More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3596 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5122  GMC family oxidoreductase  57.9 
 
 		 532 aa  636    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5172  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.71 
 
 		 532 aa  636    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3596  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 531 aa  1094    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.33 
 
 		 532 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3574  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.9 
 
 		 532 aa  618  1e-176  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.31369  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5347  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.17 
 
 		 531 aa  617  1e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0343  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.19 
 
 		 532 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4189  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.77 
 
 		 537 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0458  putative oxidoreductase  56.2 
 
 		 530 aa  592  1e-168  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04780  oxidoreductase  55.93 
 
 		 531 aa  586  1e-166  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0350  GMC family oxidoreductase  53.01 
 
 		 539 aa  559  1e-158  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3286  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.83 
 
 		 529 aa  542  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0591  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.08 
 
 		 529 aa  529  1e-149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.559544 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4222  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.06 
 
 		 541 aa  523  1e-147  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.689308 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0672  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.61 
 
 		 532 aa  525  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.482202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3120  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.94 
 
 		 555 aa  520  1e-146  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0434  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.09 
 
 		 541 aa  520  1e-146  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3184  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.41 
 
 		 530 aa  514  1e-144  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275768  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3503  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.94 
 
 		 531 aa  513  1e-144  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0882  GMC family oxidoreductase  50.28 
 
 		 533 aa  508  1e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0880  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.19 
 
 		 531 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3482  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50 
 
 		 531 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3863  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.32 
 
 		 531 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0857  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.19 
 
 		 531 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0548  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.11 
 
 		 539 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0892  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50 
 
 		 531 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3396  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.19 
 
 		 533 aa  504  1e-141  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2998  GMC family oxidoreductase  51.4 
 
 		 563 aa  503  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50 
 
 		 533 aa  501  1e-140  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3284  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.62 
 
 		 533 aa  498  1e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4522  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.85 
 
 		 520 aa  210  5e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464516  normal  0.3464 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00623  long chain fatty alcohol oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G17110)  28.36 
 
 		 745 aa  208  2e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.345433  normal  0.817488 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4350  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.31 
 
 		 526 aa  205  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0994  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.06 
 
 		 505 aa  202  9e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0279763  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5384  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.77 
 
 		 660 aa  183  7e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1198  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.76 
 
 		 506 aa  173  5e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.016113  hitchhiker  0.00093802 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10500  oxidoreductase  29.7 
 
 		 629 aa  170  8e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.63635e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_90828  long chain fatty acid oxidase  25.19 
 
 		 699 aa  168  2e-40  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.654464 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48204  predicted protein  28.35 
 
 		 786 aa  167  2.9999999999999998e-40  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1347  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.77 
 
 		 666 aa  165  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0384946  normal  0.0925593 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32359  long chain fatty acid oxidase  27.08 
 
 		 697 aa  164  5.0000000000000005e-39  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.550643  normal  0.383222 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3053  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.07 
 
 		 648 aa  151  3e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.181626  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3885  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.77 
 
 		 657 aa  144  3e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0361695  normal  0.12202 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2937  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.4 
 
 		 711 aa  138  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0446461  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2587  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.96 
 
 		 658 aa  134  5e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.34 
 
 		 556 aa  129  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.6 
 
 		 547 aa  127  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.13 
 
 		 573 aa  121  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.5 
 
 		 527 aa  121  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.82 
 
 		 526 aa  119  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.96 
 
 		 556 aa  117  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  29.09 
 
 		 563 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  29.09 
 
 		 563 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  29.09 
 
 		 563 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.16 
 
 		 547 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  28.42 
 
 		 547 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.19 
 
 		 515 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.02 
 
 		 556 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2097  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.9 
 
 		 470 aa  114  6e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00213522  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.78 
 
 		 548 aa  113  8.000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.81 
 
 		 518 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.78 
 
 		 526 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.22 
 
 		 548 aa  111  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.77 
 
 		 573 aa  110  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.65 
 
 		 553 aa  107  6e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  26.09 
 
 		 522 aa  107  7e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.59 
 
 		 522 aa  104  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.65 
 
 		 528 aa  104  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  25.97 
 
 		 528 aa  104  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.64 
 
 		 527 aa  101  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.24 
 
 		 522 aa  99.4  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.24 
 
 		 522 aa  99.4  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  24.86 
 
 		 528 aa  95.9  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.82 
 
 		 534 aa  92.4  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  27.24 
 
 		 522 aa  92.4  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.41 
 
 		 552 aa  91.3  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.41 
 
 		 523 aa  86.3  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.03 
 
 		 522 aa  84.7  0.000000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.21 
 
 		 522 aa  84.3  0.000000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3191  cholesterol oxidase  25 
 
 		 533 aa  84  0.000000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000455037 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.46 
 
 		 545 aa  84  0.000000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6992  Choline dehydrogenase and related flavoprotein- like protein  28.73 
 
 		 551 aa  83.2  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175561  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.44 
 
 		 522 aa  82.4  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.62 
 
 		 550 aa  81.3  0.00000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  26.03 
 
 		 523 aa  80.9  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.28 
 
 		 531 aa  80.5  0.00000000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.25 
 
 		 526 aa  80.5  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0546  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.17 
 
 		 535 aa  79.7  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00344637 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.83 
 
 		 567 aa  76.3  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1077  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.61 
 
 		 504 aa  76.6  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.785546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25 
 
 		 525 aa  73.9  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3130  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.1 
 
 		 1182 aa  73.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.456841  normal  0.396058 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.09 
 
 		 545 aa  72.4  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.45 
 
 		 533 aa  72.8  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.91 
 
 		 534 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.37 
 
 		 553 aa  72.8  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  26.64 
 
 		 573 aa  71.2  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5037  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.37 
 
 		 572 aa  70.5  0.00000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.93 
 
 		 534 aa  70.1  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.93 
 
 		 534 aa  70.1  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>