More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0181 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0181  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 571 aa  1155    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0803  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.79 
 
 		 581 aa  696    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0323  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.6 
 
 		 562 aa  410  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.518363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.75 
 
 		 546 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0327  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.15 
 
 		 522 aa  384  1e-105  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.330808 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2481  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.63 
 
 		 534 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.236507  normal  0.407022 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.95 
 
 		 539 aa  364  2e-99  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104195 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.24 
 
 		 542 aa  358  9.999999999999999e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.33687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1258  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.15 
 
 		 571 aa  346  8e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.564674  decreased coverage  0.00861873 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.23 
 
 		 529 aa  317  4e-85  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.69 
 
 		 541 aa  303  5.000000000000001e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4708  Choline dehydrogenase  36.54 
 
 		 513 aa  301  2e-80  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3136  choline dehydrogenase  34.96 
 
 		 531 aa  300  4e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1882  choline dehydrogenase  38.49 
 
 		 551 aa  297  3e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.66 
 
 		 543 aa  297  3e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0856  choline dehydrogenase  38.01 
 
 		 548 aa  295  1e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2310  choline dehydrogenase  38.23 
 
 		 548 aa  296  1e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.53 
 
 		 518 aa  295  2e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  36.26 
 
 		 549 aa  294  4e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2184  choline dehydrogenase  37.83 
 
 		 548 aa  293  4e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0554  choline dehydrogenase  36.26 
 
 		 549 aa  293  6e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1428  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.38 
 
 		 544 aa  291  3e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  36.07 
 
 		 549 aa  290  5.0000000000000004e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.59 
 
 		 546 aa  287  2.9999999999999996e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1896  choline dehydrogenase  38.13 
 
 		 550 aa  287  4e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.338897 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6820  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.71 
 
 		 602 aa  286  7e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2727  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.3 
 
 		 525 aa  285  1.0000000000000001e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0412228  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  34.51 
 
 		 561 aa  285  2.0000000000000002e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  33.64 
 
 		 552 aa  284  3.0000000000000004e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.64 
 
 		 532 aa  283  7.000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  34.2 
 
 		 560 aa  282  1e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.01 
 
 		 539 aa  282  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0889  choline dehydrogenase  35.96 
 
 		 549 aa  281  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0776  choline dehydrogenase  35.39 
 
 		 549 aa  281  3e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0802775 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  34.99 
 
 		 541 aa  280  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.15 
 
 		 539 aa  280  7e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1543  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.24 
 
 		 530 aa  279  9e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0562  choline dehydrogenase  35.58 
 
 		 549 aa  278  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.55111 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11305  dehydrogenase FAD flavoprotein GMC oxidoreductase  35.85 
 
 		 528 aa  278  2e-73  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  34.26 
 
 		 561 aa  278  2e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.24 
 
 		 544 aa  278  2e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  34.63 
 
 		 562 aa  278  2e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  33.46 
 
 		 561 aa  277  4e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  33.46 
 
 		 561 aa  277  4e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  33.46 
 
 		 561 aa  277  5e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  33.46 
 
 		 561 aa  277  5e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.96 
 
 		 534 aa  276  6e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.74 
 
 		 552 aa  276  9e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4369  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.16 
 
 		 556 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.62 
 
 		 545 aa  275  1.0000000000000001e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.82 
 
 		 569 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.6 
 
 		 546 aa  274  2.0000000000000002e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3358  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.41 
 
 		 550 aa  274  3e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.77 
 
 		 540 aa  274  4.0000000000000004e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.68 
 
 		 549 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  34.51 
 
 		 552 aa  273  5.000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4709  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.4 
 
 		 527 aa  273  7e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  32.28 
 
 		 560 aa  273  7e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  34.64 
 
 		 559 aa  273  8.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1582  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.72 
 
 		 533 aa  272  1e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.21 
 
 		 563 aa  272  1e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  34.45 
 
 		 559 aa  272  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.82 
 
 		 569 aa  272  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31690  choline dehydrogenase  33.09 
 
 		 554 aa  271  2e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  32.16 
 
 		 556 aa  271  2e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1031  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.79 
 
 		 539 aa  270  4e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1236  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.62 
 
 		 518 aa  270  5e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.116921  normal  0.443718 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.5 
 
 		 567 aa  270  5e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  32.02 
 
 		 564 aa  270  5.9999999999999995e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0326  choline dehydrogenase  34.2 
 
 		 556 aa  268  1e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0370  choline dehydrogenase  34.2 
 
 		 556 aa  268  1e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3295  choline dehydrogenase  34.2 
 
 		 556 aa  268  2e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3312  choline dehydrogenase  34.2 
 
 		 556 aa  268  2e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2072  choline dehydrogenase  31.95 
 
 		 562 aa  268  2e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6322  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.7 
 
 		 556 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.942942 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6980  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.08 
 
 		 556 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0315325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.02 
 
 		 537 aa  268  2e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1507  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.83 
 
 		 548 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.23617  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00267  choline dehydrogenase  34.2 
 
 		 556 aa  268  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00270  hypothetical protein  34.2 
 
 		 556 aa  268  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0877  choline dehydrogenase  34.65 
 
 		 545 aa  267  2.9999999999999995e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.988222  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0342  choline dehydrogenase  34.2 
 
 		 562 aa  267  4e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2069  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.31 
 
 		 518 aa  267  5e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0353317 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0373  choline dehydrogenase  34.2 
 
 		 562 aa  267  5e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.868243  normal  0.338212 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0874  choline dehydrogenase  33.33 
 
 		 565 aa  267  5e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.526772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0728  choline dehydrogenase  33.46 
 
 		 566 aa  266  5.999999999999999e-70  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3808  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.07 
 
 		 547 aa  266  5.999999999999999e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.605068  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1169  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.21 
 
 		 544 aa  266  7e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  33.09 
 
 		 539 aa  265  1e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1098  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.71 
 
 		 529 aa  265  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.77 
 
 		 537 aa  265  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  32.59 
 
 		 565 aa  264  3e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.64 
 
 		 538 aa  264  3e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3050  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.76 
 
 		 564 aa  264  3e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2042  L-sorbose dehydrogenase, FAD dependent, putative  34.27 
 
 		 544 aa  264  4e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0700873  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0331  GMC oxidoreductase  35.49 
 
 		 557 aa  263  4e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.95 
 
 		 531 aa  264  4e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6848  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.51 
 
 		 556 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.90225 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2397  choline dehydrogenase  34.2 
 
 		 573 aa  263  6e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423609 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6326  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.64 
 
 		 554 aa  263  6e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>