More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3980 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  100 
 
 		 287 aa  558  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  90.94 
 
 		 287 aa  499  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  74.83 
 
 		 287 aa  429  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5975  inner-membrane translocator  71.79 
 
 		 285 aa  357  9.999999999999999e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2500  inner-membrane translocator  67.02 
 
 		 287 aa  355  5.999999999999999e-97  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2166  inner-membrane translocator  58.04 
 
 		 286 aa  283  2.0000000000000002e-75  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3837  inner-membrane translocator  42.35 
 
 		 287 aa  214  9.999999999999999e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.622329  normal  0.114435 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3552  inner-membrane translocator  45.74 
 
 		 289 aa  202  8e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  40.61 
 
 		 308 aa  188  1e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.54 
 
 		 291 aa  186  4e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  37.87 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  39.22 
 
 		 290 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.53 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  38.72 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  39.06 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  38.54 
 
 		 301 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  38.57 
 
 		 294 aa  183  4.0000000000000006e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  36.82 
 
 		 300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2253  inner-membrane translocator  39.2 
 
 		 301 aa  182  6e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.61 
 
 		 293 aa  182  7e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  38.72 
 
 		 308 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  38.72 
 
 		 319 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  38.72 
 
 		 308 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  38.72 
 
 		 319 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  39.52 
 
 		 308 aa  181  9.000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.06 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  39.06 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.38 
 
 		 319 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.06 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  40.41 
 
 		 293 aa  180  2e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3749  inner-membrane translocator  40.28 
 
 		 295 aa  180  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 308 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1652  inner-membrane translocator  38.68 
 
 		 291 aa  179  5.999999999999999e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.124335  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  40.97 
 
 		 302 aa  178  9e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  38.54 
 
 		 292 aa  178  9e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  37.8 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0534  inner-membrane translocator  40.78 
 
 		 290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000179103 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2501  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 302 aa  173  1.9999999999999998e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.123023 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  37.8 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  39.38 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  39.79 
 
 		 292 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2534  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.75 
 
 		 603 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3936  inner-membrane translocator  38.75 
 
 		 603 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5834  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 290 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00317168 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3584  inner-membrane translocator  38.75 
 
 		 603 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2318  inner-membrane translocator  39.04 
 
 		 308 aa  172  7.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  36.93 
 
 		 290 aa  172  7.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  35.34 
 
 		 290 aa  172  7.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1871  inner-membrane translocator  38.72 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.384431  normal  0.0224958 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  39.32 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0400  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  38.19 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2479  inner-membrane translocator  38.7 
 
 		 308 aa  170  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403634  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5318  inner-membrane translocator  38.06 
 
 		 603 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0891799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0473  inner-membrane translocator  38.54 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  38.98 
 
 		 308 aa  169  4e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  37.76 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4249  inner-membrane translocator  36.4 
 
 		 287 aa  169  6e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00770361  hitchhiker  0.0000029415 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  38.98 
 
 		 308 aa  169  7e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  37.15 
 
 		 293 aa  167  1e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  37.72 
 
 		 603 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  37.29 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  36.69 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0327  inner-membrane translocator  35.56 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0975712  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  37.88 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  36.61 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.96 
 
 		 316 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1212  inner-membrane translocator  37.3 
 
 		 316 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273488  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1161  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.54 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1036  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.54 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.203386  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1829  inner-membrane translocator  38.19 
 
 		 289 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000486818  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.96 
 
 		 316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.61 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.844252  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1194  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.07 
 
 		 287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.633758  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  35.65 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.65 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1096  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.07 
 
 		 287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.65 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0336  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.61 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  38.19 
 
 		 291 aa  163  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0686  inner-membrane translocator  36.01 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.215766  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 293 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  36.61 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0771  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.32 
 
 		 298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.171374  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  36.61 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  36.61 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1791  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.18 
 
 		 302 aa  162  6e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2397  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 300 aa  162  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00620383 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1725  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.18 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  38.36 
 
 		 291 aa  162  7e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  37.98 
 
 		 290 aa  161  9e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  35 
 
 		 294 aa  162  9e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1928  inner-membrane translocator  36.97 
 
 		 290 aa  161  9e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0461  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4415  inner-membrane translocator  37.87 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.550314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1123  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  36.39 
 
 		 335 aa  161  1e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121709  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1675  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.644536  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2934  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.84432  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 290 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>