More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0591 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0882  GMC family oxidoreductase  79.85 
 
 		 533 aa  862    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0880  glucose-methanol-choline oxidoreductase  78.94 
 
 		 531 aa  874    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0857  glucose-methanol-choline oxidoreductase  78.75 
 
 		 531 aa  873    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3863  glucose-methanol-choline oxidoreductase  78.26 
 
 		 531 aa  858    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3482  glucose-methanol-choline oxidoreductase  78.75 
 
 		 531 aa  873    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0892  glucose-methanol-choline oxidoreductase  78.75 
 
 		 531 aa  874    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3503  glucose-methanol-choline oxidoreductase  79.28 
 
 		 531 aa  868    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3184  glucose-methanol-choline oxidoreductase  69.96 
 
 		 530 aa  748    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275768  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2998  GMC family oxidoreductase  74.15 
 
 		 563 aa  777    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0672  glucose-methanol-choline oxidoreductase  78.45 
 
 		 532 aa  856    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.482202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  79.13 
 
 		 533 aa  858    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3284  glucose-methanol-choline oxidoreductase  79.13 
 
 		 533 aa  858    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3286  glucose-methanol-choline oxidoreductase  72.68 
 
 		 529 aa  798    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3120  glucose-methanol-choline oxidoreductase  78.94 
 
 		 555 aa  870    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0591  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 529 aa  1097    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.559544 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3396  glucose-methanol-choline oxidoreductase  79.89 
 
 		 533 aa  864    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5172  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.61 
 
 		 532 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5122  GMC family oxidoreductase  51.61 
 
 		 532 aa  561  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.04 
 
 		 532 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4189  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.03 
 
 		 537 aa  555  1e-157  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0343  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.42 
 
 		 532 aa  557  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5347  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.84 
 
 		 531 aa  548  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0458  putative oxidoreductase  52.84 
 
 		 530 aa  541  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4222  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.84 
 
 		 541 aa  536  1e-151  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.689308 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04780  oxidoreductase  52.35 
 
 		 531 aa  537  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0350  GMC family oxidoreductase  51.03 
 
 		 539 aa  532  1e-150  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3596  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.08 
 
 		 531 aa  530  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3574  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.4 
 
 		 532 aa  526  1e-148  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.31369  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0548  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.4 
 
 		 539 aa  521  1e-146  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0434  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.57 
 
 		 541 aa  508  9.999999999999999e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4522  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.43 
 
 		 520 aa  205  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464516  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0994  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.51 
 
 		 505 aa  201  3e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0279763  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4350  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.43 
 
 		 526 aa  200  6e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1198  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.02 
 
 		 506 aa  198  2.0000000000000003e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.016113  hitchhiker  0.00093802 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10500  oxidoreductase  30.12 
 
 		 629 aa  176  8e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.63635e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5384  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.75 
 
 		 660 aa  172  1e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1347  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.79 
 
 		 666 aa  162  1e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0384946  normal  0.0925593 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00623  long chain fatty alcohol oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G17110)  24.07 
 
 		 745 aa  157  4e-37  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.345433  normal  0.817488 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48204  predicted protein  28.63 
 
 		 786 aa  154  5e-36  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_90828  long chain fatty acid oxidase  25.14 
 
 		 699 aa  149  2.0000000000000003e-34  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.654464 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3885  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.31 
 
 		 657 aa  144  5e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0361695  normal  0.12202 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3053  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.98 
 
 		 648 aa  142  1.9999999999999998e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.181626  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2097  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.75 
 
 		 470 aa  141  3.9999999999999997e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00213522  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.01 
 
 		 515 aa  140  7e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2937  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.1 
 
 		 711 aa  132  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0446461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.69 
 
 		 553 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32359  long chain fatty acid oxidase  22.92 
 
 		 697 aa  125  2e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.550643  normal  0.383222 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2587  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.85 
 
 		 658 aa  123  9.999999999999999e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.1 
 
 		 518 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.84 
 
 		 556 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.78 
 
 		 547 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.56 
 
 		 573 aa  111  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.01 
 
 		 548 aa  109  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.89 
 
 		 556 aa  109  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.57 
 
 		 526 aa  107  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  23.97 
 
 		 522 aa  106  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.95 
 
 		 556 aa  106  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.07 
 
 		 547 aa  105  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.09 
 
 		 527 aa  105  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.23 
 
 		 526 aa  104  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.56 
 
 		 573 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0294  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.17 
 
 		 666 aa  102  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.254174 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  27.45 
 
 		 563 aa  100  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  27.45 
 
 		 563 aa  99.8  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  27.45 
 
 		 563 aa  99.8  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.53 
 
 		 552 aa  98.6  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  24.01 
 
 		 528 aa  98.2  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.31 
 
 		 528 aa  98.2  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.4 
 
 		 522 aa  97.1  8e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.62 
 
 		 522 aa  97.1  8e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.62 
 
 		 522 aa  97.1  8e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  26.61 
 
 		 547 aa  95.5  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.06 
 
 		 527 aa  94  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.24 
 
 		 548 aa  94  7e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.13 
 
 		 531 aa  91.7  3e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6992  Choline dehydrogenase and related flavoprotein- like protein  26.44 
 
 		 551 aa  90.9  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175561  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.56 
 
 		 533 aa  88.2  3e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  22.95 
 
 		 528 aa  88.2  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.31 
 
 		 526 aa  88.2  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.37 
 
 		 522 aa  87  8e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0546  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.3 
 
 		 535 aa  86.3  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00344637 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.05 
 
 		 522 aa  84.7  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.74 
 
 		 545 aa  84.3  0.000000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.4 
 
 		 523 aa  84.3  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  25.23 
 
 		 522 aa  79.7  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5037  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.12 
 
 		 572 aa  79.7  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3191  cholesterol oxidase  22.28 
 
 		 533 aa  79.7  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000455037 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.63 
 
 		 522 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1514  FAD dependent oxidoreductase  22.07 
 
 		 578 aa  77  0.0000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.384114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.75 
 
 		 550 aa  77  0.0000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4475  GMC oxidoreductase  25.26 
 
 		 554 aa  76.3  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00299763 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  24.34 
 
 		 547 aa  75.9  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.8 
 
 		 533 aa  74.3  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.8 
 
 		 533 aa  74.3  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1255  FAD dependent oxidoreductase  22.73 
 
 		 889 aa  73.9  0.000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2704  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.28 
 
 		 550 aa  73.2  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.051308  normal  0.893433 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.88 
 
 		 533 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0493  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.67 
 
 		 532 aa  71.2  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.42 
 
 		 563 aa  70.9  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.55 
 
 		 559 aa  70.5  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>