More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6705 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6705  choline dehydrogenase  100 
 
 		 516 aa  1037    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425945 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4242  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.56 
 
 		 549 aa  270  5.9999999999999995e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.252805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3063  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.92 
 
 		 559 aa  267  4e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.924929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2161  choline dehydrogenase  38.46 
 
 		 588 aa  266  5e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37100  putative dehydrogenase  38.61 
 
 		 545 aa  266  7e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4076  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.76 
 
 		 516 aa  261  2e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00359507  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.99 
 
 		 541 aa  255  1.0000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1311  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.69 
 
 		 570 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.139852 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.58 
 
 		 544 aa  253  6e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3136  choline dehydrogenase  34.91 
 
 		 531 aa  251  2e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6155  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.34 
 
 		 559 aa  251  3e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0530  choline dehydrogenase  37.5 
 
 		 570 aa  249  9e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6576  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.63 
 
 		 583 aa  249  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.298955 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.29 
 
 		 515 aa  248  2e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0908626  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2180  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.74 
 
 		 577 aa  247  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2378  Choline dehydrogenase  36.4 
 
 		 551 aa  248  3e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.448643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.45 
 
 		 509 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121084 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2727  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.02 
 
 		 525 aa  244  1.9999999999999999e-63  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0412228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  34.07 
 
 		 550 aa  244  3e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6668  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.39 
 
 		 576 aa  243  6e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1072  choline dehydrogenase  35.92 
 
 		 565 aa  243  6e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00240234  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4512  choline dehydrogenase  35.2 
 
 		 566 aa  243  6e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5100  choline dehydrogenase  35.5 
 
 		 566 aa  243  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4733  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.52 
 
 		 568 aa  243  7.999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3268  choline dehydrogenase  35.5 
 
 		 566 aa  243  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121076  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5037  choline dehydrogenase  35.2 
 
 		 566 aa  243  7.999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4787  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.25 
 
 		 573 aa  241  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.824401  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0075  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.89 
 
 		 548 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0217236  hitchhiker  0.000000000166725 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0553  choline dehydrogenase  35.38 
 
 		 566 aa  241  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5182  choline dehydrogenase  35.38 
 
 		 566 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.222705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  34.72 
 
 		 553 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3808  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.77 
 
 		 547 aa  240  4e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.605068  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.29 
 
 		 534 aa  240  5e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.36 
 
 		 546 aa  239  6.999999999999999e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.32 
 
 		 529 aa  238  1e-61  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3358  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.37 
 
 		 550 aa  239  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3929  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.17 
 
 		 528 aa  239  1e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1504  putative choline dehydrogenase  33.04 
 
 		 591 aa  239  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228546  normal  0.0518765 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3536  choline dehydrogenase  35.2 
 
 		 566 aa  239  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6980  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.79 
 
 		 556 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0315325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  34.24 
 
 		 534 aa  238  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1035  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.15 
 
 		 609 aa  238  2e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.77377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0377  choline dehydrogenase  35.62 
 
 		 565 aa  238  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.119078  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.76 
 
 		 539 aa  237  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.52 
 
 		 536 aa  237  4e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0481  choline dehydrogenase  35.66 
 
 		 565 aa  236  6e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.1 
 
 		 548 aa  236  6e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000289824 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1925  choline dehydrogenase  35.44 
 
 		 565 aa  236  7e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0217321  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0331  GMC oxidoreductase  35.2 
 
 		 557 aa  236  7e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.35 
 
 		 531 aa  236  7e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1837  choline dehydrogenase  35.44 
 
 		 565 aa  236  7e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.45 
 
 		 564 aa  236  8e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.833385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.7 
 
 		 548 aa  236  8e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010293  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.73 
 
 		 534 aa  236  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7484  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.46 
 
 		 540 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.13 
 
 		 530 aa  235  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2042  L-sorbose dehydrogenase, FAD dependent, putative  34.77 
 
 		 544 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0700873  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0468  choline dehydrogenase  35.44 
 
 		 565 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0914  choline dehydrogenase  35.44 
 
 		 565 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.267909  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0179  choline dehydrogenase  35.44 
 
 		 565 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1428  choline dehydrogenase  35.44 
 
 		 565 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.783226  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.21 
 
 		 518 aa  234  3e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0646  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.53 
 
 		 546 aa  234  3e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1487  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.45 
 
 		 551 aa  234  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.354481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6322  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.37 
 
 		 556 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.942942 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1507  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.43 
 
 		 548 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.23617  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.42 
 
 		 538 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8399  choline dehydrogenase  36.45 
 
 		 574 aa  233  5e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.553301  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1949  GMC family oxidoreductase  33.75 
 
 		 550 aa  233  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0586145  unclonable  0.000000512241 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0877  choline dehydrogenase  34.95 
 
 		 545 aa  233  8.000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.988222  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0123  putative alcohol dehydrogenase oxidoreductase protein  33.87 
 
 		 574 aa  233  9e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0056  GMC family oxidoreductase  34.53 
 
 		 550 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000620913 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1098  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.39 
 
 		 529 aa  232  1e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3164  choline dehydrogenase  33.57 
 
 		 551 aa  232  1e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2831  choline dehydrogenase  35.56 
 
 		 567 aa  231  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.121193  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2917  choline dehydrogenase  35.56 
 
 		 567 aa  231  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.80885  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6848  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.7 
 
 		 556 aa  231  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.90225 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1169  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.9 
 
 		 544 aa  231  4e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1592  choline dehydrogenase  34.3 
 
 		 561 aa  229  8e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.860333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6326  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.82 
 
 		 554 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.76 
 
 		 535 aa  229  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  35.57 
 
 		 531 aa  229  1e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0317  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.84 
 
 		 511 aa  228  2e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.4 
 
 		 542 aa  228  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0874  choline dehydrogenase  33.88 
 
 		 565 aa  228  2e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.526772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1383  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.91 
 
 		 551 aa  228  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00471975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2331  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37 
 
 		 528 aa  227  3e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.745478 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.03 
 
 		 539 aa  227  4e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.88 
 
 		 543 aa  227  4e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3310  choline dehydrogenase  35.5 
 
 		 572 aa  227  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.903723  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2554  choline dehydrogenase  34.23 
 
 		 559 aa  227  5.0000000000000005e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0102453  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1031  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.85 
 
 		 539 aa  226  6e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5058  choline dehydrogenase  33.94 
 
 		 561 aa  226  6e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0575159 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.39 
 
 		 531 aa  226  8e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1515  choline dehydrogenase  34.95 
 
 		 555 aa  226  9e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.307618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3762  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.19 
 
 		 552 aa  226  9e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00267  choline dehydrogenase  33.69 
 
 		 556 aa  225  1e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00270  hypothetical protein  33.69 
 
 		 556 aa  225  1e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.75 
 
 		 542 aa  225  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5514  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.75 
 
 		 537 aa  224  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>