More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3512 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3512  inner-membrane translocator  100 
 
 		 350 aa  677    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0408964 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3363  inner-membrane translocator  92.86 
 
 		 350 aa  595  1e-169  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102738  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01744  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  80.57 
 
 		 350 aa  513  1e-144  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.698868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0025  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  76.29 
 
 		 351 aa  511  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.746489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3908  inner-membrane translocator  76 
 
 		 351 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3042  inner-membrane translocator  73.71 
 
 		 351 aa  498  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4658  inner-membrane translocator  79.71 
 
 		 350 aa  489  1e-137  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.14788 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4526  inner-membrane translocator  79.71 
 
 		 350 aa  489  1e-137  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.141329  normal  0.558956 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0090  inner-membrane translocator  70.86 
 
 		 351 aa  471  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3272  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  70.86 
 
 		 351 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0091  inner-membrane translocator  70.86 
 
 		 351 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.452731 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0081  inner-membrane translocator  71.14 
 
 		 351 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.274242  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3985  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  71.14 
 
 		 351 aa  461  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3000  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  71.14 
 
 		 351 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.403467  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3370  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  71.14 
 
 		 351 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1602  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  71.14 
 
 		 351 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2941  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  71.14 
 
 		 351 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0193  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  71.14 
 
 		 351 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107939  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0107  inner-membrane translocator  71.14 
 
 		 351 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.790851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4059  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  70.86 
 
 		 351 aa  456  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2965  inner-membrane translocator  70.86 
 
 		 394 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.235343  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0090  inner-membrane translocator  70.86 
 
 		 394 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823802  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3323  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  71.14 
 
 		 397 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3236  inner-membrane translocator  63.04 
 
 		 349 aa  424  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0230482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2942  inner-membrane translocator  63.14 
 
 		 345 aa  382  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.550413  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  62.72 
 
 		 950 aa  379  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1518  inner-membrane translocator  64.96 
 
 		 345 aa  378  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0268  inner-membrane translocator  59.71 
 
 		 345 aa  378  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.314887  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0908  inner-membrane translocator:ABC transporter related  61.14 
 
 		 951 aa  375  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0412388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0990  inner-membrane translocator  62.15 
 
 		 345 aa  373  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0801  inner-membrane translocator  58.29 
 
 		 346 aa  367  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1821  inner-membrane translocator  53.14 
 
 		 345 aa  363  2e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.683409  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1229  inner-membrane translocator  57.71 
 
 		 342 aa  351  1e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0573  inner-membrane translocator  60.29 
 
 		 342 aa  338  9e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.4403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3952  inner-membrane translocator  54.57 
 
 		 360 aa  336  2.9999999999999997e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3571  inner-membrane translocator  55.43 
 
 		 346 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.16314 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5328  inner-membrane translocator  58.97 
 
 		 345 aa  334  2e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0654205  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1995  inner-membrane translocator  55.14 
 
 		 346 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7085  ABC transporter, permease protein  54.39 
 
 		 341 aa  321  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1892  inner-membrane translocator  55.71 
 
 		 346 aa  319  5e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.322186  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0693  inner-membrane translocator  49.57 
 
 		 349 aa  318  7.999999999999999e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4633  inner-membrane translocator  51.69 
 
 		 345 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0776  inner-membrane translocator  52.57 
 
 		 345 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.300879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3249  branched chain amino acid ABC transporter permease  49.29 
 
 		 347 aa  301  9e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.174248  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2424  inner-membrane translocator  59.31 
 
 		 349 aa  296  4e-79  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.69608  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3891  ABC transporter ATPase component  49.86 
 
 		 954 aa  286  4e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0996  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  45.76 
 
 		 357 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.883581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2875  inner-membrane translocator  48.57 
 
 		 351 aa  274  1.0000000000000001e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.781578  normal  0.470002 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1505  inner-membrane translocator  47.37 
 
 		 351 aa  252  8.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122982  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2317  inner-membrane translocator  45.96 
 
 		 343 aa  246  4.9999999999999997e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1327  inner-membrane translocator  43.45 
 
 		 343 aa  237  2e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.492198  normal  0.0368007 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  38.99 
 
 		 291 aa  159  8e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  30.9 
 
 		 293 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  30.61 
 
 		 294 aa  134  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  39.15 
 
 		 290 aa  133  6e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  37.87 
 
 		 290 aa  131  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  34.44 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  30.06 
 
 		 294 aa  129  6e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  39.35 
 
 		 291 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  30.7 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  35.92 
 
 		 294 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.38 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  39.3 
 
 		 291 aa  117  3e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  33.48 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  38.5 
 
 		 294 aa  114  3e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  34.68 
 
 		 295 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  40.28 
 
 		 290 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  36.4 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  27.51 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  35.24 
 
 		 299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  29.56 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  33.64 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3515  ABC transporter membrane spanning protein  33.17 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  33.61 
 
 		 293 aa  102  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  30.5 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3821  inner-membrane translocator  36.46 
 
 		 293 aa  98.6  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000974122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  33.5 
 
 		 287 aa  99  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0598  inner-membrane translocator  32.44 
 
 		 304 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34105  normal  0.520758 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3328  inner-membrane translocator  30.2 
 
 		 300 aa  97.8  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.166964  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  32.84 
 
 		 290 aa  97.4  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4918  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraD  32 
 
 		 304 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2397  inner-membrane translocator  30.3 
 
 		 300 aa  97.1  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00620383 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1408  inner-membrane translocator  33.5 
 
 		 317 aa  97.1  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  26.57 
 
 		 319 aa  97.1  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3072  inner-membrane translocator  29.7 
 
 		 300 aa  96.3  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.117603  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4866  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 304 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  hitchhiker  0.000815383 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4744  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 304 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579328  hitchhiker  0.000000155208 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0290  inner-membrane translocator  32.56 
 
 		 306 aa  95.5  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  31.98 
 
 		 292 aa  95.1  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0553  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 304 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0455233  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4922  inner-membrane translocator  31.11 
 
 		 304 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.75867  hitchhiker  0.0000000000177319 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.05 
 
 		 293 aa  93.6  5e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4658  inner-membrane translocator  31.11 
 
 		 304 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026431 
 
 
-
 
NC_004310  BR1791  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.66 
 
 		 302 aa  92.8  8e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.11 
 
 		 291 aa  92.8  8e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1725  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.66 
 
 		 302 aa  92.8  9e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  30.2 
 
 		 291 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64890  putative permease of ABC branched chain amino acid transporter  30.67 
 
 		 304 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 287 aa  91.3  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1112  inner-membrane translocator  31.16 
 
 		 302 aa  91.7  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>