More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_4459 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_4459  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 542 aa  1096    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.084448  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3808  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.66 
 
 		 547 aa  639    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.605068  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.77 
 
 		 545 aa  615  1e-175  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.19 
 
 		 546 aa  364  2e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.85 
 
 		 543 aa  364  3e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  42.39 
 
 		 557 aa  363  5.0000000000000005e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0203  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  42.81 
 
 		 559 aa  362  7.0000000000000005e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.44 
 
 		 538 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1035  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.68 
 
 		 609 aa  355  1e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.77377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.7 
 
 		 537 aa  352  1e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  39.53 
 
 		 559 aa  351  2e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.37 
 
 		 541 aa  350  3e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0174  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.14 
 
 		 552 aa  349  7e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.49 
 
 		 518 aa  349  8e-95  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3762  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.74 
 
 		 552 aa  348  2e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.1 
 
 		 542 aa  346  5e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.09 
 
 		 541 aa  346  6e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.85 
 
 		 542 aa  345  1e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3826  glucose-methanol-choline oxidoreductase:Beta-lactamase-like:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  40.97 
 
 		 1290 aa  345  1e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3164  choline dehydrogenase  41.51 
 
 		 551 aa  345  1e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4867  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.81 
 
 		 560 aa  344  2e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.348286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.81 
 
 		 529 aa  343  2.9999999999999997e-93  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  40.22 
 
 		 550 aa  343  4e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.51 
 
 		 537 aa  343  4e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0159  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.58 
 
 		 560 aa  343  4e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1882  choline dehydrogenase  39.64 
 
 		 551 aa  342  9e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2716  putative GMC oxidoreductase  42.01 
 
 		 562 aa  342  1e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  39.71 
 
 		 562 aa  341  2e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1896  choline dehydrogenase  41.11 
 
 		 550 aa  337  1.9999999999999998e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.338897 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4183  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.56 
 
 		 557 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000160741 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1492  choline dehydrogenase  40.07 
 
 		 556 aa  336  7e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  39.82 
 
 		 570 aa  335  1e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0278  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase family protein  39.59 
 
 		 556 aa  333  4e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914416  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.3 
 
 		 530 aa  333  4e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1169  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.33 
 
 		 544 aa  333  4e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0062  GMC oxidoreductase  39.59 
 
 		 556 aa  333  4e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0061  GMC oxidoreductase  39.59 
 
 		 556 aa  333  4e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0054  GMC oxidoreductase  39.3 
 
 		 556 aa  333  5e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810146  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0562  choline dehydrogenase  38.97 
 
 		 549 aa  333  6e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.55111 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.57 
 
 		 544 aa  333  7.000000000000001e-90  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3136  choline dehydrogenase  38.18 
 
 		 531 aa  332  7.000000000000001e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6326  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.53 
 
 		 554 aa  332  8e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.17 
 
 		 539 aa  332  1e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2310  choline dehydrogenase  40.52 
 
 		 548 aa  332  1e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  40.26 
 
 		 559 aa  332  1e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4749  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  39.46 
 
 		 546 aa  331  2e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.769541  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  39.29 
 
 		 559 aa  330  3e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0776  choline dehydrogenase  37.75 
 
 		 549 aa  330  3e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0802775 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2378  Choline dehydrogenase  40.7 
 
 		 551 aa  331  3e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.448643  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  36 
 
 		 539 aa  330  4e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2719  GMC oxidoreductase  39.59 
 
 		 549 aa  330  4e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.972032  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2659  GMC oxidoreductase  39.59 
 
 		 549 aa  330  4e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2184  choline dehydrogenase  40.52 
 
 		 548 aa  330  4e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3313  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.04 
 
 		 576 aa  330  4e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3294  GMC oxidoreductase  39.59 
 
 		 549 aa  330  4e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.38455  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1833  GMC oxidoreductase  39.59 
 
 		 549 aa  330  4e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0317  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.48 
 
 		 511 aa  330  4e-89  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0877  choline dehydrogenase  38.9 
 
 		 545 aa  329  8e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.988222  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  40.97 
 
 		 531 aa  329  9e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1383  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.04 
 
 		 551 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00471975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0856  choline dehydrogenase  40.15 
 
 		 548 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.97 
 
 		 531 aa  328  1.0000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.67 
 
 		 536 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  38.22 
 
 		 561 aa  328  2.0000000000000001e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0889  choline dehydrogenase  37.68 
 
 		 549 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40 
 
 		 563 aa  327  3e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3637  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.5 
 
 		 576 aa  327  3e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.67419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1487  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.23 
 
 		 551 aa  327  3e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.354481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4708  Choline dehydrogenase  38.73 
 
 		 513 aa  327  4.0000000000000003e-88  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3910  Choline dehydrogenase  41.57 
 
 		 531 aa  327  4.0000000000000003e-88  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1635  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.79 
 
 		 534 aa  326  5e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643208  normal  0.915824 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.66 
 
 		 569 aa  326  6e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.96 
 
 		 546 aa  326  7e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.7 
 
 		 569 aa  325  1e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  37.94 
 
 		 561 aa  324  2e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  36.59 
 
 		 574 aa  325  2e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1846  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.69 
 
 		 547 aa  325  2e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_004310  BR2042  L-sorbose dehydrogenase, FAD dependent, putative  38.31 
 
 		 544 aa  324  3e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0700873  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.71 
 
 		 546 aa  324  3e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.296115 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.07 
 
 		 532 aa  324  3e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6373  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  38.8 
 
 		 540 aa  323  5e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0331  GMC oxidoreductase  39.23 
 
 		 557 aa  323  5e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06179  choline dehydrogenase  36.71 
 
 		 569 aa  323  5e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0194  GMC family oxidoreductase  39.82 
 
 		 548 aa  323  7e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  37.98 
 
 		 572 aa  323  7e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1614  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  38.32 
 
 		 547 aa  322  9.999999999999999e-87  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3929  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.99 
 
 		 528 aa  322  9.999999999999999e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.95 
 
 		 555 aa  322  9.999999999999999e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1044  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.01 
 
 		 555 aa  322  9.999999999999999e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0884  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.45 
 
 		 553 aa  321  1.9999999999999998e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.275807  normal  0.461656 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  37.78 
 
 		 541 aa  320  3e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0123  putative alcohol dehydrogenase oxidoreductase protein  39.26 
 
 		 574 aa  320  3.9999999999999996e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  37.5 
 
 		 564 aa  320  5e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6820  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.27 
 
 		 602 aa  320  5e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  37.09 
 
 		 562 aa  320  6e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  36.15 
 
 		 552 aa  320  6e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  37.32 
 
 		 561 aa  319  7e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  37.32 
 
 		 561 aa  319  7e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  37.32 
 
 		 561 aa  319  7e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  37.43 
 
 		 556 aa  319  7e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>