More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_1680 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  100 
 
 
291 aa  555  1e-157  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  48.97 
 
 
294 aa  278  6e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  49.48 
 
 
294 aa  276  2e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  48.44 
 
 
293 aa  264  1e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  49.83 
 
 
294 aa  265  1e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  49.31 
 
 
294 aa  264  2e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  48.62 
 
 
290 aa  263  3e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  49.83 
 
 
291 aa  257  1e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  47.93 
 
 
300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  50.17 
 
 
299 aa  252  5.000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  45.67 
 
 
294 aa  247  2e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  45.02 
 
 
290 aa  244  9.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  52.94 
 
 
293 aa  240  2e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  47.75 
 
 
294 aa  234  9e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  45.91 
 
 
295 aa  231  8.000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  50.17 
 
 
290 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  47.44 
 
 
295 aa  228  1e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  49.3 
 
 
294 aa  225  6e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  47.4 
 
 
293 aa  224  2e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  51.03 
 
 
290 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  46.02 
 
 
291 aa  219  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  45.07 
 
 
289 aa  212  4.9999999999999996e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3821  inner-membrane translocator  46.37 
 
 
293 aa  193  2e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000974122  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1408  inner-membrane translocator  43.82 
 
 
317 aa  187  2e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.06 
 
 
291 aa  174  9.999999999999999e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  37.46 
 
 
291 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1651  inner-membrane translocator  36.39 
 
 
291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  36.3 
 
 
291 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  39.07 
 
 
308 aa  171  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  38.74 
 
 
319 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  38.74 
 
 
319 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  38.74 
 
 
308 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  38.74 
 
 
308 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.74 
 
 
308 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  38.41 
 
 
308 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.74 
 
 
308 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  38.74 
 
 
308 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.41 
 
 
319 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  38.41 
 
 
308 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0359  inner-membrane translocator  38.46 
 
 
300 aa  168  8e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  37.59 
 
 
294 aa  168  1e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  36.67 
 
 
301 aa  167  2e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1849  inner-membrane translocator  36.73 
 
 
291 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.425483  normal  0.118432 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  37.09 
 
 
302 aa  165  9e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  37.13 
 
 
319 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  38.33 
 
 
302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1136  inner-membrane translocator  38.16 
 
 
286 aa  163  3e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0602243  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3687  inner-membrane translocator  37.11 
 
 
291 aa  163  4.0000000000000004e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  36.33 
 
 
338 aa  162  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  38.14 
 
 
291 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  34.52 
 
 
311 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  36.69 
 
 
308 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3768  inner-membrane translocator  36.08 
 
 
291 aa  160  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.179629 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  36.24 
 
 
302 aa  159  4e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2318  inner-membrane translocator  37.58 
 
 
308 aa  159  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3500  inner-membrane translocator  39.18 
 
 
291 aa  159  5e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.334303  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2479  inner-membrane translocator  37.91 
 
 
308 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403634  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0473  inner-membrane translocator  36.33 
 
 
301 aa  157  2e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.74 
 
 
308 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  35.18 
 
 
308 aa  157  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1163  inner-membrane translocator  36.18 
 
 
290 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0535977  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  35.18 
 
 
308 aa  157  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1797  inner-membrane translocator  36.18 
 
 
290 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.160989 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  35 
 
 
300 aa  157  2e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  33.1 
 
 
291 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3304  inner-membrane translocator  37.01 
 
 
289 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  35.03 
 
 
293 aa  155  8e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.62 
 
 
308 aa  155  8e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  36.39 
 
 
308 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  33.44 
 
 
309 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  34.08 
 
 
309 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1871  inner-membrane translocator  36.81 
 
 
308 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.384431  normal  0.0224958 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  32.79 
 
 
309 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.74 
 
 
308 aa  154  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  34.62 
 
 
287 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  36 
 
 
301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  36.67 
 
 
301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  36.24 
 
 
302 aa  152  5e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.1 
 
 
308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.1 
 
 
308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.1 
 
 
308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  33.44 
 
 
309 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3860  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  37.38 
 
 
308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0932593 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.36 
 
 
293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  38.1 
 
 
293 aa  152  7e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2253  inner-membrane translocator  36.33 
 
 
301 aa  152  8e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.1 
 
 
308 aa  152  8e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.56 
 
 
301 aa  151  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  36.21 
 
 
290 aa  151  1e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2866  inner-membrane translocator  34.52 
 
 
311 aa  151  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.631221  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1838  inner-membrane translocator  36.52 
 
 
290 aa  151  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3394  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.91 
 
 
291 aa  150  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  34.74 
 
 
309 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0914  inner-membrane translocator  33.67 
 
 
291 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  35.64 
 
 
294 aa  150  2e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0298  inner-membrane translocator  34.13 
 
 
290 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.474045  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.65 
 
 
316 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  33.86 
 
 
316 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3707  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.33 
 
 
291 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.229916  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0998  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.44 
 
 
289 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.301783  normal  0.758902 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>