More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0882 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0672  glucose-methanol-choline oxidoreductase  77.95 
 
 		 532 aa  840    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.482202  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0882  GMC family oxidoreductase  100 
 
 		 533 aa  1105    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0591  glucose-methanol-choline oxidoreductase  79.85 
 
 		 529 aa  862    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.559544 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3863  glucose-methanol-choline oxidoreductase  76.98 
 
 		 531 aa  839    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0892  glucose-methanol-choline oxidoreductase  92.26 
 
 		 531 aa  1011    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3184  glucose-methanol-choline oxidoreductase  72.3 
 
 		 530 aa  778    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275768  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3503  glucose-methanol-choline oxidoreductase  77.8 
 
 		 531 aa  859    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  95.5 
 
 		 533 aa  1039    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3284  glucose-methanol-choline oxidoreductase  95.5 
 
 		 533 aa  1039    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3286  glucose-methanol-choline oxidoreductase  73.95 
 
 		 529 aa  810    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0880  glucose-methanol-choline oxidoreductase  92.26 
 
 		 531 aa  1009    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0857  glucose-methanol-choline oxidoreductase  92.08 
 
 		 531 aa  1008    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3482  glucose-methanol-choline oxidoreductase  92.26 
 
 		 531 aa  1010    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3396  glucose-methanol-choline oxidoreductase  96.44 
 
 		 533 aa  1046    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3120  glucose-methanol-choline oxidoreductase  89.35 
 
 		 555 aa  978    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2998  GMC family oxidoreductase  72.52 
 
 		 563 aa  771    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5172  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.19 
 
 		 532 aa  558  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5122  GMC family oxidoreductase  50.19 
 
 		 532 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.81 
 
 		 532 aa  549  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0343  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.05 
 
 		 532 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4189  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.28 
 
 		 537 aa  528  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5347  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.28 
 
 		 531 aa  529  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0350  GMC family oxidoreductase  50.56 
 
 		 539 aa  525  1e-148  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4222  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.72 
 
 		 541 aa  526  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.689308 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3574  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.06 
 
 		 532 aa  523  1e-147  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.31369  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0548  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.02 
 
 		 539 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0434  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.6 
 
 		 541 aa  511  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0458  putative oxidoreductase  49.62 
 
 		 530 aa  510  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3596  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.28 
 
 		 531 aa  510  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04780  oxidoreductase  49.53 
 
 		 531 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4522  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.09 
 
 		 520 aa  196  7e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464516  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4350  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.54 
 
 		 526 aa  196  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0994  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.84 
 
 		 505 aa  188  2e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0279763  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10500  oxidoreductase  30.74 
 
 		 629 aa  185  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.63635e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1198  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.16 
 
 		 506 aa  178  2e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.016113  hitchhiker  0.00093802 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5384  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.52 
 
 		 660 aa  176  9.999999999999999e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1347  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.57 
 
 		 666 aa  164  3e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0384946  normal  0.0925593 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00623  long chain fatty alcohol oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G17110)  24.34 
 
 		 745 aa  155  1e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.345433  normal  0.817488 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3885  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.82 
 
 		 657 aa  152  1e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0361695  normal  0.12202 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48204  predicted protein  27.12 
 
 		 786 aa  152  2e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_90828  long chain fatty acid oxidase  23.47 
 
 		 699 aa  142  9.999999999999999e-33  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.654464 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2097  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.15 
 
 		 470 aa  139  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00213522  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.69 
 
 		 518 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3053  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.27 
 
 		 648 aa  128  3e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.181626  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.43 
 
 		 515 aa  126  9e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2937  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.25 
 
 		 711 aa  125  3e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0446461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32359  long chain fatty acid oxidase  22.58 
 
 		 697 aa  122  1.9999999999999998e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.550643  normal  0.383222 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2587  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.7 
 
 		 658 aa  116  7.999999999999999e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  24.95 
 
 		 522 aa  115  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.95 
 
 		 527 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.01 
 
 		 573 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.73 
 
 		 528 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.59 
 
 		 553 aa  110  8.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  24.38 
 
 		 528 aa  108  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.96 
 
 		 548 aa  106  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.44 
 
 		 522 aa  103  9e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.59 
 
 		 556 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0294  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.73 
 
 		 666 aa  102  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.254174 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.28 
 
 		 547 aa  101  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.73 
 
 		 527 aa  100  6e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.78 
 
 		 556 aa  100  7e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.15 
 
 		 556 aa  100  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.17 
 
 		 526 aa  99.8  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.15 
 
 		 547 aa  99  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.87 
 
 		 573 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0546  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.41 
 
 		 535 aa  93.6  8e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00344637 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.41 
 
 		 522 aa  92.8  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  26.63 
 
 		 563 aa  92.8  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  26.63 
 
 		 563 aa  92.8  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  26.63 
 
 		 563 aa  91.7  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.64 
 
 		 552 aa  91.3  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.77 
 
 		 522 aa  90.9  5e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  23.95 
 
 		 528 aa  90.5  6e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.35 
 
 		 522 aa  90.9  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.35 
 
 		 522 aa  90.9  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.28 
 
 		 526 aa  90.1  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6992  Choline dehydrogenase and related flavoprotein- like protein  25.87 
 
 		 551 aa  89.4  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175561  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.6 
 
 		 548 aa  86.7  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  26.12 
 
 		 522 aa  84.7  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.45 
 
 		 531 aa  84.3  0.000000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.93 
 
 		 526 aa  84.3  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.68 
 
 		 523 aa  84  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.95 
 
 		 522 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2704  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.03 
 
 		 550 aa  81.6  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.051308  normal  0.893433 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  25.5 
 
 		 547 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.05 
 
 		 563 aa  80.5  0.00000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.15 
 
 		 572 aa  72  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.43 
 
 		 511 aa  70.9  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0493  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.88 
 
 		 532 aa  69.3  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.69 
 
 		 533 aa  69.3  0.0000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.86 
 
 		 570 aa  67.8  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  26.62 
 
 		 523 aa  67.4  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.99 
 
 		 553 aa  67  0.0000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  23.89 
 
 		 549 aa  66.6  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.21 
 
 		 545 aa  65.9  0.000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  22.26 
 
 		 547 aa  64.7  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  22.4 
 
 		 547 aa  63.9  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.96 
 
 		 550 aa  64.3  0.000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.76 
 
 		 561 aa  63.5  0.000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5219  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.83 
 
 		 1150 aa  63.5  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000490282  unclonable  0.0000721023 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>