More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_4412 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_4412  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 509 aa  1024    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.673071  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37100  putative dehydrogenase  42.57 
 
 		 545 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.66 
 
 		 509 aa  353  5e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121084 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2161  choline dehydrogenase  41.57 
 
 		 588 aa  353  5e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.35 
 
 		 536 aa  342  1e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3063  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.57 
 
 		 559 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.924929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4076  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.03 
 
 		 516 aa  237  4e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00359507  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.03 
 
 		 531 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691807  normal  0.0210476 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.7 
 
 		 515 aa  221  1.9999999999999999e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0908626  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  29.68 
 
 		 550 aa  221  1.9999999999999999e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.79 
 
 		 518 aa  219  1e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4030  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.66 
 
 		 534 aa  217  2.9999999999999998e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0728  choline dehydrogenase  31.82 
 
 		 566 aa  214  3.9999999999999995e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000364  choline dehydrogenase  30.53 
 
 		 571 aa  212  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  32.9 
 
 		 560 aa  211  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0877  choline dehydrogenase  33.02 
 
 		 545 aa  210  4e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.988222  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.58 
 
 		 539 aa  210  6e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1592  choline dehydrogenase  32.9 
 
 		 561 aa  209  6e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.860333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  31.47 
 
 		 560 aa  209  7e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  32.97 
 
 		 541 aa  209  8e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2042  L-sorbose dehydrogenase, FAD dependent, putative  32.26 
 
 		 544 aa  209  1e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0700873  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2831  choline dehydrogenase  31.68 
 
 		 567 aa  209  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.121193  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3136  choline dehydrogenase  32.69 
 
 		 531 aa  208  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2917  choline dehydrogenase  31.68 
 
 		 567 aa  209  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.80885  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2554  choline dehydrogenase  31.97 
 
 		 559 aa  207  3e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0102453  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06179  choline dehydrogenase  30.43 
 
 		 569 aa  207  3e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5037  choline dehydrogenase  32.15 
 
 		 566 aa  207  5e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3536  choline dehydrogenase  32.15 
 
 		 566 aa  207  5e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  32.47 
 
 		 534 aa  206  6e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5058  choline dehydrogenase  32.71 
 
 		 561 aa  206  6e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0575159 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.29 
 
 		 549 aa  206  6e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0874  choline dehydrogenase  31.52 
 
 		 565 aa  206  6e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.526772  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0646  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.39 
 
 		 546 aa  206  7e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3313  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.55 
 
 		 576 aa  205  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0326  choline dehydrogenase  31.56 
 
 		 556 aa  205  2e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3637  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.55 
 
 		 576 aa  205  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.67419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0370  choline dehydrogenase  31.56 
 
 		 556 aa  205  2e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0481  choline dehydrogenase  32.28 
 
 		 565 aa  205  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00267  choline dehydrogenase  31.56 
 
 		 556 aa  204  3e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0373  choline dehydrogenase  31.56 
 
 		 562 aa  204  3e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.868243  normal  0.338212 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1514  choline dehydrogenase  31.23 
 
 		 560 aa  204  3e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0264792  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00270  hypothetical protein  31.56 
 
 		 556 aa  204  3e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6705  choline dehydrogenase  33.78 
 
 		 516 aa  204  4e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425945 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0553  choline dehydrogenase  32.15 
 
 		 566 aa  204  4e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  31.18 
 
 		 565 aa  204  4e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4512  choline dehydrogenase  32.03 
 
 		 566 aa  203  5e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3358  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.54 
 
 		 550 aa  203  6e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0342  choline dehydrogenase  31.42 
 
 		 562 aa  203  6e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3295  choline dehydrogenase  31.38 
 
 		 556 aa  203  7e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6326  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.97 
 
 		 554 aa  203  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3312  choline dehydrogenase  31.38 
 
 		 556 aa  203  7e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0377  choline dehydrogenase  31.78 
 
 		 565 aa  202  8e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.119078  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1837  choline dehydrogenase  31.78 
 
 		 565 aa  202  8e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1925  choline dehydrogenase  31.78 
 
 		 565 aa  202  8e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0217321  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4937  choline dehydrogenase  31.54 
 
 		 565 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5064  choline dehydrogenase  31.73 
 
 		 565 aa  202  9e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193049  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  30.22 
 
 		 549 aa  202  9e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2180  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.74 
 
 		 577 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.02 
 
 		 534 aa  202  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1072  choline dehydrogenase  31.42 
 
 		 565 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00240234  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.21 
 
 		 531 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0554  choline dehydrogenase  30.22 
 
 		 549 aa  202  1.9999999999999998e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0123  putative alcohol dehydrogenase oxidoreductase protein  32.38 
 
 		 574 aa  201  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5182  choline dehydrogenase  31.96 
 
 		 566 aa  201  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.222705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5100  choline dehydrogenase  31.96 
 
 		 566 aa  201  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3268  choline dehydrogenase  31.96 
 
 		 566 aa  201  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121076  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.48 
 
 		 538 aa  201  3e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  30.53 
 
 		 565 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  30.54 
 
 		 539 aa  200  3.9999999999999996e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  30.88 
 
 		 564 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3164  choline dehydrogenase  32.26 
 
 		 551 aa  200  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  29.76 
 
 		 574 aa  201  3.9999999999999996e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5115  choline dehydrogenase  31.85 
 
 		 565 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0401  choline dehydrogenase  31.05 
 
 		 563 aa  200  6e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.726855 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  29.81 
 
 		 549 aa  200  6e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0914  choline dehydrogenase  31.59 
 
 		 565 aa  199  7e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.267909  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0468  choline dehydrogenase  31.59 
 
 		 565 aa  199  7e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1428  choline dehydrogenase  31.59 
 
 		 565 aa  199  7e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.783226  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0179  choline dehydrogenase  31.59 
 
 		 565 aa  199  7e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  31.47 
 
 		 572 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4459  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.74 
 
 		 560 aa  199  9e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0573714  hitchhiker  0.00237498 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8399  choline dehydrogenase  32.16 
 
 		 574 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.553301  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2378  Choline dehydrogenase  32.59 
 
 		 551 aa  199  1.0000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.448643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.64 
 
 		 531 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  30.68 
 
 		 561 aa  198  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  31.42 
 
 		 556 aa  197  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3310  choline dehydrogenase  31.59 
 
 		 572 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.903723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5244  choline dehydrogenase  31.24 
 
 		 567 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80037  normal  0.0658003 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3910  Choline dehydrogenase  33.58 
 
 		 531 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1515  choline dehydrogenase  31.11 
 
 		 555 aa  197  4.0000000000000005e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.307618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.58 
 
 		 529 aa  197  4.0000000000000005e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  32.32 
 
 		 557 aa  197  5.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70940  choline dehydrogenase  31.6 
 
 		 561 aa  196  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.512014 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.6 
 
 		 578 aa  196  7e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1543  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.58 
 
 		 530 aa  196  7e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6157  choline dehydrogenase  31.41 
 
 		 561 aa  196  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.103614  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.29 
 
 		 542 aa  196  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  31.55 
 
 		 561 aa  196  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3929  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.95 
 
 		 528 aa  195  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  31.73 
 
 		 561 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>