More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3908 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_3908  inner-membrane translocator  100 
 
 
351 aa  686    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0025  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  98.01 
 
 
351 aa  674    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.746489  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3042  inner-membrane translocator  91.74 
 
 
351 aa  625  1e-178  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0090  inner-membrane translocator  80.63 
 
 
351 aa  545  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3272  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  80.63 
 
 
351 aa  545  1e-154  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0091  inner-membrane translocator  80.63 
 
 
351 aa  545  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.452731 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0081  inner-membrane translocator  80.63 
 
 
351 aa  544  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.274242  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3370  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  80.29 
 
 
351 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2941  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  80.29 
 
 
351 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0193  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  80.29 
 
 
351 aa  525  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107939  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0107  inner-membrane translocator  80.63 
 
 
351 aa  525  1e-148  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.790851  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3323  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  80 
 
 
397 aa  524  1e-148  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3985  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  80.29 
 
 
351 aa  525  1e-148  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3000  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  80.29 
 
 
351 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.403467  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1602  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  80.29 
 
 
351 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2965  inner-membrane translocator  80.34 
 
 
394 aa  524  1e-148  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.235343  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0090  inner-membrane translocator  80.34 
 
 
394 aa  524  1e-148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823802  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4059  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  80 
 
 
351 aa  523  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01744  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  75.14 
 
 
350 aa  495  1e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.698868  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3363  inner-membrane translocator  75.14 
 
 
350 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102738  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3512  inner-membrane translocator  76 
 
 
350 aa  489  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0408964 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4658  inner-membrane translocator  74 
 
 
350 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.14788 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4526  inner-membrane translocator  74 
 
 
350 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.141329  normal  0.558956 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3236  inner-membrane translocator  59.6 
 
 
349 aa  412  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0230482  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1518  inner-membrane translocator  63.71 
 
 
345 aa  378  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2942  inner-membrane translocator  62.86 
 
 
345 aa  377  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.550413  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0908  inner-membrane translocator:ABC transporter related  60.29 
 
 
951 aa  374  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0412388  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0801  inner-membrane translocator  56.86 
 
 
346 aa  365  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0990  inner-membrane translocator  59.31 
 
 
345 aa  367  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  60.58 
 
 
950 aa  366  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0268  inner-membrane translocator  55.59 
 
 
345 aa  364  1e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.314887  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1821  inner-membrane translocator  50.86 
 
 
345 aa  355  7.999999999999999e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.683409  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1229  inner-membrane translocator  57.1 
 
 
342 aa  341  1e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3952  inner-membrane translocator  53.99 
 
 
360 aa  331  1e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5328  inner-membrane translocator  58.76 
 
 
345 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0654205  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0573  inner-membrane translocator  59.49 
 
 
342 aa  326  4.0000000000000003e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.4403  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1995  inner-membrane translocator  53.56 
 
 
346 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3571  inner-membrane translocator  54.55 
 
 
346 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.16314 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4633  inner-membrane translocator  50.85 
 
 
345 aa  312  5.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7085  ABC transporter, permease protein  52.19 
 
 
341 aa  311  9e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3249  branched chain amino acid ABC transporter permease  49.86 
 
 
347 aa  308  6.999999999999999e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.174248  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1892  inner-membrane translocator  54.55 
 
 
346 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.322186  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0693  inner-membrane translocator  50.44 
 
 
349 aa  306  3e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0776  inner-membrane translocator  51.13 
 
 
345 aa  305  9.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.300879  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3891  ABC transporter ATPase component  49 
 
 
954 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2424  inner-membrane translocator  57.43 
 
 
349 aa  294  1e-78  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.69608  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2875  inner-membrane translocator  48.01 
 
 
351 aa  271  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.781578  normal  0.470002 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0996  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  43.02 
 
 
357 aa  268  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.883581  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1505  inner-membrane translocator  48.09 
 
 
351 aa  260  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122982  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2317  inner-membrane translocator  46.52 
 
 
343 aa  244  9.999999999999999e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1327  inner-membrane translocator  44.9 
 
 
343 aa  236  4e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.492198  normal  0.0368007 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  32.52 
 
 
290 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  42.33 
 
 
291 aa  138  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  39.27 
 
 
290 aa  130  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  40.28 
 
 
291 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  35.85 
 
 
293 aa  127  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  36.05 
 
 
294 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  35.59 
 
 
295 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  32.76 
 
 
294 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  28.48 
 
 
294 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  40.5 
 
 
294 aa  115  8.999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  34.51 
 
 
293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  34.95 
 
 
294 aa  113  6e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.11 
 
 
294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  34.47 
 
 
294 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  36.67 
 
 
299 aa  107  4e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  39.59 
 
 
290 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  33.18 
 
 
300 aa  106  6e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  34.62 
 
 
289 aa  102  7e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  34.09 
 
 
291 aa  102  9e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  34.05 
 
 
290 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  29.43 
 
 
295 aa  102  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  30.43 
 
 
300 aa  100  3e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3821  inner-membrane translocator  35.38 
 
 
293 aa  100  4e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000974122  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1408  inner-membrane translocator  33.03 
 
 
317 aa  95.5  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3500  inner-membrane translocator  30.3 
 
 
291 aa  95.9  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.334303  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  28.74 
 
 
287 aa  95.1  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  31.98 
 
 
287 aa  92.8  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  32.39 
 
 
290 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  32.73 
 
 
293 aa  90.1  5e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0290  inner-membrane translocator  31.19 
 
 
306 aa  89.7  6e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3515  ABC transporter membrane spanning protein  29.17 
 
 
300 aa  89  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0487  inner-membrane translocator  31.87 
 
 
307 aa  87.8  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.37 
 
 
293 aa  87.4  3e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  27.6 
 
 
290 aa  87  5e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  29.88 
 
 
291 aa  86.7  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  28.63 
 
 
308 aa  85.9  9e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  31.43 
 
 
292 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3072  inner-membrane translocator  27.78 
 
 
300 aa  85.1  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.117603  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  30.96 
 
 
287 aa  84.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  29.73 
 
 
291 aa  84  0.000000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3328  inner-membrane translocator  27.78 
 
 
300 aa  84  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.166964  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  30.09 
 
 
302 aa  83.2  0.000000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  26.85 
 
 
293 aa  83.2  0.000000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  30.67 
 
 
603 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0611  inner-membrane translocator  30.04 
 
 
300 aa  82.8  0.000000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0336  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.48 
 
 
294 aa  82  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1112  inner-membrane translocator  30.37 
 
 
302 aa  82.4  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.48 
 
 
294 aa  81.6  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.844252  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0110  inner-membrane translocator  39.47 
 
 
295 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185553  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>