More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5122 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  97.37 
 
 		 532 aa  1061    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5122  GMC family oxidoreductase  100 
 
 		 532 aa  1087    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0343  glucose-methanol-choline oxidoreductase  86.28 
 
 		 532 aa  945    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5347  glucose-methanol-choline oxidoreductase  73.48 
 
 		 531 aa  804    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4189  glucose-methanol-choline oxidoreductase  70.08 
 
 		 537 aa  771    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0458  putative oxidoreductase  70.45 
 
 		 530 aa  763    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5172  glucose-methanol-choline oxidoreductase  95.3 
 
 		 532 aa  1042    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04780  oxidoreductase  69.68 
 
 		 531 aa  759    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3596  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.9 
 
 		 531 aa  615  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3574  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.14 
 
 		 532 aa  599  1e-170  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.31369  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0350  GMC family oxidoreductase  54.61 
 
 		 539 aa  585  1.0000000000000001e-165  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4222  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.5 
 
 		 541 aa  572  1.0000000000000001e-162  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.689308 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0548  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.66 
 
 		 539 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0434  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.03 
 
 		 541 aa  551  1e-155  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0591  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.61 
 
 		 529 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.559544 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3120  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.04 
 
 		 555 aa  536  1e-151  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3503  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.13 
 
 		 531 aa  536  1e-151  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3482  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.57 
 
 		 531 aa  535  1e-151  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0857  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.76 
 
 		 531 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0880  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.57 
 
 		 531 aa  535  1e-151  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0892  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.38 
 
 		 531 aa  534  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0672  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.75 
 
 		 532 aa  533  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.482202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3863  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.28 
 
 		 531 aa  530  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0882  GMC family oxidoreductase  50.19 
 
 		 533 aa  531  1e-149  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.19 
 
 		 533 aa  529  1e-149  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3284  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.19 
 
 		 533 aa  529  1e-149  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3396  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50 
 
 		 533 aa  530  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3286  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.28 
 
 		 529 aa  525  1e-148  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2998  GMC family oxidoreductase  51.32 
 
 		 563 aa  514  1e-144  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3184  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.92 
 
 		 530 aa  484  1e-135  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275768  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4350  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.54 
 
 		 526 aa  212  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4522  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.18 
 
 		 520 aa  210  5e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464516  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1198  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.3 
 
 		 506 aa  187  5e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.016113  hitchhiker  0.00093802 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48204  predicted protein  30.61 
 
 		 786 aa  181  2e-44  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00623  long chain fatty alcohol oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G17110)  25.47 
 
 		 745 aa  179  1e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.345433  normal  0.817488 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0994  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.6 
 
 		 505 aa  177  6e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0279763  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5384  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.52 
 
 		 660 aa  170  6e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10500  oxidoreductase  29.33 
 
 		 629 aa  169  2e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.63635e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_90828  long chain fatty acid oxidase  24.24 
 
 		 699 aa  162  2e-38  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.654464 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32359  long chain fatty acid oxidase  23.72 
 
 		 697 aa  153  7e-36  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.550643  normal  0.383222 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3053  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.61 
 
 		 648 aa  151  3e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.181626  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1347  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.01 
 
 		 666 aa  143  8e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0384946  normal  0.0925593 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3885  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.63 
 
 		 657 aa  142  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0361695  normal  0.12202 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.68 
 
 		 527 aa  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.24 
 
 		 526 aa  137  7.000000000000001e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.91 
 
 		 573 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2937  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.4 
 
 		 711 aa  135  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0446461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.11 
 
 		 522 aa  135  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.06 
 
 		 515 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.72 
 
 		 553 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.75 
 
 		 548 aa  125  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  26.13 
 
 		 528 aa  125  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.14 
 
 		 522 aa  124  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.14 
 
 		 522 aa  124  5e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.13 
 
 		 528 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  26.18 
 
 		 522 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.47 
 
 		 556 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2097  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.09 
 
 		 470 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00213522  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.72 
 
 		 556 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.1 
 
 		 556 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.89 
 
 		 573 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2587  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.19 
 
 		 658 aa  118  1.9999999999999998e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.61 
 
 		 547 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.97 
 
 		 518 aa  118  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.28 
 
 		 526 aa  114  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.25 
 
 		 548 aa  113  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.82 
 
 		 522 aa  110  8.000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  27.02 
 
 		 563 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.86 
 
 		 547 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.73 
 
 		 522 aa  108  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  27.02 
 
 		 563 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  28.97 
 
 		 547 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  27.02 
 
 		 563 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0546  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.34 
 
 		 535 aa  108  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00344637 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  26.49 
 
 		 522 aa  107  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.77 
 
 		 523 aa  106  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.97 
 
 		 522 aa  104  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.95 
 
 		 534 aa  100  5e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  25.53 
 
 		 528 aa  100  5e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.13 
 
 		 552 aa  99.8  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.68 
 
 		 527 aa  99.8  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.42 
 
 		 526 aa  99.4  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.76 
 
 		 525 aa  92.4  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.6 
 
 		 531 aa  89.7  1e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  25 
 
 		 523 aa  87.4  6e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0294  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.29 
 
 		 666 aa  87  7e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.254174 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6992  Choline dehydrogenase and related flavoprotein- like protein  26.07 
 
 		 551 aa  87  8e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175561  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1771  GMC oxidoreductase  25.04 
 
 		 539 aa  83.2  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.65 
 
 		 545 aa  82.4  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.23 
 
 		 533 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.41 
 
 		 539 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.5 
 
 		 501 aa  77.8  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.05 
 
 		 533 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.05 
 
 		 533 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.28 
 
 		 550 aa  74.7  0.000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.13 
 
 		 539 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.58 
 
 		 561 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.13 
 
 		 539 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.2 
 
 		 755 aa  72.4  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.13 
 
 		 539 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>