More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4658 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4526  inner-membrane translocator  100 
 
 
350 aa  670    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.141329  normal  0.558956 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4658  inner-membrane translocator  100 
 
 
350 aa  670    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.14788 
 
 
-
 
NC_003296  RS01744  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  92.57 
 
 
350 aa  603  1.0000000000000001e-171  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.698868  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3512  inner-membrane translocator  79.71 
 
 
350 aa  496  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0408964 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3363  inner-membrane translocator  78.29 
 
 
350 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102738  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3908  inner-membrane translocator  74 
 
 
351 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0025  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  73.43 
 
 
351 aa  490  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.746489  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3042  inner-membrane translocator  71.43 
 
 
351 aa  478  1e-134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0090  inner-membrane translocator  69.14 
 
 
351 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0091  inner-membrane translocator  68.86 
 
 
351 aa  455  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.452731 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3272  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  69.14 
 
 
351 aa  457  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0081  inner-membrane translocator  68.86 
 
 
351 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.274242  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0107  inner-membrane translocator  69.43 
 
 
351 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.790851  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3985  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  68.57 
 
 
351 aa  441  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2965  inner-membrane translocator  69.14 
 
 
394 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.235343  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0090  inner-membrane translocator  69.14 
 
 
394 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823802  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3370  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  68.57 
 
 
351 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2941  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  68.57 
 
 
351 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1602  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  68.57 
 
 
351 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0193  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  68.57 
 
 
351 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107939  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3000  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  68.57 
 
 
351 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.403467  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3323  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  68.86 
 
 
397 aa  435  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4059  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  68.29 
 
 
351 aa  437  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3236  inner-membrane translocator  62.32 
 
 
349 aa  412  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0230482  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0268  inner-membrane translocator  59.03 
 
 
345 aa  379  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.314887  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0801  inner-membrane translocator  59.43 
 
 
346 aa  375  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  63.01 
 
 
950 aa  373  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1518  inner-membrane translocator  65.14 
 
 
345 aa  369  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0908  inner-membrane translocator:ABC transporter related  59.14 
 
 
951 aa  367  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0412388  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0990  inner-membrane translocator  61.14 
 
 
345 aa  365  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2942  inner-membrane translocator  60.56 
 
 
345 aa  362  7.0000000000000005e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.550413  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1821  inner-membrane translocator  53.14 
 
 
345 aa  362  7.0000000000000005e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.683409  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1229  inner-membrane translocator  56.53 
 
 
342 aa  346  4e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0573  inner-membrane translocator  57.14 
 
 
342 aa  328  9e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.4403  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3571  inner-membrane translocator  55.24 
 
 
346 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.16314 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5328  inner-membrane translocator  55.97 
 
 
345 aa  323  3e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0654205  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3952  inner-membrane translocator  54.14 
 
 
360 aa  322  4e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7085  ABC transporter, permease protein  55.36 
 
 
341 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1995  inner-membrane translocator  54.99 
 
 
346 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0776  inner-membrane translocator  52.86 
 
 
345 aa  315  6e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.300879  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1892  inner-membrane translocator  55.65 
 
 
346 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.322186  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0693  inner-membrane translocator  50.29 
 
 
349 aa  312  5.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4633  inner-membrane translocator  52.29 
 
 
345 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3249  branched chain amino acid ABC transporter permease  48.72 
 
 
347 aa  301  2e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.174248  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2424  inner-membrane translocator  57.75 
 
 
349 aa  296  5e-79  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.69608  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0996  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  46.89 
 
 
357 aa  288  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.883581  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3891  ABC transporter ATPase component  49.29 
 
 
954 aa  286  4e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2875  inner-membrane translocator  50.57 
 
 
351 aa  272  6e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.781578  normal  0.470002 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1505  inner-membrane translocator  48.26 
 
 
351 aa  245  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122982  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2317  inner-membrane translocator  46.01 
 
 
343 aa  243  3e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1327  inner-membrane translocator  45.04 
 
 
343 aa  233  3e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.492198  normal  0.0368007 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  45.21 
 
 
291 aa  152  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  37.23 
 
 
290 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  37.82 
 
 
293 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  30.21 
 
 
294 aa  130  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  32.2 
 
 
294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  39.81 
 
 
291 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  30.3 
 
 
294 aa  126  6e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  31.33 
 
 
294 aa  125  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  33.07 
 
 
294 aa  122  7e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  36.53 
 
 
290 aa  117  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.02 
 
 
294 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  42.64 
 
 
290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  34.42 
 
 
293 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  35.24 
 
 
295 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  40 
 
 
294 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  32.58 
 
 
299 aa  108  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  36.56 
 
 
290 aa  105  9e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  32.93 
 
 
293 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  37.27 
 
 
291 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  30.28 
 
 
300 aa  105  2e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  35.1 
 
 
289 aa  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  32.99 
 
 
287 aa  100  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  34.01 
 
 
287 aa  98.2  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3821  inner-membrane translocator  39.18 
 
 
293 aa  98.6  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000974122  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  34.25 
 
 
295 aa  97.8  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0290  inner-membrane translocator  33.49 
 
 
306 aa  96.7  5e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  32.86 
 
 
290 aa  96.3  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3515  ABC transporter membrane spanning protein  32.02 
 
 
300 aa  95.9  8e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  29.39 
 
 
291 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1408  inner-membrane translocator  34.47 
 
 
317 aa  94.4  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  31.82 
 
 
300 aa  94  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.05 
 
 
293 aa  92.8  8e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  29.48 
 
 
302 aa  92.4  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  30.38 
 
 
293 aa  92  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  31.98 
 
 
292 aa  91.7  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  32.49 
 
 
287 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1581  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.14 
 
 
289 aa  90.9  3e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000593948  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  28.47 
 
 
291 aa  90.9  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3328  inner-membrane translocator  29.41 
 
 
300 aa  90.5  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.166964  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3072  inner-membrane translocator  29.41 
 
 
300 aa  90.1  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.117603  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0336  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.02 
 
 
294 aa  90.1  6e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.88 
 
 
291 aa  89.7  7e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.02 
 
 
294 aa  89.4  8e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.844252  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  25.43 
 
 
319 aa  88.6  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2397  inner-membrane translocator  29.46 
 
 
300 aa  89  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00620383 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0461  inner-membrane translocator  30.03 
 
 
298 aa  88.6  1e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  28.19 
 
 
302 aa  88.2  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  29.35 
 
 
294 aa  88.6  2e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  25.56 
 
 
290 aa  88.2  2e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>