More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0573 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_0573  inner-membrane translocator  100 
 
 
342 aa  655    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.4403  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1229  inner-membrane translocator  79.82 
 
 
342 aa  468  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3952  inner-membrane translocator  72.58 
 
 
360 aa  463  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1518  inner-membrane translocator  64.93 
 
 
345 aa  389  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2942  inner-membrane translocator  62.32 
 
 
345 aa  377  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.550413  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0025  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  58.92 
 
 
351 aa  376  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.746489  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  60.7 
 
 
950 aa  373  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3908  inner-membrane translocator  59.49 
 
 
351 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3042  inner-membrane translocator  57.51 
 
 
351 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3363  inner-membrane translocator  61.71 
 
 
350 aa  369  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102738  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0090  inner-membrane translocator  57.14 
 
 
351 aa  369  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3272  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  56.57 
 
 
351 aa  365  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0908  inner-membrane translocator:ABC transporter related  60.17 
 
 
951 aa  364  1e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0412388  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0091  inner-membrane translocator  56.57 
 
 
351 aa  363  3e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.452731 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0081  inner-membrane translocator  56.57 
 
 
351 aa  363  3e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.274242  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0268  inner-membrane translocator  57.68 
 
 
345 aa  361  1e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.314887  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0801  inner-membrane translocator  57.51 
 
 
346 aa  359  3e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4059  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  57.43 
 
 
351 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3985  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  56.86 
 
 
351 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3512  inner-membrane translocator  59.71 
 
 
350 aa  355  5e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0408964 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3000  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  57.14 
 
 
351 aa  354  1e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.403467  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2941  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  57.14 
 
 
351 aa  354  1e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3370  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  57.14 
 
 
351 aa  354  1e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0193  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  57.14 
 
 
351 aa  354  1e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107939  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1602  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  57.14 
 
 
351 aa  354  1e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01744  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  58.81 
 
 
350 aa  353  2e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.698868  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1821  inner-membrane translocator  54.49 
 
 
345 aa  353  2.9999999999999997e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.683409  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0990  inner-membrane translocator  57.23 
 
 
345 aa  352  7e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3323  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  57.43 
 
 
397 aa  351  8e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0107  inner-membrane translocator  56.86 
 
 
351 aa  349  4e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.790851  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2965  inner-membrane translocator  56.57 
 
 
394 aa  348  1e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.235343  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0090  inner-membrane translocator  56.57 
 
 
394 aa  348  1e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823802  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3236  inner-membrane translocator  53.78 
 
 
349 aa  346  3e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0230482  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5328  inner-membrane translocator  60.58 
 
 
345 aa  338  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0654205  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4526  inner-membrane translocator  57.14 
 
 
350 aa  333  2e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.141329  normal  0.558956 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4658  inner-membrane translocator  57.14 
 
 
350 aa  333  2e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.14788 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1995  inner-membrane translocator  54.47 
 
 
346 aa  318  6e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0693  inner-membrane translocator  48.71 
 
 
349 aa  315  5e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4633  inner-membrane translocator  55.65 
 
 
345 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0776  inner-membrane translocator  55.65 
 
 
345 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.300879  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3571  inner-membrane translocator  53.03 
 
 
346 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.16314 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1892  inner-membrane translocator  53.58 
 
 
346 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.322186  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3891  ABC transporter ATPase component  51.3 
 
 
954 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7085  ABC transporter, permease protein  52.49 
 
 
341 aa  301  1e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3249  branched chain amino acid ABC transporter permease  50.72 
 
 
347 aa  295  1e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.174248  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2424  inner-membrane translocator  54.49 
 
 
349 aa  274  2.0000000000000002e-72  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.69608  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0996  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  45.17 
 
 
357 aa  260  3e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.883581  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2875  inner-membrane translocator  48.88 
 
 
351 aa  259  6e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.781578  normal  0.470002 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1505  inner-membrane translocator  51.49 
 
 
351 aa  256  3e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122982  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1327  inner-membrane translocator  46.2 
 
 
343 aa  245  8e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.492198  normal  0.0368007 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2317  inner-membrane translocator  45.58 
 
 
343 aa  240  2.9999999999999997e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  34.15 
 
 
291 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  31.83 
 
 
290 aa  136  6.0000000000000005e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  32.52 
 
 
290 aa  133  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  30.24 
 
 
294 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  32 
 
 
295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  41.4 
 
 
291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  29.94 
 
 
294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  32.69 
 
 
293 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  33.54 
 
 
291 aa  121  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  31.19 
 
 
289 aa  119  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  32.5 
 
 
290 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  30.84 
 
 
294 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  30.36 
 
 
291 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  29.46 
 
 
291 aa  114  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  31.96 
 
 
295 aa  114  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  28.9 
 
 
294 aa  114  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3821  inner-membrane translocator  32.5 
 
 
293 aa  113  5e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000974122  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.17 
 
 
294 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3500  inner-membrane translocator  34.35 
 
 
291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.334303  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  29.87 
 
 
294 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  31.15 
 
 
300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  28.14 
 
 
293 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  29.73 
 
 
291 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  39.11 
 
 
294 aa  110  3e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  29.13 
 
 
299 aa  107  4e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  40.61 
 
 
290 aa  106  7e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  30.72 
 
 
291 aa  106  7e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  32.21 
 
 
290 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  27.19 
 
 
287 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0487  inner-membrane translocator  27.44 
 
 
307 aa  101  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  30.47 
 
 
300 aa  101  2e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  29.81 
 
 
293 aa  100  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  28.21 
 
 
291 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0461  inner-membrane translocator  34.26 
 
 
298 aa  99.8  6e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  26.33 
 
 
290 aa  99.8  7e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  27.59 
 
 
311 aa  99  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  26.8 
 
 
338 aa  98.2  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  27.49 
 
 
319 aa  97.8  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  28.79 
 
 
603 aa  98.2  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.19 
 
 
299 aa  97.4  3e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0290  inner-membrane translocator  32.2 
 
 
306 aa  97.1  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2164  inner-membrane translocator  31.03 
 
 
289 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402468  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1408  inner-membrane translocator  29.87 
 
 
317 aa  96.3  6e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  27.54 
 
 
292 aa  96.3  8e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  32.69 
 
 
287 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  31.13 
 
 
308 aa  94.7  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  34.98 
 
 
308 aa  94.7  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  26.82 
 
 
308 aa  94  3e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5318  inner-membrane translocator  27.88 
 
 
603 aa  94.4  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0891799  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>