More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0990 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0990  inner-membrane translocator  100 
 
 
345 aa  661    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0268  inner-membrane translocator  72.46 
 
 
345 aa  476  1e-133  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.314887  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0801  inner-membrane translocator  73.62 
 
 
346 aa  466  9.999999999999999e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1518  inner-membrane translocator  63.9 
 
 
345 aa  378  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0025  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  59.6 
 
 
351 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.746489  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3042  inner-membrane translocator  59.31 
 
 
351 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0091  inner-membrane translocator  59.43 
 
 
351 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.452731 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3908  inner-membrane translocator  59.31 
 
 
351 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3363  inner-membrane translocator  61.6 
 
 
350 aa  365  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102738  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0081  inner-membrane translocator  59.71 
 
 
351 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.274242  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0090  inner-membrane translocator  58.86 
 
 
351 aa  364  2e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3512  inner-membrane translocator  61.89 
 
 
350 aa  363  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0408964 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3985  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  60.57 
 
 
351 aa  361  8e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3370  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  60.57 
 
 
351 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1602  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  60.57 
 
 
351 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2941  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  60.57 
 
 
351 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0193  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  60.57 
 
 
351 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107939  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3272  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  58.29 
 
 
351 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3000  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  60.57 
 
 
351 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.403467  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01744  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  60.23 
 
 
350 aa  355  5.999999999999999e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.698868  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4059  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  60.29 
 
 
351 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3323  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  60.57 
 
 
397 aa  352  4e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3236  inner-membrane translocator  54.15 
 
 
349 aa  349  4e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0230482  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2942  inner-membrane translocator  60.58 
 
 
345 aa  349  4e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.550413  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  60.29 
 
 
950 aa  348  6e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0107  inner-membrane translocator  58.57 
 
 
351 aa  348  7e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.790851  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4526  inner-membrane translocator  61.14 
 
 
350 aa  348  7e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.141329  normal  0.558956 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4658  inner-membrane translocator  61.14 
 
 
350 aa  348  7e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.14788 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2965  inner-membrane translocator  58.57 
 
 
394 aa  347  2e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.235343  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0090  inner-membrane translocator  58.57 
 
 
394 aa  347  2e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823802  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0908  inner-membrane translocator:ABC transporter related  57.47 
 
 
951 aa  340  2e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0412388  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1821  inner-membrane translocator  51.01 
 
 
345 aa  337  1.9999999999999998e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.683409  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1995  inner-membrane translocator  55.36 
 
 
346 aa  336  3.9999999999999995e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7085  ABC transporter, permease protein  56.29 
 
 
341 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1229  inner-membrane translocator  56.29 
 
 
342 aa  324  1e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3571  inner-membrane translocator  54.78 
 
 
346 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.16314 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5328  inner-membrane translocator  57.97 
 
 
345 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0654205  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3952  inner-membrane translocator  54.37 
 
 
360 aa  317  2e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0573  inner-membrane translocator  58.05 
 
 
342 aa  317  2e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.4403  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1892  inner-membrane translocator  55.2 
 
 
346 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.322186  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0776  inner-membrane translocator  53.49 
 
 
345 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.300879  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4633  inner-membrane translocator  53.04 
 
 
345 aa  297  1e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3891  ABC transporter ATPase component  50.72 
 
 
954 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3249  branched chain amino acid ABC transporter permease  49.57 
 
 
347 aa  291  9e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.174248  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0996  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  47.74 
 
 
357 aa  290  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.883581  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0693  inner-membrane translocator  47.37 
 
 
349 aa  285  8e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2424  inner-membrane translocator  57.85 
 
 
349 aa  279  6e-74  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.69608  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2875  inner-membrane translocator  47.43 
 
 
351 aa  254  2.0000000000000002e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.781578  normal  0.470002 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2317  inner-membrane translocator  47.19 
 
 
343 aa  243  3e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1327  inner-membrane translocator  46.61 
 
 
343 aa  238  2e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.492198  normal  0.0368007 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1505  inner-membrane translocator  46.59 
 
 
351 aa  223  3e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122982  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  32.22 
 
 
291 aa  123  6e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  32.93 
 
 
290 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  33.76 
 
 
294 aa  110  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  32.42 
 
 
291 aa  109  6e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  29.36 
 
 
294 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  35.87 
 
 
290 aa  108  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  38.54 
 
 
293 aa  107  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  37.04 
 
 
291 aa  105  9e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  30.53 
 
 
294 aa  105  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  34.12 
 
 
294 aa  103  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  32.85 
 
 
294 aa  102  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  36.13 
 
 
294 aa  101  2e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3821  inner-membrane translocator  33.44 
 
 
293 aa  100  4e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000974122  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  35.64 
 
 
290 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.37 
 
 
294 aa  99.8  6e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  29.34 
 
 
295 aa  99  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  38.5 
 
 
290 aa  97.4  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  31.72 
 
 
300 aa  97.1  5e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  37.73 
 
 
293 aa  96.7  6e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  31.53 
 
 
291 aa  95.5  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  28.1 
 
 
293 aa  95.1  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  31.36 
 
 
291 aa  94  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  28.57 
 
 
291 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  27.59 
 
 
319 aa  90.9  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  29.49 
 
 
291 aa  91.3  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  26.21 
 
 
302 aa  90.1  6e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  32.73 
 
 
293 aa  89  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3500  inner-membrane translocator  37.2 
 
 
291 aa  89.4  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.334303  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  28.63 
 
 
291 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  31.98 
 
 
287 aa  87.8  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  42.15 
 
 
295 aa  87.8  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  31.55 
 
 
294 aa  87.8  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.6 
 
 
293 aa  87.8  3e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  31.31 
 
 
287 aa  86.7  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  30.52 
 
 
290 aa  86.3  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  33.18 
 
 
293 aa  86.3  8e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  30.49 
 
 
299 aa  85.9  9e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0336  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.91 
 
 
294 aa  85.5  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.91 
 
 
294 aa  85.5  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.844252  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1140  inner-membrane translocator  31.27 
 
 
307 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.125696  normal  0.20337 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4277  inner-membrane translocator  31.27 
 
 
307 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.9657  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1174  inner-membrane translocator  31.27 
 
 
307 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.43 
 
 
291 aa  84.3  0.000000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1157  inner-membrane translocator  31.27 
 
 
307 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.197851  normal  0.0247648 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  24.65 
 
 
311 aa  84.3  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  28.2 
 
 
302 aa  84  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1247  inner-membrane translocator  30.61 
 
 
307 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  26.09 
 
 
291 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2500  inner-membrane translocator  29.68 
 
 
287 aa  83.6  0.000000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>