  286  7e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568209  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.06 
 
 
534 aa  286  7e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.917916  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.9 
 
 
530 aa  286  7e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.6 
 
 
577 aa  286  8e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0398  GMC family oxidoreductase  36.94 
 
 
544 aa  285  1.0000000000000001e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  34.39 
 
 
565 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2557  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38 
 
 
526 aa  285  1.0000000000000001e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.261253  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  34.66 
 
 
574 aa  284  2.0000000000000002e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  34.28 
 
 
549 aa  285  2.0000000000000002e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3916  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.7 
 
 
570 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.1 
 
 
531 aa  284  3.0000000000000004e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  37.61 
 
 
557 aa  283  5.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11305  dehydrogenase FAD flavoprotein GMC oxidoreductase  37.9 
 
 
528 aa  283  5.000000000000001e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16390  putative GMC-type oxidoreductase  38.81 
 
 
557 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3345  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  37.71 
 
 
544 aa  283  6.000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1487  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.85 
 
 
551 aa  283  7.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.354481  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0201  oxidoreductase, GMC family protein  37.83 
 
 
561 aa  282  9e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.260049  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3995  GMC family oxidoreductase  37.83 
 
 
561 aa  282  1e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.530618  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2933  oxidoreductase, GMC family protein  37.83 
 
 
561 aa  282  1e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  36.26 
 
 
571 aa  282  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>