More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4189 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5122  GMC family oxidoreductase  70.08 
 
 		 532 aa  789    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0343  glucose-methanol-choline oxidoreductase  70.45 
 
 		 532 aa  779    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5347  glucose-methanol-choline oxidoreductase  78.07 
 
 		 531 aa  849    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  69.89 
 
 		 532 aa  785    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5172  glucose-methanol-choline oxidoreductase  70.45 
 
 		 532 aa  793    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0458  putative oxidoreductase  79.62 
 
 		 530 aa  874    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4189  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 537 aa  1107    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04780  oxidoreductase  80.3 
 
 		 531 aa  873    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3596  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.77 
 
 		 531 aa  600  1e-170  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3574  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.3 
 
 		 532 aa  595  1e-168  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.31369  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0350  GMC family oxidoreductase  55.37 
 
 		 539 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4222  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.72 
 
 		 541 aa  559  1e-158  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.689308 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0548  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.79 
 
 		 539 aa  553  1e-156  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0434  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.35 
 
 		 541 aa  549  1e-155  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0591  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.03 
 
 		 529 aa  551  1e-155  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.559544 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0672  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.26 
 
 		 532 aa  545  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.482202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3863  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.51 
 
 		 531 aa  534  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3286  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.89 
 
 		 529 aa  533  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3503  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.42 
 
 		 531 aa  531  1e-149  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2998  GMC family oxidoreductase  52.17 
 
 		 563 aa  525  1e-148  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3120  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.47 
 
 		 555 aa  526  1e-148  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0882  GMC family oxidoreductase  50.28 
 
 		 533 aa  523  1e-147  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0880  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.19 
 
 		 531 aa  518  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0857  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.19 
 
 		 531 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3482  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.19 
 
 		 531 aa  518  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50 
 
 		 533 aa  518  1e-146  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3396  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.19 
 
 		 533 aa  520  1e-146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0892  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50 
 
 		 531 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3284  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50 
 
 		 533 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3184  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.72 
 
 		 530 aa  499  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275768  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4522  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.02 
 
 		 520 aa  213  5.999999999999999e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464516  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4350  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.85 
 
 		 526 aa  193  8e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0994  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.8 
 
 		 505 aa  184  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0279763  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1198  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.85 
 
 		 506 aa  181  2.9999999999999997e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.016113  hitchhiker  0.00093802 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00623  long chain fatty alcohol oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G17110)  25.18 
 
 		 745 aa  175  1.9999999999999998e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.345433  normal  0.817488 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5384  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.44 
 
 		 660 aa  173  9e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32359  long chain fatty acid oxidase  25.27 
 
 		 697 aa  170  5e-41  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.550643  normal  0.383222 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10500  oxidoreductase  29.21 
 
 		 629 aa  170  6e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.63635e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3885  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.16 
 
 		 657 aa  165  2.0000000000000002e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0361695  normal  0.12202 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_90828  long chain fatty acid oxidase  24.82 
 
 		 699 aa  165  3e-39  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.654464 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48204  predicted protein  28.01 
 
 		 786 aa  153  8.999999999999999e-36  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3053  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.56 
 
 		 648 aa  141  3.9999999999999997e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.181626  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.91 
 
 		 527 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2937  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.52 
 
 		 711 aa  134  5e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0446461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.68 
 
 		 522 aa  132  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1347  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.63 
 
 		 666 aa  130  6e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0384946  normal  0.0925593 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.73 
 
 		 528 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.59 
 
 		 522 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.99 
 
 		 528 aa  128  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2097  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.24 
 
 		 470 aa  124  5e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00213522  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.48 
 
 		 515 aa  123  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.73 
 
 		 526 aa  123  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.25 
 
 		 556 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.32 
 
 		 522 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.32 
 
 		 522 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.75 
 
 		 556 aa  120  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2587  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.9 
 
 		 658 aa  119  9.999999999999999e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.89 
 
 		 573 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  28.02 
 
 		 522 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.52 
 
 		 553 aa  117  7.999999999999999e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  30.39 
 
 		 563 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  30.39 
 
 		 563 aa  115  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  30.39 
 
 		 563 aa  115  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.18 
 
 		 522 aa  114  6e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.32 
 
 		 526 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.73 
 
 		 518 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.98 
 
 		 556 aa  112  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.13 
 
 		 523 aa  110  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.73 
 
 		 573 aa  108  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.1 
 
 		 522 aa  107  8e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.21 
 
 		 548 aa  105  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  25.65 
 
 		 528 aa  103  8e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  28.4 
 
 		 547 aa  102  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.5 
 
 		 522 aa  100  6e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.72 
 
 		 547 aa  100  7e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.63 
 
 		 534 aa  100  8e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.48 
 
 		 527 aa  100  9e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.45 
 
 		 547 aa  96.3  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0294  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.56 
 
 		 666 aa  96.7  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.254174 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.79 
 
 		 548 aa  95.9  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  26.4 
 
 		 523 aa  95.5  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.58 
 
 		 526 aa  94.7  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.8 
 
 		 533 aa  90.9  5e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.26 
 
 		 552 aa  90.5  7e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.25 
 
 		 531 aa  89.4  1e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.91 
 
 		 545 aa  89.4  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  23.6 
 
 		 573 aa  85.9  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6992  Choline dehydrogenase and related flavoprotein- like protein  24.77 
 
 		 551 aa  85.9  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175561  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0546  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.01 
 
 		 535 aa  84  0.000000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00344637 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.87 
 
 		 553 aa  82.8  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3130  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.51 
 
 		 1182 aa  81.6  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.456841  normal  0.396058 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1077  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.58 
 
 		 504 aa  80.1  0.00000000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.785546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.87 
 
 		 561 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.9 
 
 		 534 aa  79.3  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.09 
 
 		 550 aa  79.7  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.61 
 
 		 501 aa  79.7  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1771  GMC oxidoreductase  22.94 
 
 		 539 aa  79.3  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.89 
 
 		 533 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.08 
 
 		 533 aa  74.7  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.08 
 
 		 533 aa  74.7  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>