More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4100 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_4100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 515 aa  1031    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0908626  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4076  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.27 
 
 		 516 aa  493  9.999999999999999e-139  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00359507  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0646  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.47 
 
 		 546 aa  283  6.000000000000001e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.98 
 
 		 518 aa  279  1e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  35.57 
 
 		 559 aa  279  1e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.06 
 
 		 529 aa  275  2.0000000000000002e-72  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.82 
 
 		 530 aa  271  2.9999999999999997e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  35.86 
 
 		 534 aa  269  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5121  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.48 
 
 		 530 aa  267  4e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.85 
 
 		 544 aa  266  5e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0443  choline dehydrogenase  35.39 
 
 		 568 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.300865  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4732  choline dehydrogenase  35.39 
 
 		 568 aa  263  6e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5244  choline dehydrogenase  34.85 
 
 		 567 aa  263  6e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80037  normal  0.0658003 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1515  choline dehydrogenase  36.13 
 
 		 555 aa  263  6e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.307618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2831  choline dehydrogenase  35.53 
 
 		 567 aa  263  6.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.121193  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2917  choline dehydrogenase  35.53 
 
 		 567 aa  263  6.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.80885  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06179  choline dehydrogenase  31.78 
 
 		 569 aa  263  8e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0373  choline dehydrogenase  34.92 
 
 		 562 aa  262  1e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.868243  normal  0.338212 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  35.86 
 
 		 553 aa  262  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.11 
 
 		 552 aa  262  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.91 
 
 		 549 aa  262  1e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6576  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.44 
 
 		 583 aa  262  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.298955 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1832  choline dehydrogenase  34.88 
 
 		 560 aa  261  2e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.287087  normal  0.448798 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3295  choline dehydrogenase  34.79 
 
 		 556 aa  261  3e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0326  choline dehydrogenase  34.79 
 
 		 556 aa  261  3e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0370  choline dehydrogenase  34.79 
 
 		 556 aa  261  3e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3312  choline dehydrogenase  34.79 
 
 		 556 aa  261  3e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2223  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.56 
 
 		 531 aa  260  5.0000000000000005e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.487572  normal  0.417914 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.42 
 
 		 539 aa  260  5.0000000000000005e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.96 
 
 		 535 aa  260  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00267  choline dehydrogenase  34.55 
 
 		 556 aa  259  6e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00270  hypothetical protein  34.55 
 
 		 556 aa  259  6e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1514  choline dehydrogenase  35.09 
 
 		 560 aa  259  7e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0264792  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5064  choline dehydrogenase  34.3 
 
 		 565 aa  259  9e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193049  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2554  choline dehydrogenase  34.91 
 
 		 559 aa  259  1e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0102453  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6155  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.87 
 
 		 559 aa  259  1e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2072  choline dehydrogenase  33.71 
 
 		 562 aa  258  1e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3164  choline dehydrogenase  36.18 
 
 		 551 aa  258  2e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0728  choline dehydrogenase  34.13 
 
 		 566 aa  258  2e-67  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.01 
 
 		 542 aa  257  3e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0342  choline dehydrogenase  34.55 
 
 		 562 aa  256  5e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  33.46 
 
 		 561 aa  256  5e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.37 
 
 		 551 aa  256  5e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37100  putative dehydrogenase  37.06 
 
 		 545 aa  256  7e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0203  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  35.69 
 
 		 559 aa  256  7e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.44 
 
 		 540 aa  256  7e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6157  choline dehydrogenase  34.76 
 
 		 561 aa  256  7e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.103614  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4937  choline dehydrogenase  34.12 
 
 		 565 aa  256  7e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4512  choline dehydrogenase  35.45 
 
 		 566 aa  256  7e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  32.79 
 
 		 550 aa  256  8e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.38 
 
 		 509 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121084 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.89 
 
 		 539 aa  255  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5037  choline dehydrogenase  35.45 
 
 		 566 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  32.97 
 
 		 562 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  33.02 
 
 		 574 aa  254  2.0000000000000002e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6668  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.43 
 
 		 576 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  34.26 
 
 		 541 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70940  choline dehydrogenase  34.58 
 
 		 561 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.512014 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  35.75 
 
 		 531 aa  255  2.0000000000000002e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0401  choline dehydrogenase  34.49 
 
 		 563 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.726855 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4716  choline dehydrogenase  36.35 
 
 		 561 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.959774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0530  choline dehydrogenase  36.28 
 
 		 570 aa  254  3e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1072  choline dehydrogenase  35.04 
 
 		 565 aa  254  4.0000000000000004e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00240234  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0377  choline dehydrogenase  35.04 
 
 		 565 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.119078  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1925  choline dehydrogenase  35.04 
 
 		 565 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0217321  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1837  choline dehydrogenase  35.04 
 
 		 565 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5115  choline dehydrogenase  33.94 
 
 		 565 aa  253  7e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0481  choline dehydrogenase  34.48 
 
 		 565 aa  253  7e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.2 
 
 		 541 aa  253  7e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  33.89 
 
 		 561 aa  253  7e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  33.89 
 
 		 561 aa  253  7e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  33.89 
 
 		 561 aa  253  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  33.89 
 
 		 561 aa  253  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.57 
 
 		 531 aa  253  8.000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  33.58 
 
 		 572 aa  253  8.000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.62 
 
 		 543 aa  253  8.000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3536  choline dehydrogenase  35.27 
 
 		 566 aa  252  1e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0874  choline dehydrogenase  33.21 
 
 		 565 aa  252  1e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.526772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  36.06 
 
 		 559 aa  252  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  32.97 
 
 		 560 aa  251  2e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.15 
 
 		 538 aa  251  2e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0914  choline dehydrogenase  34.85 
 
 		 565 aa  251  3e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.267909  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0179  choline dehydrogenase  34.85 
 
 		 565 aa  251  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8399  choline dehydrogenase  36.3 
 
 		 574 aa  251  3e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.553301  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  34.66 
 
 		 562 aa  251  3e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0468  choline dehydrogenase  34.85 
 
 		 565 aa  251  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1428  choline dehydrogenase  34.85 
 
 		 565 aa  251  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.783226  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5834  choline dehydrogenase  35.57 
 
 		 577 aa  250  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  33.15 
 
 		 549 aa  250  4e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2378  Choline dehydrogenase  35.69 
 
 		 551 aa  249  6e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.448643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4749  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  34.66 
 
 		 546 aa  249  7e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.769541  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000364  choline dehydrogenase  31.48 
 
 		 571 aa  249  7e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1504  putative choline dehydrogenase  34.34 
 
 		 591 aa  249  7e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228546  normal  0.0518765 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5100  choline dehydrogenase  35.27 
 
 		 566 aa  249  7e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3268  choline dehydrogenase  35.27 
 
 		 566 aa  249  7e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121076  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.12 
 
 		 536 aa  249  8e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5182  choline dehydrogenase  35.27 
 
 		 566 aa  249  9e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.222705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6326  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.69 
 
 		 554 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.72 
 
 		 537 aa  248  1e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.97 
 
 		 551 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>