More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4076 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_4076  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 516 aa  1011    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00359507  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.27 
 
 		 515 aa  493  9.999999999999999e-139  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0908626  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.64 
 
 		 509 aa  286  5e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121084 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.59 
 
 		 518 aa  267  2.9999999999999995e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0646  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.76 
 
 		 546 aa  266  5.999999999999999e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2161  choline dehydrogenase  36.52 
 
 		 588 aa  265  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4747  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.59 
 
 		 527 aa  262  1e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.494659  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3063  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.5 
 
 		 559 aa  261  3e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.924929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.55 
 
 		 530 aa  260  4e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  33.21 
 
 		 550 aa  258  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.51 
 
 		 543 aa  258  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6576  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.82 
 
 		 583 aa  257  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.298955 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  34.46 
 
 		 541 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.96 
 
 		 539 aa  255  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06179  choline dehydrogenase  32.78 
 
 		 569 aa  254  3e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4242  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.05 
 
 		 549 aa  254  4.0000000000000004e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.252805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  33.09 
 
 		 559 aa  253  7e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1311  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.41 
 
 		 570 aa  251  2e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.139852 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3164  choline dehydrogenase  35.25 
 
 		 551 aa  251  2e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0877  choline dehydrogenase  35.79 
 
 		 545 aa  251  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.988222  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000364  choline dehydrogenase  32.03 
 
 		 571 aa  251  3e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4733  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.82 
 
 		 568 aa  250  4e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.84 
 
 		 538 aa  250  5e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37100  putative dehydrogenase  36.88 
 
 		 545 aa  249  8e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.65 
 
 		 540 aa  248  2e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  33.15 
 
 		 534 aa  248  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4867  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.08 
 
 		 560 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.348286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3358  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.67 
 
 		 550 aa  246  6.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  35.79 
 
 		 553 aa  245  9.999999999999999e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6326  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.28 
 
 		 554 aa  244  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  35.5 
 
 		 531 aa  243  5e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.3 
 
 		 536 aa  243  7e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6705  choline dehydrogenase  37.76 
 
 		 516 aa  243  7e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425945 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6373  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  33.39 
 
 		 540 aa  243  7.999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.94 
 
 		 535 aa  243  9e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.03 
 
 		 544 aa  242  1e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.07 
 
 		 569 aa  242  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  30.57 
 
 		 560 aa  241  2e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.32 
 
 		 531 aa  241  2.9999999999999997e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.15 
 
 		 551 aa  240  5e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.41 
 
 		 536 aa  240  5e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.76 
 
 		 529 aa  240  5e-62  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  32.96 
 
 		 574 aa  239  5.999999999999999e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6155  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.82 
 
 		 559 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.71 
 
 		 551 aa  239  8e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_004310  BR2042  L-sorbose dehydrogenase, FAD dependent, putative  33.95 
 
 		 544 aa  239  9e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0700873  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6820  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.97 
 
 		 602 aa  239  9e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1383  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.57 
 
 		 551 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00471975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.45 
 
 		 569 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  33.15 
 
 		 561 aa  238  2e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  33.15 
 
 		 549 aa  238  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6668  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.4 
 
 		 576 aa  237  4e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1258  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.72 
 
 		 571 aa  237  4e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.564674  decreased coverage  0.00861873 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  32.34 
 
 		 560 aa  237  5.0000000000000005e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1098  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.72 
 
 		 529 aa  237  5.0000000000000005e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3637  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.02 
 
 		 576 aa  236  6e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.67419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3579  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.62 
 
 		 539 aa  236  8e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000745521  normal  0.65455 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1504  putative choline dehydrogenase  32.93 
 
 		 591 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228546  normal  0.0518765 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4277  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.98 
 
 		 553 aa  236  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.968608 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.33 
 
 		 541 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0530  choline dehydrogenase  35.54 
 
 		 570 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0554  choline dehydrogenase  32.08 
 
 		 549 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.66 
 
 		 549 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2180  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.22 
 
 		 577 aa  234  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  33.64 
 
 		 562 aa  234  3e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.58 
 
 		 548 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010293  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.77 
 
 		 537 aa  234  3e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3313  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.84 
 
 		 576 aa  233  5e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0056  GMC family oxidoreductase  33.58 
 
 		 550 aa  233  6e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000620913 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.64 
 
 		 537 aa  233  6e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2223  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.15 
 
 		 531 aa  233  7.000000000000001e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.487572  normal  0.417914 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2458  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.52 
 
 		 554 aa  233  7.000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.144677  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.73 
 
 		 555 aa  233  9e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  31.78 
 
 		 549 aa  233  9e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.96 
 
 		 534 aa  233  9e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.67 
 
 		 556 aa  232  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4518  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.49 
 
 		 550 aa  231  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.7 
 
 		 550 aa  231  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0123  putative alcohol dehydrogenase oxidoreductase protein  34.55 
 
 		 574 aa  230  4e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1515  choline dehydrogenase  33.27 
 
 		 555 aa  230  5e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.307618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4787  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.28 
 
 		 573 aa  230  5e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.824401  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.39 
 
 		 548 aa  230  5e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000289824 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.33 
 
 		 551 aa  230  6e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1882  choline dehydrogenase  32.65 
 
 		 551 aa  229  6e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1487  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.26 
 
 		 551 aa  229  7e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.354481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.95 
 
 		 531 aa  229  7e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.77 
 
 		 539 aa  229  9e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.52 
 
 		 541 aa  229  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0443  choline dehydrogenase  33.58 
 
 		 568 aa  229  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.300865  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4732  choline dehydrogenase  33.58 
 
 		 568 aa  229  1e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.82 
 
 		 541 aa  229  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1832  choline dehydrogenase  32.12 
 
 		 560 aa  229  1e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.287087  normal  0.448798 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.19 
 
 		 531 aa  229  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5121  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.16 
 
 		 530 aa  228  2e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2727  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.07 
 
 		 525 aa  228  2e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0412228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0075  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.9 
 
 		 548 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0217236  hitchhiker  0.000000000166725 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1279  Choline dehydrogenase  33.15 
 
 		 544 aa  228  2e-58  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2554  choline dehydrogenase  32.66 
 
 		 559 aa  228  2e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0102453  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.95 
 
 		 534 aa  228  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.96 
 
 		 551 aa  228  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>