More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3249 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3249  branched chain amino acid ABC transporter permease  100 
 
 		 347 aa  658    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.174248  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2875  inner-membrane translocator  58.91 
 
 		 351 aa  337  1.9999999999999998e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.781578  normal  0.470002 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3908  inner-membrane translocator  49.86 
 
 		 351 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3272  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  50.42 
 
 		 351 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0081  inner-membrane translocator  49.86 
 
 		 351 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.274242  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3042  inner-membrane translocator  49.3 
 
 		 351 aa  310  2e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1505  inner-membrane translocator  59.82 
 
 		 351 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122982  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0908  inner-membrane translocator:ABC transporter related  50.58 
 
 		 951 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0412388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0025  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  49.29 
 
 		 351 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.746489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0091  inner-membrane translocator  49.57 
 
 		 351 aa  309  4e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.452731 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0090  inner-membrane translocator  48.43 
 
 		 351 aa  306  3e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3236  inner-membrane translocator  47.56 
 
 		 349 aa  302  6.000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0230482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  50.59 
 
 		 950 aa  301  8.000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2942  inner-membrane translocator  50.87 
 
 		 345 aa  300  2e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.550413  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0990  inner-membrane translocator  49.57 
 
 		 345 aa  296  4e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4059  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  48.42 
 
 		 351 aa  294  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3363  inner-membrane translocator  50.14 
 
 		 350 aa  293  3e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102738  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3370  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  48.42 
 
 		 351 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3000  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  48.42 
 
 		 351 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.403467  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2941  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  48.42 
 
 		 351 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0193  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  48.42 
 
 		 351 aa  293  4e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107939  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1602  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  48.42 
 
 		 351 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0801  inner-membrane translocator  46.38 
 
 		 346 aa  292  4e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0107  inner-membrane translocator  49.86 
 
 		 351 aa  292  6e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.790851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1821  inner-membrane translocator  43.6 
 
 		 345 aa  291  9e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.683409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3985  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  48.42 
 
 		 351 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3512  inner-membrane translocator  49.29 
 
 		 350 aa  291  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0408964 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2965  inner-membrane translocator  49.86 
 
 		 394 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.235343  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0090  inner-membrane translocator  49.86 
 
 		 394 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823802  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0268  inner-membrane translocator  47.25 
 
 		 345 aa  290  3e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.314887  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01744  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  47.86 
 
 		 350 aa  289  5.0000000000000004e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.698868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1518  inner-membrane translocator  47.67 
 
 		 345 aa  288  9e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3323  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  48.71 
 
 		 397 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4526  inner-membrane translocator  48.72 
 
 		 350 aa  281  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.141329  normal  0.558956 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4658  inner-membrane translocator  48.72 
 
 		 350 aa  281  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.14788 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1995  inner-membrane translocator  46.53 
 
 		 346 aa  280  4e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1229  inner-membrane translocator  48.55 
 
 		 342 aa  271  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0573  inner-membrane translocator  50.58 
 
 		 342 aa  270  2.9999999999999997e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.4403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3571  inner-membrane translocator  44.8 
 
 		 346 aa  269  4e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.16314 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0693  inner-membrane translocator  43.55 
 
 		 349 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7085  ABC transporter, permease protein  46.57 
 
 		 341 aa  264  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4633  inner-membrane translocator  49.13 
 
 		 345 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0776  inner-membrane translocator  50.72 
 
 		 345 aa  262  6e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.300879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3952  inner-membrane translocator  46.43 
 
 		 360 aa  259  4e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5328  inner-membrane translocator  46.22 
 
 		 345 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0654205  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1892  inner-membrane translocator  44.51 
 
 		 346 aa  255  7e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.322186  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3891  ABC transporter ATPase component  45.43 
 
 		 954 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2424  inner-membrane translocator  49.86 
 
 		 349 aa  241  2e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.69608  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0996  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  41.14 
 
 		 357 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.883581  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2317  inner-membrane translocator  43.63 
 
 		 343 aa  221  9.999999999999999e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1327  inner-membrane translocator  40.96 
 
 		 343 aa  219  7e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.492198  normal  0.0368007 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  34.8 
 
 		 293 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  35.27 
 
 		 294 aa  108  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  27.88 
 
 		 290 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  29.31 
 
 		 302 aa  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  28.74 
 
 		 302 aa  99.8  7e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  31.9 
 
 		 293 aa  98.6  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  29.52 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  28.71 
 
 		 289 aa  97.1  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  24.85 
 
 		 300 aa  97.1  4e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  27.49 
 
 		 291 aa  95.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  33.01 
 
 		 294 aa  95.5  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  26.24 
 
 		 291 aa  94.7  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4866  inner-membrane translocator  32.84 
 
 		 304 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  hitchhiker  0.000815383 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4744  inner-membrane translocator  32.84 
 
 		 304 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579328  hitchhiker  0.000000155208 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  26.53 
 
 		 294 aa  94  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0487  inner-membrane translocator  27.48 
 
 		 307 aa  94.4  3e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  32.29 
 
 		 294 aa  94.4  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  37.21 
 
 		 302 aa  94.4  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  31 
 
 		 300 aa  93.6  4e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3010  inner-membrane translocator  35.42 
 
 		 291 aa  93.2  6e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000508141  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4922  inner-membrane translocator  32.84 
 
 		 304 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.75867  hitchhiker  0.0000000000177319 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  33.17 
 
 		 287 aa  93.2  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.08 
 
 		 299 aa  92.8  7e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4658  inner-membrane translocator  32.37 
 
 		 304 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026431 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0461  inner-membrane translocator  25.85 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  25.71 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  31.93 
 
 		 301 aa  91.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  27.59 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  26 
 
 		 294 aa  90.9  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0553  inner-membrane translocator  31.22 
 
 		 304 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0455233  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_004310  BR1791  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  24.42 
 
 		 302 aa  89.7  6e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4918  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraD  26.73 
 
 		 304 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  33.01 
 
 		 287 aa  89.7  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  26.81 
 
 		 292 aa  89.7  6e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1408  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 317 aa  89.7  7e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  34.25 
 
 		 291 aa  89.7  7e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0598  inner-membrane translocator  26.65 
 
 		 304 aa  89.4  9e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34105  normal  0.520758 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  31.9 
 
 		 290 aa  89.4  9e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  31.02 
 
 		 294 aa  89  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1725  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  24.42 
 
 		 302 aa  89  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2397  inner-membrane translocator  29.91 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00620383 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  28.94 
 
 		 291 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  24.06 
 
 		 319 aa  88.6  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  31.95 
 
 		 291 aa  88.2  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  42.4 
 
 		 302 aa  88.2  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1136  inner-membrane translocator  31.67 
 
 		 286 aa  88.2  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0602243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0359  inner-membrane translocator  35.12 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  33.49 
 
 		 287 aa  87.8  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  25.65 
 
 		 301 aa  87.8  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>