More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2363 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 509 aa  1023    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121084 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3063  glucose-methanol-choline oxidoreductase  71.98 
 
 		 559 aa  710    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.924929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2161  choline dehydrogenase  72.15 
 
 		 588 aa  723    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37100  putative dehydrogenase  69.72 
 
 		 545 aa  689    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.91 
 
 		 536 aa  472  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4412  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.66 
 
 		 509 aa  336  5e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.673071  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.8 
 
 		 518 aa  301  2e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4076  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.64 
 
 		 516 aa  286  5e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00359507  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  37.31 
 
 		 556 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  38.58 
 
 		 553 aa  283  4.0000000000000003e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  37.29 
 
 		 561 aa  281  2e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  37.29 
 
 		 561 aa  281  2e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  37.29 
 
 		 561 aa  280  3e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  37.29 
 
 		 561 aa  280  3e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.39 
 
 		 529 aa  279  9e-74  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  37.34 
 
 		 541 aa  279  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  35.98 
 
 		 574 aa  278  1e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  38.19 
 
 		 561 aa  278  2e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  36.67 
 
 		 560 aa  276  9e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  37.08 
 
 		 565 aa  276  9e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  36.78 
 
 		 565 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3310  choline dehydrogenase  38.26 
 
 		 572 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.903723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  36.48 
 
 		 564 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  37.24 
 
 		 560 aa  274  3e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5834  choline dehydrogenase  36.98 
 
 		 577 aa  273  8.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  35.08 
 
 		 560 aa  273  8.000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2727  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.13 
 
 		 525 aa  272  1e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0412228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1072  choline dehydrogenase  37.92 
 
 		 565 aa  271  2e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00240234  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0481  choline dehydrogenase  38.16 
 
 		 565 aa  271  2e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2072  choline dehydrogenase  36.21 
 
 		 562 aa  270  2.9999999999999997e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5037  choline dehydrogenase  37.43 
 
 		 566 aa  270  4e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0553  choline dehydrogenase  38.11 
 
 		 566 aa  270  4e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.34 
 
 		 551 aa  270  7e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.96 
 
 		 534 aa  269  7e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  36.55 
 
 		 561 aa  269  1e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3536  choline dehydrogenase  37.43 
 
 		 566 aa  268  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1515  choline dehydrogenase  37.48 
 
 		 555 aa  268  2e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.307618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  36.55 
 
 		 552 aa  268  2e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0776  choline dehydrogenase  34.72 
 
 		 549 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0802775 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  36.93 
 
 		 572 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2554  choline dehydrogenase  36.91 
 
 		 559 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0102453  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1592  choline dehydrogenase  37.5 
 
 		 561 aa  267  4e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.860333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0377  choline dehydrogenase  37.24 
 
 		 565 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.119078  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1925  choline dehydrogenase  37.24 
 
 		 565 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0217321  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1837  choline dehydrogenase  37.24 
 
 		 565 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4512  choline dehydrogenase  37.05 
 
 		 566 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5182  choline dehydrogenase  37.43 
 
 		 566 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.222705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5100  choline dehydrogenase  37.43 
 
 		 566 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5058  choline dehydrogenase  37.43 
 
 		 561 aa  265  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0575159 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3268  choline dehydrogenase  37.43 
 
 		 566 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121076  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0326  choline dehydrogenase  36.7 
 
 		 556 aa  264  2e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0370  choline dehydrogenase  36.7 
 
 		 556 aa  264  2e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3295  choline dehydrogenase  36.7 
 
 		 556 aa  264  3e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0443  choline dehydrogenase  36.45 
 
 		 568 aa  264  3e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.300865  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3312  choline dehydrogenase  36.7 
 
 		 556 aa  264  3e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2917  choline dehydrogenase  36.09 
 
 		 567 aa  264  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.80885  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2831  choline dehydrogenase  36.09 
 
 		 567 aa  264  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.121193  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4732  choline dehydrogenase  36.45 
 
 		 568 aa  263  4e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0401  choline dehydrogenase  37.29 
 
 		 563 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.726855 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0914  choline dehydrogenase  37.05 
 
 		 565 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.267909  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0889  choline dehydrogenase  34.54 
 
 		 549 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0179  choline dehydrogenase  37.05 
 
 		 565 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  35.39 
 
 		 550 aa  263  4.999999999999999e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1428  choline dehydrogenase  37.05 
 
 		 565 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.783226  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0468  choline dehydrogenase  37.05 
 
 		 565 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00267  choline dehydrogenase  36.7 
 
 		 556 aa  263  6e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00270  hypothetical protein  36.7 
 
 		 556 aa  263  6e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.15 
 
 		 551 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70940  choline dehydrogenase  36.91 
 
 		 561 aa  262  8.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.512014 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.67 
 
 		 530 aa  262  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5064  choline dehydrogenase  36.96 
 
 		 565 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5244  choline dehydrogenase  37.03 
 
 		 567 aa  261  2e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80037  normal  0.0658003 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4937  choline dehydrogenase  37.52 
 
 		 565 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3744  choline dehydrogenase  36.21 
 
 		 554 aa  260  4e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0339169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06179  choline dehydrogenase  34.28 
 
 		 569 aa  260  4e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6157  choline dehydrogenase  36.72 
 
 		 561 aa  260  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.103614  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0646  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.94 
 
 		 546 aa  259  6e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.75 
 
 		 551 aa  259  6e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0373  choline dehydrogenase  36.14 
 
 		 562 aa  259  6e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.868243  normal  0.338212 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1144  choline dehydrogenase  35.88 
 
 		 551 aa  259  6e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  36.84 
 
 		 552 aa  258  1e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1832  choline dehydrogenase  36.67 
 
 		 560 aa  259  1e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.287087  normal  0.448798 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3226  choline dehydrogenase  37.52 
 
 		 556 aa  258  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.191345 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1492  choline dehydrogenase  35.23 
 
 		 556 aa  258  2e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5115  choline dehydrogenase  37.15 
 
 		 565 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.77 
 
 		 541 aa  258  2e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0342  choline dehydrogenase  36.33 
 
 		 562 aa  258  2e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0530  choline dehydrogenase  36.72 
 
 		 570 aa  257  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  35.23 
 
 		 549 aa  257  4e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3637  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.48 
 
 		 576 aa  256  5e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.67419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  36.86 
 
 		 553 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.27 
 
 		 535 aa  256  6e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.33 
 
 		 538 aa  256  6e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3313  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.23 
 
 		 576 aa  256  6e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  34.6 
 
 		 562 aa  256  7e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8399  choline dehydrogenase  37.05 
 
 		 574 aa  256  7e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.553301  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.69 
 
 		 539 aa  256  9e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.15 
 
 		 534 aa  256  9e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0562  choline dehydrogenase  34.22 
 
 		 549 aa  255  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.55111 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.38 
 
 		 515 aa  255  1.0000000000000001e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0908626  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>