More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0110 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0110  inner-membrane translocator  100 
 
 		 295 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  40.83 
 
 		 294 aa  210  2e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  43.69 
 
 		 290 aa  210  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  40.41 
 
 		 295 aa  200  3e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  39.79 
 
 		 291 aa  192  5e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  39.45 
 
 		 290 aa  190  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  39.24 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  40.21 
 
 		 300 aa  182  6e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  36.04 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.62 
 
 		 294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  38.75 
 
 		 291 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  41.2 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  39.58 
 
 		 289 aa  169  4e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 290 aa  169  7e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  37.07 
 
 		 293 aa  167  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  40.83 
 
 		 290 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3304  inner-membrane translocator  37.1 
 
 		 289 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4852  inner-membrane translocator  37.1 
 
 		 289 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.97222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  34.26 
 
 		 291 aa  165  8e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  34.98 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5339  inner-membrane translocator  37.68 
 
 		 289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.13292  normal  0.967769 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 295 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  35.05 
 
 		 291 aa  162  6e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2164  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 289 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  40.28 
 
 		 293 aa  160  3e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1967  inner-membrane translocator  37.85 
 
 		 289 aa  158  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.207347  normal  0.0517862 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  34.6 
 
 		 291 aa  156  4e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  34.14 
 
 		 291 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3836  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 289 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  39.79 
 
 		 290 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1408  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 317 aa  152  5e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3500  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 291 aa  152  5.9999999999999996e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.334303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2082  inner-membrane translocator  34.26 
 
 		 289 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.936766  normal  0.326487 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  29.93 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 291 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  34.59 
 
 		 291 aa  147  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  34.46 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3837  inner-membrane translocator  37.81 
 
 		 287 aa  145  6e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.622329  normal  0.114435 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6117  branched chain amino acid ABC transporter permease  34.83 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.139466 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1651  inner-membrane translocator  32.3 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.51 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.27 
 
 		 299 aa  142  6e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0528  inner-membrane translocator  30.48 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00118598  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1849  inner-membrane translocator  31.62 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.425483  normal  0.118432 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.85 
 
 		 293 aa  139  4.999999999999999e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1838  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 290 aa  139  6e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  31.58 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  31.58 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.89 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  33.22 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 319 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 308 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 319 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 308 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  33.22 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3687  inner-membrane translocator  33 
 
 		 291 aa  135  7.000000000000001e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  32.62 
 
 		 603 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5318  inner-membrane translocator  32.62 
 
 		 603 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0891799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2534  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.62 
 
 		 603 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  30.95 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1258  inner-membrane translocator  31.47 
 
 		 291 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.241594  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  32.19 
 
 		 291 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3936  inner-membrane translocator  31.8 
 
 		 603 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3584  inner-membrane translocator  31.8 
 
 		 603 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0356  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 292 aa  133  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  29.41 
 
 		 292 aa  134  3e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.21 
 
 		 297 aa  132  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2318  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 308 aa  132  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0612  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 297 aa  132  5e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2115  inner-membrane translocator  30.27 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.592251  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 297 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0220  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.53 
 
 		 290 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1165  inner-membrane translocator  32.33 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.893809 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2934  inner-membrane translocator  29.62 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.84432  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1112  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  29.64 
 
 		 311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0266  inner-membrane translocator  31.62 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000146885  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3768  inner-membrane translocator  31.69 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.179629 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  29.77 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  30.33 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  31.86 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  29.07 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  29.69 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3104  inner-membrane translocator  31.7 
 
 		 310 aa  129  4.0000000000000003e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.60376 
 
 
-
 
NC_004310  BR1791  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1454  inner-membrane translocator  32.98 
 
 		 288 aa  129  6e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.566264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0336  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.58 
 
 		 294 aa  129  6e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0487  inner-membrane translocator  31.76 
 
 		 307 aa  129  6e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>