More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0081 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007510  Bcep18194_A3272  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  96.01 
 
 
351 aa  644    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0091  inner-membrane translocator  99.15 
 
 
351 aa  675    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.452731 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0081  inner-membrane translocator  100 
 
 
351 aa  679    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.274242  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0090  inner-membrane translocator  94.59 
 
 
351 aa  632  1e-180  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2965  inner-membrane translocator  96.3 
 
 
394 aa  618  1e-176  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.235343  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0090  inner-membrane translocator  96.3 
 
 
394 aa  618  1e-176  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823802  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0107  inner-membrane translocator  96.01 
 
 
351 aa  615  1e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.790851  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2941  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  87.71 
 
 
351 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0193  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  87.71 
 
 
351 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107939  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3323  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  87.43 
 
 
397 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3370  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  87.71 
 
 
351 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3000  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  87.71 
 
 
351 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.403467  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1602  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  87.71 
 
 
351 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3985  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  87.43 
 
 
351 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4059  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  87.43 
 
 
351 aa  558  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3042  inner-membrane translocator  80.06 
 
 
351 aa  546  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0025  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  80.63 
 
 
351 aa  546  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.746489  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3908  inner-membrane translocator  80.63 
 
 
351 aa  544  1e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3363  inner-membrane translocator  71.43 
 
 
350 aa  464  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102738  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01744  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  70.37 
 
 
350 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.698868  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3512  inner-membrane translocator  71.14 
 
 
350 aa  453  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0408964 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4658  inner-membrane translocator  68.86 
 
 
350 aa  428  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.14788 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4526  inner-membrane translocator  68.86 
 
 
350 aa  428  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.141329  normal  0.558956 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3236  inner-membrane translocator  59.31 
 
 
349 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0230482  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1518  inner-membrane translocator  63.14 
 
 
345 aa  372  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0908  inner-membrane translocator:ABC transporter related  60.57 
 
 
951 aa  374  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0412388  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0268  inner-membrane translocator  57.14 
 
 
345 aa  373  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.314887  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0801  inner-membrane translocator  56.7 
 
 
346 aa  366  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2942  inner-membrane translocator  63.71 
 
 
345 aa  365  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.550413  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0990  inner-membrane translocator  59.71 
 
 
345 aa  357  1.9999999999999998e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  59.42 
 
 
950 aa  348  1e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1821  inner-membrane translocator  50.29 
 
 
345 aa  345  8e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.683409  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1229  inner-membrane translocator  53.14 
 
 
342 aa  330  3e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0573  inner-membrane translocator  54.86 
 
 
342 aa  323  4e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.4403  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3952  inner-membrane translocator  52.35 
 
 
360 aa  321  9.000000000000001e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1995  inner-membrane translocator  54.11 
 
 
346 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3571  inner-membrane translocator  54.13 
 
 
346 aa  316  5e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.16314 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5328  inner-membrane translocator  54.7 
 
 
345 aa  315  7e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0654205  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0693  inner-membrane translocator  50 
 
 
349 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3249  branched chain amino acid ABC transporter permease  49.86 
 
 
347 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.174248  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0776  inner-membrane translocator  52 
 
 
345 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.300879  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7085  ABC transporter, permease protein  53.04 
 
 
341 aa  304  1.0000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1892  inner-membrane translocator  54.13 
 
 
346 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.322186  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4633  inner-membrane translocator  50.85 
 
 
345 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2424  inner-membrane translocator  58.86 
 
 
349 aa  299  6e-80  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.69608  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3891  ABC transporter ATPase component  47.01 
 
 
954 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0996  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  43.5 
 
 
357 aa  273  3e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.883581  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2875  inner-membrane translocator  48.86 
 
 
351 aa  273  4.0000000000000004e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.781578  normal  0.470002 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1505  inner-membrane translocator  48.98 
 
 
351 aa  251  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122982  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1327  inner-membrane translocator  42.9 
 
 
343 aa  230  3e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.492198  normal  0.0368007 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2317  inner-membrane translocator  43.37 
 
 
343 aa  230  4e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  34.34 
 
 
291 aa  126  6e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  30.94 
 
 
293 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  29.79 
 
 
290 aa  117  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  30.4 
 
 
290 aa  116  6.9999999999999995e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  34.05 
 
 
294 aa  113  5e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  28.57 
 
 
294 aa  110  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  29.39 
 
 
295 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  29.75 
 
 
294 aa  108  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  35.65 
 
 
291 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  33.5 
 
 
293 aa  103  6e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3821  inner-membrane translocator  30.56 
 
 
293 aa  101  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000974122  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  29.28 
 
 
299 aa  100  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  29.02 
 
 
294 aa  100  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  38.22 
 
 
294 aa  99.8  7e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  29.76 
 
 
290 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  31.07 
 
 
294 aa  97.8  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.58 
 
 
294 aa  95.9  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  26.67 
 
 
300 aa  94.7  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  32.27 
 
 
291 aa  92  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  30.96 
 
 
287 aa  91.3  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  28.51 
 
 
300 aa  90.9  3e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  30.88 
 
 
290 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  29.95 
 
 
287 aa  88.2  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  35.53 
 
 
290 aa  87  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  32.24 
 
 
289 aa  87.4  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  33.18 
 
 
293 aa  85.1  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0487  inner-membrane translocator  30.83 
 
 
307 aa  85.1  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3500  inner-membrane translocator  34.78 
 
 
291 aa  84.7  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.334303  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0290  inner-membrane translocator  30.69 
 
 
306 aa  84.7  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  28.37 
 
 
293 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4866  inner-membrane translocator  30 
 
 
304 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  hitchhiker  0.000815383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0553  inner-membrane translocator  28.51 
 
 
304 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0455233  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4744  inner-membrane translocator  30 
 
 
304 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579328  hitchhiker  0.000000155208 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  31.43 
 
 
291 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  29.44 
 
 
287 aa  84.3  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  32.97 
 
 
295 aa  83.6  0.000000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4922  inner-membrane translocator  29.57 
 
 
304 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.75867  hitchhiker  0.0000000000177319 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3837  inner-membrane translocator  35.29 
 
 
287 aa  82.8  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.622329  normal  0.114435 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4658  inner-membrane translocator  27.63 
 
 
304 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0026431 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3336  inner-membrane translocator  32.88 
 
 
307 aa  82.4  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4918  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraD  27.63 
 
 
304 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  29.48 
 
 
308 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1408  inner-membrane translocator  32.04 
 
 
317 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0336  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.11 
 
 
294 aa  80.9  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0598  inner-membrane translocator  29.49 
 
 
304 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34105  normal  0.520758 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  30.67 
 
 
603 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  27.86 
 
 
290 aa  80.9  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.11 
 
 
294 aa  80.5  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.844252  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3328  inner-membrane translocator  26.72 
 
 
300 aa  80.5  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.166964  normal  0.584188 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>