More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0260 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  100 
 
 
287 aa  561  1.0000000000000001e-159  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  75.87 
 
 
287 aa  420  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  74.83 
 
 
287 aa  411  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5975  inner-membrane translocator  72.7 
 
 
285 aa  381  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2500  inner-membrane translocator  62.72 
 
 
287 aa  354  8.999999999999999e-97  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2166  inner-membrane translocator  55.28 
 
 
286 aa  281  8.000000000000001e-75  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3552  inner-membrane translocator  42.25 
 
 
289 aa  202  5e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  41.41 
 
 
308 aa  198  7e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3837  inner-membrane translocator  39.22 
 
 
287 aa  198  7e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.622329  normal  0.114435 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  41.41 
 
 
308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  41.41 
 
 
319 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  41.41 
 
 
308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  41.41 
 
 
319 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  40.4 
 
 
308 aa  196  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  39.73 
 
 
308 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  41.08 
 
 
308 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.74 
 
 
319 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.74 
 
 
308 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  40.74 
 
 
308 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.74 
 
 
308 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  41.69 
 
 
308 aa  193  3e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  41.69 
 
 
308 aa  193  3e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  42.03 
 
 
308 aa  191  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1871  inner-membrane translocator  41.69 
 
 
308 aa  191  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.384431  normal  0.0224958 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2318  inner-membrane translocator  41.69 
 
 
308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2479  inner-membrane translocator  41.36 
 
 
308 aa  189  5.999999999999999e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403634  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  42.52 
 
 
302 aa  188  8e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.81 
 
 
291 aa  188  1e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2253  inner-membrane translocator  40.8 
 
 
301 aa  188  1e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  42.86 
 
 
302 aa  187  2e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  35.59 
 
 
300 aa  186  4e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1652  inner-membrane translocator  40.97 
 
 
291 aa  186  5e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.124335  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.79 
 
 
293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  37.8 
 
 
294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  39.13 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  38.03 
 
 
290 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  39.51 
 
 
291 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  39.3 
 
 
290 aa  181  9.000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  40.42 
 
 
291 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  38.06 
 
 
293 aa  180  2e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  37.46 
 
 
301 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  39.16 
 
 
292 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  41.44 
 
 
302 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  41.22 
 
 
302 aa  179  7e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  37.3 
 
 
316 aa  179  7e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0327  inner-membrane translocator  37.02 
 
 
293 aa  178  8e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0975712  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  37.3 
 
 
316 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  38.14 
 
 
293 aa  178  1e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  39.02 
 
 
290 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4918  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraD  39.53 
 
 
304 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0598  inner-membrane translocator  39.87 
 
 
304 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34105  normal  0.520758 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  38.36 
 
 
338 aa  177  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  36.98 
 
 
316 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0728  inner-membrane translocator  39.87 
 
 
303 aa  176  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.66 
 
 
316 aa  176  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  36.98 
 
 
316 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1212  inner-membrane translocator  38.26 
 
 
316 aa  175  8e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273488  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0473  inner-membrane translocator  38 
 
 
301 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.46 
 
 
301 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2501  inner-membrane translocator  37.88 
 
 
302 aa  174  9.999999999999999e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.123023 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.3 
 
 
316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0933  inner-membrane translocator  38.81 
 
 
293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000263386  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  37.23 
 
 
297 aa  173  1.9999999999999998e-42  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3749  inner-membrane translocator  38.33 
 
 
295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5834  inner-membrane translocator  35.42 
 
 
290 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00317168 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  37.62 
 
 
316 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  37.62 
 
 
316 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  37.62 
 
 
316 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  37.3 
 
 
316 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  36.98 
 
 
316 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  38.26 
 
 
308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2492  inner-membrane translocator  38.26 
 
 
304 aa  172  5e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.366827  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  37.3 
 
 
316 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  37.3 
 
 
316 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0534  inner-membrane translocator  40.42 
 
 
290 aa  172  5.999999999999999e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000179103 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3936  inner-membrane translocator  38.95 
 
 
603 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240526  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3584  inner-membrane translocator  38.95 
 
 
603 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4922  inner-membrane translocator  39.53 
 
 
304 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.75867  hitchhiker  0.0000000000177319 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  36.66 
 
 
316 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4866  inner-membrane translocator  39.53 
 
 
304 aa  171  9e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  hitchhiker  0.000815383 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4744  inner-membrane translocator  39.53 
 
 
304 aa  171  9e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579328  hitchhiker  0.000000155208 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2534  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.6 
 
 
603 aa  171  9e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  38.25 
 
 
603 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  34.98 
 
 
290 aa  171  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  37.58 
 
 
309 aa  171  1e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  38.93 
 
 
308 aa  171  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  38 
 
 
308 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4658  inner-membrane translocator  39.2 
 
 
304 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0026431 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  38 
 
 
308 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  38 
 
 
308 aa  170  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  38.59 
 
 
308 aa  170  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  39.51 
 
 
291 aa  170  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3323  inner-membrane translocator  37.25 
 
 
309 aa  170  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5318  inner-membrane translocator  37.89 
 
 
603 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0891799  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0553  inner-membrane translocator  39.2 
 
 
304 aa  169  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0455233  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5396  inner-membrane translocator  39.4 
 
 
304 aa  169  4e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.378795 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  37.59 
 
 
293 aa  169  6e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  38.26 
 
 
308 aa  168  8e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1161  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.67 
 
 
298 aa  168  9e-41  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  36.49 
 
 
294 aa  168  9e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>