More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3808 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_3808  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 547 aa  1122    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.605068  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4459  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.66 
 
 		 542 aa  631  1e-179  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.084448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.25 
 
 		 545 aa  590  1e-167  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  40.56 
 
 		 550 aa  377  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1635  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.82 
 
 		 534 aa  377  1e-103  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643208  normal  0.915824 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.85 
 
 		 538 aa  375  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.38 
 
 		 539 aa  366  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.15 
 
 		 543 aa  369  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  42.86 
 
 		 559 aa  363  4e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.72 
 
 		 546 aa  363  5.0000000000000005e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.65 
 
 		 530 aa  363  6e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0562  choline dehydrogenase  39.93 
 
 		 549 aa  359  6e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.55111 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.67 
 
 		 537 aa  359  7e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  40.36 
 
 		 557 aa  359  8e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.59 
 
 		 541 aa  357  2.9999999999999997e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.5 
 
 		 541 aa  357  2.9999999999999997e-97  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.07 
 
 		 529 aa  357  3.9999999999999996e-97  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.85 
 
 		 537 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1896  choline dehydrogenase  40.08 
 
 		 550 aa  354  2e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.338897 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.3 
 
 		 544 aa  354  2e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.3 
 
 		 555 aa  353  5e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.81 
 
 		 546 aa  353  5.9999999999999994e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1882  choline dehydrogenase  40.52 
 
 		 551 aa  353  5.9999999999999994e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  41.46 
 
 		 541 aa  352  8e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.78 
 
 		 546 aa  350  5e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.296115 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0331  GMC oxidoreductase  40.11 
 
 		 557 aa  349  6e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0889  choline dehydrogenase  38.63 
 
 		 549 aa  348  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.45 
 
 		 563 aa  348  1e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  38.82 
 
 		 561 aa  348  1e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0203  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  40.58 
 
 		 559 aa  347  2e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2513  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.35 
 
 		 571 aa  348  2e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0138495  normal  0.356512 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.41 
 
 		 535 aa  348  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.33 
 
 		 532 aa  347  5e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6980  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.45 
 
 		 556 aa  346  5e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0315325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.9 
 
 		 540 aa  347  5e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.26 
 
 		 549 aa  346  6e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  38.43 
 
 		 549 aa  346  7e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3136  choline dehydrogenase  39.14 
 
 		 531 aa  345  1e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.07 
 
 		 518 aa  345  1e-93  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0554  choline dehydrogenase  38.43 
 
 		 549 aa  345  1e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0776  choline dehydrogenase  38.08 
 
 		 549 aa  345  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0802775 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  40.15 
 
 		 534 aa  344  2.9999999999999997e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6322  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.08 
 
 		 556 aa  343  4e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.942942 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3164  choline dehydrogenase  40.07 
 
 		 551 aa  343  5e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  38.59 
 
 		 574 aa  343  5.999999999999999e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4749  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  40.5 
 
 		 546 aa  341  2e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.769541  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.08 
 
 		 531 aa  341  2e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.75 
 
 		 542 aa  340  2.9999999999999998e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0194  GMC family oxidoreductase  40.11 
 
 		 548 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.94 
 
 		 531 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  37.75 
 
 		 560 aa  340  4e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.82 
 
 		 569 aa  340  4e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  37.75 
 
 		 560 aa  340  5e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2716  putative GMC oxidoreductase  41.08 
 
 		 562 aa  339  7e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  37.87 
 
 		 549 aa  339  9e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.4 
 
 		 542 aa  338  9.999999999999999e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4708  Choline dehydrogenase  37.01 
 
 		 513 aa  338  9.999999999999999e-92  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4459  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.64 
 
 		 560 aa  338  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0573714  hitchhiker  0.00237498 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3762  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.56 
 
 		 552 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1507  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39 
 
 		 548 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.23617  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  37.64 
 
 		 559 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4183  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.81 
 
 		 557 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000160741 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1144  choline dehydrogenase  37.8 
 
 		 551 aa  337  2.9999999999999997e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2310  choline dehydrogenase  39.48 
 
 		 548 aa  337  3.9999999999999995e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5414  choline dehydrogenase, a flavoprotein  40.74 
 
 		 534 aa  337  5e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.269281 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0557  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.24 
 
 		 535 aa  337  5e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3292  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.92 
 
 		 533 aa  336  5.999999999999999e-91  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4024  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.92 
 
 		 533 aa  336  5.999999999999999e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  36.55 
 
 		 562 aa  336  5.999999999999999e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0877  choline dehydrogenase  39.52 
 
 		 545 aa  336  7e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.988222  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2184  choline dehydrogenase  39.33 
 
 		 548 aa  336  7e-91  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.82 
 
 		 569 aa  336  7e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  37.96 
 
 		 561 aa  335  9e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6848  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.15 
 
 		 556 aa  335  9e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.90225 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0856  choline dehydrogenase  39.33 
 
 		 548 aa  335  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1543  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.44 
 
 		 530 aa  335  1e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  37.82 
 
 		 559 aa  335  1e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0884  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40 
 
 		 553 aa  334  2e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.275807  normal  0.461656 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0174  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.93 
 
 		 552 aa  334  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6373  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  38.92 
 
 		 540 aa  332  9e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1383  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.14 
 
 		 551 aa  332  9e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00471975  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  36.13 
 
 		 539 aa  332  1e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3138  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.48 
 
 		 532 aa  331  2e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1487  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.76 
 
 		 551 aa  331  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.354481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5337  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.46 
 
 		 600 aa  331  2e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.231686 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3910  Choline dehydrogenase  40.41 
 
 		 531 aa  330  3e-89  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  39.19 
 
 		 570 aa  330  3e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1258  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.7 
 
 		 571 aa  330  3e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.564674  decreased coverage  0.00861873 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3637  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.82 
 
 		 576 aa  330  4e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.67419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3919  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.82 
 
 		 572 aa  330  4e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.326511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  37.82 
 
 		 562 aa  330  4e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3067  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40 
 
 		 546 aa  330  5.0000000000000004e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.766547 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1582  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.63 
 
 		 533 aa  330  5.0000000000000004e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  37.29 
 
 		 561 aa  329  6e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  37.29 
 
 		 561 aa  329  6e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  37.29 
 
 		 561 aa  329  7e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  37.29 
 
 		 561 aa  329  7e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3601  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.64 
 
 		 572 aa  329  9e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2378  Choline dehydrogenase  39.25 
 
 		 551 aa  328  1.0000000000000001e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.448643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.15 
 
 		 534 aa  329  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.917916  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>