More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2481 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_0323  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.85 
 
 		 562 aa  642    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.518363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.72 
 
 		 542 aa  642    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.33687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.78 
 
 		 546 aa  657    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2481  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 534 aa  1095    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.236507  normal  0.407022 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0327  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.33 
 
 		 522 aa  592  1e-168  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.330808 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.9 
 
 		 539 aa  568  1e-160  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104195 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0803  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.93 
 
 		 581 aa  442  1e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0181  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.63 
 
 		 571 aa  367  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1258  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.03 
 
 		 571 aa  329  7e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.564674  decreased coverage  0.00861873 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.62 
 
 		 518 aa  323  3e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4708  Choline dehydrogenase  38.48 
 
 		 513 aa  321  1.9999999999999998e-86  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3136  choline dehydrogenase  37.62 
 
 		 531 aa  312  1e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2069  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.62 
 
 		 518 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0353317 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1236  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.15 
 
 		 518 aa  303  5.000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.116921  normal  0.443718 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.98 
 
 		 534 aa  298  1e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  35.22 
 
 		 556 aa  297  3e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  34.85 
 
 		 552 aa  296  7e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2727  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.18 
 
 		 525 aa  294  3e-78  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0412228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.71 
 
 		 544 aa  293  4e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1428  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.33 
 
 		 544 aa  293  5e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.63 
 
 		 546 aa  293  5e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.13 
 
 		 540 aa  292  1e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.54 
 
 		 543 aa  292  1e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  34.75 
 
 		 561 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  34.75 
 
 		 561 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  34.75 
 
 		 561 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  34.75 
 
 		 561 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.4 
 
 		 534 aa  291  2e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.48 
 
 		 539 aa  290  4e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.61 
 
 		 552 aa  290  6e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2184  choline dehydrogenase  36.02 
 
 		 548 aa  289  1e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  35.94 
 
 		 559 aa  289  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.99 
 
 		 541 aa  288  1e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3164  choline dehydrogenase  35.53 
 
 		 551 aa  287  2.9999999999999996e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2042  L-sorbose dehydrogenase, FAD dependent, putative  35.42 
 
 		 544 aa  287  4e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0700873  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0054  GMC oxidoreductase  36.31 
 
 		 556 aa  287  4e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810146  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1487  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.59 
 
 		 551 aa  287  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.354481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1896  choline dehydrogenase  37.22 
 
 		 550 aa  286  5e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.338897 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2223  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.83 
 
 		 531 aa  286  5e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.487572  normal  0.417914 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  34.59 
 
 		 549 aa  286  5e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0856  choline dehydrogenase  35.65 
 
 		 548 aa  286  8e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  34.96 
 
 		 549 aa  285  1.0000000000000001e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  34.14 
 
 		 561 aa  285  1.0000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  36.13 
 
 		 559 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  35.99 
 
 		 552 aa  285  2.0000000000000002e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  36.23 
 
 		 562 aa  284  2.0000000000000002e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  36.61 
 
 		 557 aa  285  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.17 
 
 		 529 aa  284  2.0000000000000002e-75  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0554  choline dehydrogenase  34.77 
 
 		 549 aa  283  4.0000000000000003e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  34.94 
 
 		 564 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.14 
 
 		 541 aa  283  6.000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.94 
 
 		 542 aa  283  6.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.35 
 
 		 552 aa  283  6.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0877  choline dehydrogenase  35.48 
 
 		 545 aa  282  1e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.988222  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.22 
 
 		 563 aa  282  1e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1383  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.03 
 
 		 551 aa  282  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00471975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  33.96 
 
 		 574 aa  281  1e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0061  GMC oxidoreductase  35.9 
 
 		 556 aa  281  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0062  GMC oxidoreductase  35.9 
 
 		 556 aa  281  2e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0278  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase family protein  35.9 
 
 		 556 aa  281  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914416  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.65 
 
 		 532 aa  281  2e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  34.7 
 
 		 560 aa  281  2e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  35.01 
 
 		 565 aa  280  4e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2310  choline dehydrogenase  36.14 
 
 		 548 aa  280  4e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.65 
 
 		 569 aa  280  5e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.84 
 
 		 569 aa  280  6e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0670  GMC family oxidoreductase  33.83 
 
 		 534 aa  278  1e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  34.33 
 
 		 561 aa  278  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.06 
 
 		 541 aa  278  2e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  34.58 
 
 		 560 aa  276  6e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  34.21 
 
 		 572 aa  276  7e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6820  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.44 
 
 		 602 aa  276  9e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.2 
 
 		 550 aa  275  1.0000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  33.33 
 
 		 560 aa  275  2.0000000000000002e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1882  choline dehydrogenase  35.07 
 
 		 551 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2659  GMC oxidoreductase  35.15 
 
 		 549 aa  273  6e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0084  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.3 
 
 		 561 aa  273  6e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3294  GMC oxidoreductase  35.15 
 
 		 549 aa  273  6e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.38455  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1833  GMC oxidoreductase  35.15 
 
 		 549 aa  273  6e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2719  GMC oxidoreductase  35.15 
 
 		 549 aa  273  6e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.972032  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.17 
 
 		 551 aa  273  6e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3929  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.65 
 
 		 528 aa  273  7e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1044  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.59 
 
 		 555 aa  273  7e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  34.9 
 
 		 553 aa  273  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.19 
 
 		 551 aa  272  9e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2822  choline dehydrogenase  35.82 
 
 		 551 aa  272  1e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2072  choline dehydrogenase  33.46 
 
 		 562 aa  272  1e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.92 
 
 		 534 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.917916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1624  choline dehydrogenase  35.7 
 
 		 558 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.529123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.07 
 
 		 578 aa  270  4e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3372  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  34.07 
 
 		 539 aa  270  4e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.63 
 
 		 539 aa  270  4e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  34.26 
 
 		 565 aa  270  5e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1502  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.18 
 
 		 535 aa  270  5e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0562  choline dehydrogenase  35.33 
 
 		 549 aa  269  7e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.55111 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1279  Choline dehydrogenase  34.38 
 
 		 544 aa  270  7e-71  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.94 
 
 		 561 aa  269  8e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1614  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  34.32 
 
 		 547 aa  269  8.999999999999999e-71  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1639  choline dehydrogenase  35.63 
 
 		 558 aa  269  8.999999999999999e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.58518 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0377  choline dehydrogenase  35.6 
 
 		 565 aa  269  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.119078  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>