More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3184 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0882  GMC family oxidoreductase  72.3 
 
 		 533 aa  778    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0892  glucose-methanol-choline oxidoreductase  71.48 
 
 		 531 aa  773    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0591  glucose-methanol-choline oxidoreductase  69.96 
 
 		 529 aa  750    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.559544 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3482  glucose-methanol-choline oxidoreductase  71.48 
 
 		 531 aa  773    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3120  glucose-methanol-choline oxidoreductase  72.43 
 
 		 555 aa  787    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0880  glucose-methanol-choline oxidoreductase  71.67 
 
 		 531 aa  775    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3184  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 530 aa  1098    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275768  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3863  glucose-methanol-choline oxidoreductase  71.1 
 
 		 531 aa  764    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3503  glucose-methanol-choline oxidoreductase  68.75 
 
 		 531 aa  759    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0672  glucose-methanol-choline oxidoreductase  71.48 
 
 		 532 aa  768    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.482202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  71.67 
 
 		 533 aa  772    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3284  glucose-methanol-choline oxidoreductase  71.86 
 
 		 533 aa  771    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3286  glucose-methanol-choline oxidoreductase  77.52 
 
 		 529 aa  842    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3396  glucose-methanol-choline oxidoreductase  72.05 
 
 		 533 aa  775    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2998  GMC family oxidoreductase  68.17 
 
 		 563 aa  713    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0857  glucose-methanol-choline oxidoreductase  71.48 
 
 		 531 aa  771    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3596  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.41 
 
 		 531 aa  516  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5347  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.09 
 
 		 531 aa  514  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4222  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.3 
 
 		 541 aa  514  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.689308 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5172  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.11 
 
 		 532 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0343  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.3 
 
 		 532 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0548  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.83 
 
 		 539 aa  509  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4189  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.72 
 
 		 537 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0434  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.94 
 
 		 541 aa  508  9.999999999999999e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0350  GMC family oxidoreductase  49.53 
 
 		 539 aa  508  9.999999999999999e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5122  GMC family oxidoreductase  47.92 
 
 		 532 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3574  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.43 
 
 		 532 aa  503  1e-141  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.31369  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.54 
 
 		 532 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0458  putative oxidoreductase  49.53 
 
 		 530 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04780  oxidoreductase  49.62 
 
 		 531 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4522  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.04 
 
 		 520 aa  207  3e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464516  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0994  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.98 
 
 		 505 aa  195  2e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0279763  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4350  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.85 
 
 		 526 aa  193  8e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10500  oxidoreductase  30.82 
 
 		 629 aa  182  1e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.63635e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1347  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.49 
 
 		 666 aa  182  2e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0384946  normal  0.0925593 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5384  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.25 
 
 		 660 aa  179  9e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1198  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.37 
 
 		 506 aa  174  2.9999999999999996e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.016113  hitchhiker  0.00093802 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00623  long chain fatty alcohol oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G17110)  27.77 
 
 		 745 aa  174  3.9999999999999995e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.345433  normal  0.817488 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2097  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.63 
 
 		 470 aa  162  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00213522  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3053  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.42 
 
 		 648 aa  150  5e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.181626  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3885  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.62 
 
 		 657 aa  150  6e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0361695  normal  0.12202 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_90828  long chain fatty acid oxidase  24.95 
 
 		 699 aa  146  9e-34  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.654464 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48204  predicted protein  27.38 
 
 		 786 aa  140  3.9999999999999997e-32  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.59 
 
 		 515 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32359  long chain fatty acid oxidase  23.33 
 
 		 697 aa  135  1.9999999999999998e-30  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.550643  normal  0.383222 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2937  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.62 
 
 		 711 aa  131  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0446461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.18 
 
 		 526 aa  126  8.000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.3 
 
 		 547 aa  125  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  26.07 
 
 		 522 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.29 
 
 		 553 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.84 
 
 		 573 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.24 
 
 		 518 aa  115  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.79 
 
 		 522 aa  113  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.34 
 
 		 556 aa  111  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0294  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.03 
 
 		 666 aa  110  5e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.254174 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.67 
 
 		 573 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.97 
 
 		 548 aa  109  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.35 
 
 		 556 aa  108  2e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.83 
 
 		 526 aa  109  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.96 
 
 		 527 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.11 
 
 		 547 aa  108  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  26.48 
 
 		 547 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.58 
 
 		 556 aa  106  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2587  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.58 
 
 		 658 aa  105  2e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.28 
 
 		 531 aa  104  3e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6992  Choline dehydrogenase and related flavoprotein- like protein  23.57 
 
 		 551 aa  104  5e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175561  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.77 
 
 		 528 aa  103  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  25.48 
 
 		 523 aa  100  7e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.06 
 
 		 545 aa  100  8e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  27.46 
 
 		 563 aa  99.8  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  27.46 
 
 		 563 aa  99.8  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  27.09 
 
 		 563 aa  99  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  24.11 
 
 		 528 aa  97.8  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.16 
 
 		 548 aa  97.1  8e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.74 
 
 		 552 aa  97.1  8e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.93 
 
 		 522 aa  94.4  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.44 
 
 		 533 aa  93.6  9e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.45 
 
 		 527 aa  92.8  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0546  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.71 
 
 		 535 aa  91.3  4e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00344637 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.4 
 
 		 522 aa  90.1  8e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.51 
 
 		 522 aa  90.1  8e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.4 
 
 		 522 aa  90.1  8e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.23 
 
 		 523 aa  89  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  25.7 
 
 		 522 aa  87.8  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25 
 
 		 526 aa  85.5  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  23.91 
 
 		 528 aa  82.8  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.25 
 
 		 545 aa  83.2  0.00000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  27.3 
 
 		 549 aa  81.6  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2704  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.94 
 
 		 550 aa  81.6  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.051308  normal  0.893433 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.67 
 
 		 559 aa  80.9  0.00000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.17 
 
 		 533 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.17 
 
 		 533 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.19 
 
 		 522 aa  80.1  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.97 
 
 		 563 aa  80.1  0.00000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.17 
 
 		 533 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.48 
 
 		 525 aa  78.2  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.96 
 
 		 560 aa  77  0.0000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1077  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.52 
 
 		 504 aa  73.9  0.000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.785546  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  22.88 
 
 		 573 aa  72  0.00000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.86 
 
 		 566 aa  71.6  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>